验证UBIAD1对Ras/MAPK信号通路的抑制作用
明确UBIAD1在细胞模型中对Ras/MAPK信号通路的影响及其剂量依赖性。
在T24和HEK293T细胞中梯度过表达UBIAD1,或敲低内源UBIAD1,通过Western blot检测p-ERK、p-MEK、p-c-Raf水平;进行回复实验确认敲低特异性,并使用GFP-RBD抑制Ras活性。
UBIAD1 suppresses the proliferation of bladder carcinoma cells by regulating H-Ras intracellular trafficking via interaction with the C-terminal domain of H-Ras.
包含细胞模型功能验证、共定位/相互作用验证(FRET、co-IP)、机制研究(GGPP、突变体)及果蝇体内实验,多个独立层级。
T24人膀胱癌细胞系 HEK293T人胚肾细胞系 果蝇模型(heix突变体)
UBIAD1与H-Ras的相互作用及其C端结构域 H-Ras高尔基体定位与质膜转运动态 GGPP对UBIAD1功能的影响 UBIAD1突变体(N102S、RPWS)对功能的影响 果蝇heix突变体的黑色素块形成
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确UBIAD1在细胞模型中对Ras/MAPK信号通路的影响及其剂量依赖性。
在T24和HEK293T细胞中梯度过表达UBIAD1,或敲低内源UBIAD1,通过Western blot检测p-ERK、p-MEK、p-c-Raf水平;进行回复实验确认敲低特异性,并使用GFP-RBD抑制Ras活性。
检测UBIAD1是否通过影响H-Ras高尔基体-质膜转运来发挥功能。
在HEK293T和T24细胞中共表达UBIAD1-GFP与H-Ras(或H-RasG12V),使用免疫荧光和共聚焦显微镜观察H-Ras的定位;用放线菌酮阻断蛋白合成,检测H-Ras在高尔基体的滞留;敲低UBIAD1后观察Ras在质膜的聚集。
证实UBIAD1与H-Ras在细胞内的直接结合。
通过共定位、FRET、BIFC和co-IP实验检测UBIAD1与H-Ras的相互作用;使用截短的H-Ras突变体确定结合区域;在果蝇幼虫中检测内源HEIX与Ras的相互作用。
探究GGPP是否作为UBIAD1调控Ras/ERK信号和H-Ras转运的必要因子。
敲低GGPPS(GGPP合成酶)并补充GGPP,检测UBIAD1与H-Ras的相互作用、H-Ras的高尔基定位、p-ERK水平及细胞活性和增殖变化。
确认UBIAD1的GGPP结合能力和高尔基定位对其抑癌功能的重要性。
使用UBIAD1突变体(N102S和RPWS)转染细胞,观察其对H-Ras定位、p-ERK水平、细胞活性和增殖的影响。
在动物水平确认UBIAD1/HEIX对Ras/MAPK信号和黑色素块形成的调控作用。
使用果蝇heix突变体,检测p-ERK水平;通过过表达heix或药物处理(U0126、Ras抑制剂)观察黑色素块的变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Hyclone | -- |
| MEM培养基 | Hyclone | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | -- | -- |
| RNA提取与PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录试剂盒 | Promega | -- | |
| RT-qPCR | SYBR Green荧光染料 | Roche | -- |
| 细胞实验 | U0126 | Medchem Express | HY12031 |
| FTI-277 | Sigma | F9803 | |
| Salirasib | Medchem Express | HY14754 | |
| 2BP(2-溴棕榈酸酯) | Sigma | 238422 | |
| 衣霉素 | Medchem Express | HY13585 | |
| 辛伐他汀 | Cayman | 10010344 | |
| 法尼基焦磷酸 | Cayman | 63250 | |
| 香叶基香叶基焦磷酸 | Cayman | 63330 | |
| 表皮生长因子 | -- | -- | |
| Western blot | 裂解缓冲液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | CST | 5871S | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | BOSTER | AR119 | |
| 免疫沉淀 | 蛋白G偶联磁珠 | Millipore | LSKMAGG02 |
| Western blot | PVDF膜 | -- | -- |
| ECL化学发光试剂 | -- | -- | |
| 细胞活力检测 | MTT检测试剂盒 | Promega | G3580 |
| 细胞增殖检测 | BrdU细胞增殖ELISA试剂盒 | Abcam | ab126556 |
| 抗体 | 磷酸化ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 |
| 总ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| 磷酸化c-Raf (Ser259)抗体 | Cell Signaling Technology | 9421 | |
| 磷酸化c-Raf (Ser338)抗体 | Cell Signaling Technology | 9427 | |
| c-Raf抗体 | Cell Signaling Technology | 9422 | |
| 磷酸化MEK/MEK2抗体 | Millipore | 2283379 | |
| MEK1/2抗体 | Signalway Antibody | 21203 | |
| 肌动蛋白抗体 | Abbkine | A01010-1 | |
| GAPDH抗体 | Abbkine | A01020-1 | |
| Flag标签抗体 | GenScript | A00187 | |
| GFP标签抗体 | Proteintech | 66002-1 | |
| UBIAD1抗体 | Abcam | ab36832 | |
| Pan-Ras抗体 | Abcam | ab16907 | |
| 磷酸化ERK抗体 | Santa Cruz | sc-7976 | |
| ERK2抗体 | Santa Cruz | sc-153 | |
| Pan-Ras抗体 | Cell Signaling Technology | 3339 | |
| 抗体制备 | HEIX抗体 | GL Biochem | -- |
| 仪器设备 | 共聚焦显微镜FV1000 | Olympus | -- |
| ImageJ软件 | NIH | -- | |
| Quantity One软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基类型、FBS浓度、培养温度、CO2浓度 阅读提示:Methods: Cell culture and cell transfection |
| 质粒转染 | 转染试剂、质粒用量、转染时间 阅读提示:Methods: Cell culture and cell transfection |
| 信号通路检测 | 细胞处理(EGF、抑制剂)、检测时间点 阅读提示:Methods: EGF treatment and inhibitor assay; Figure legends |
| 蛋白相互作用 | 抗体种类、IP条件、裂解缓冲液成分 阅读提示:Methods: Immunoprecipitation and immunoblotting |
| 亚细胞定位观察 | 质粒构建、转染后培养时间、固定和染色条件 阅读提示:Methods: Immunofluorescence (IF) and confocal microscopy |
| 果蝇实验 | 果蝇品系、药物处理方法、黑色素块观察标准 阅读提示:Methods: Drosophila stocks and medicine treatment; Figure legends |