阐明患者来源的髓母细胞瘤类器官模型中的肿瘤发生机制并评估免疫治疗疗效

Elucidating Tumorigenesis Mechanisms and Assessing Immunotherapeutic Efficacy in Patient-Derived Medulloblastoma Organoid Models.

作者信息Jiting Zhang, Min Wang, Huanwen Rui, Cen Wang, Guanghao Luo, Zhiyuan Niu, Wei Shi, Junwei Zeng, Ping Xue, Xueyao Shi, Bing Yan, Wenyan Ren, Hao Li, Xinhua Lin
PMID42157926
发布时间2026-04-23
DOI10.7150/ijbs.116040

实验完整度

包含患者样本来源类器官建立、体外脑类器官共培养侵袭、体内异种移植、多组学(RNA-seq、WES、甲基化)及单细胞测序、功能验证(TIL杀伤)等多个独立证据层级。

主要模型

患者来源的髓母细胞瘤类器官(MBOs) hESC来源的大脑类器官 NSG小鼠异种移植模型

重点核对

MBO培养条件:MBO培养基成分(DMEM:F12、Neurobasal、N2、B27等),37°C、5% CO2、90%湿度,120 rpm摇动,每2天换液约3/4 TIL扩增条件:RPMI培养基含IL-2(6000 IU/mL),培养2周 TIL-MBO共培养:每孔约5×10⁴免疫细胞与1个MBO共培养 原位/皮下移植:NSG小鼠(4-6周),原位移植一个MBO,皮下移植约30 µL类器官 统计分析:至少每组3个样本,p<0.05为显著性

摘要

髓母细胞瘤是最常见的恶性儿童脑肿瘤之一。由于缺乏能够准确反映肿瘤异质性的模型,研究致癌机制和评估治疗效果仍然面临重大挑战。为克服这一局限,我们建立了10个患者来源的髓母细胞瘤类器官(MBOs),它们保留了原始肿瘤的组织学特征和细胞多样性。这些MBOs表现出强大的侵袭能力,既在体外与人胚胎干细胞来源的大脑类器官共培养时表现如此,也在体内原位或皮下移植后表现如此,为研究肿瘤微环境中的相互作用建立了一个潜在平台。通过整合RNA测序、全外显子组测序和DNA甲基化分析,我们证明MBOs忠实地保留了其亲本肿瘤的转录组、基因组和表观遗传图谱。单细胞转录组分析揭示了MBOs与原发性肿瘤之间保守的细胞亚群。我们的发现提示,光感受器相关通路可能在4组髓母细胞瘤的发病机制中发挥前所未有的作用,并可能与肿瘤微环境中的相互作用有关。此外,我们基于肿瘤细胞中IMPG2、BNC2、PAPPA2、ITGBL1和UNC13C的表达水平开发了一个预后列线图来预测生存结果。值得注意的是,从患者标本中扩增的肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)在体外与自体MBOs共培养时表现出显著的细胞毒性活性,并在体内有效抑制皮下MBO异种移植瘤的生长。这些发现证明了基于TIL的免疫疗法在髓母细胞瘤治疗中的潜力。总之,我们的MBO系统忠实地重现了关键的肿瘤特征,并作为研究肿瘤发生机制和评估治疗反应的有价值平台。这项研究不仅促进了基础生物学研究,也加速了髓母细胞瘤的临床转化。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
患者来源的髓母细胞瘤类器官能否忠实保留亲本肿瘤的特征,并用于研究肿瘤发生机制及评估免疫治疗疗效?
核心机制
光感受器分化亚群通过NRG3/ERBB4和MIF-CD74/CD44信号通路与其他肿瘤细胞及肿瘤微环境细胞(如小胶质细胞/巨噬细胞)相互作用,可能驱动4组髓母细胞瘤的发病。
主要证据
单细胞RNA测序鉴定出光感受器分化亚群,表达GNB3、IMPG2、GALNT10;CellChat分析显示该亚群与多种细胞类型存在NRG3/ERBB4和MIF-CD74/CD44介导的通讯;TILs在体外共培养和体内异种移植中均表现出对MBOs的细胞毒性。
研究意义
MBOs可作为研究肿瘤发生机制和评估治疗反应的平台,为髓母细胞瘤的个性化免疫治疗(如TIL疗法)提供临床前测试模型。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

建立患者来源的髓母细胞瘤类器官

从患者手术标本建立能保留原始肿瘤组织学和细胞多样性的类器官模型。

将肿瘤组织切成0.5-1 mm³碎片,置于MBO培养基中,在轨道摇床上培养1-2周形成球状类器官;通过切割进行传代,并评估两种冷冻保存方法。

2

验证类器官保留亲本肿瘤的组织学和分子特征

评估MBOs是否保留亲本肿瘤的组织学特征和细胞标志物表达。

对MBOs和亲本肿瘤进行H&E染色和免疫荧光染色,比较Ki67、GFAP、SOX2、P53、β-Catenin、GAB1、OTX2等标志物的表达,并进行相关性分析。

3

评估类器官的体内成瘤和侵袭能力

验证MBOs在免疫缺陷小鼠体内能否形成肿瘤并保留侵袭特征。

将MBOs原位(小脑)或皮下移植入NSG小鼠,观察肿瘤形成,并通过H&E和免疫组化分析肿瘤特征。

4

体外共培养评估MBOs的侵袭能力

建立MBO与大脑类器官共培养体系,观察MBOs的侵袭行为。

将标记红色荧光的脑类器官和标记蓝色荧光的MBOs共培养于96孔U型低吸附板,随时间监测侵袭面积。

5

多组学分析验证分子保真度

通过多组学比较MBOs与亲本肿瘤的转录组、基因组和表观遗传特征。

对4对肿瘤-类器官样本进行bulk RNA-seq和全外显子组测序,对2对样本进行DNA甲基化测序,比较表达相关性、突变图谱和甲基化模式。

6

单细胞RNA测序分析肿瘤异质性和光感受器分化亚群

解析MBOs和亲本肿瘤的细胞异质性,并鉴定关键肿瘤亚群。

对2例4组肿瘤(#4和#7)及其对应MBOs(短期和长期培养)进行scRNA-seq,鉴定细胞类型和恶性亚群,进行轨迹分析和细胞通讯分析。

7

差异基因分析和预后模型构建

鉴定与光感受器分化亚群相关的关键基因,并构建预后模型。

比较PDS与非肿瘤细胞及其他肿瘤亚群的差异表达基因,进行KEGG富集分析,筛选生存相关基因,构建多变量Cox回归模型和列线图。

8

TIL扩增和体外细胞毒性评估

从患者肿瘤扩增TILs,并评估其对自体MBOs的杀伤能力。

从肿瘤标本中分离TILs,用IL-2扩增2周,然后与MBOs共培养,检测凋亡和细胞因子(IFN-γ、TNF-α)分泌。

9

体内验证TIL疗效

评估TILs在体内对MBO异种移植瘤的抑制作用。

将MBO2皮下移植入NSG小鼠,然后通过尾静脉注射TILs,检测肿瘤中CD3+细胞浸润和SOX2表达。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Hibernate AThermo Fisher ScientificA1247501
GlutaMaxGibco35050061
青霉素/链霉素Gibco15140122
红细胞裂解液Gibco00-4333-57
DMEM:F12培养基Thermo Fisher Scientific10565018
Neurobasal培养基Gibco21103049
非必需氨基酸Gibco11140050
N2添加剂Gibco17502048
B27添加剂Gibco17504044
人胰岛素SigmaMSST0064
胶原酶NordmarkS1745403
Y-27632APEXBIOB1293-1EA
二甲基亚砜Sigma20-139
琼脂糖----
KI67抗体Gene TechGT2094
GFAP抗体Gene TechGT2124
SOX2抗体Gene TechGT2163
P53抗体Gene TechGM7001
β-Catenin抗体Gene TechGT2119
OTX2抗体Proteintech13497-1-AP
GAB1抗体Proteintech26200-1-AP
NeuN抗体Gene TechGT2194
CD3抗体Gene TechGT2002
Alexa Fluor 647偶联二抗Thermo Fisher Scientific--
ImageJ软件----
胰蛋白酶GibcoC25300054
ROCK抑制剂(Y-27632)InvivoChemV2558
成纤维细胞生长因子2SinoBiologicalGMP-10014-HNAE
基质胶Corning356231
红色活细胞荧光染料YEASEN40717ES50
蓝色活细胞荧光染料YEASEN40761ES50
MJzol动物RNA提取试剂盒Majorivd--
RNAClean XP试剂盒Beckman Coulter--
Illumina TruSeq链特异性mRNA试剂盒Illumina--
Agilent 2100生物分析仪Agilent--
Illumina NovaSeq 6000测序仪Illumina--
DNeasy血液和组织试剂盒Qiagen--
SureSelect人全外显子V6试剂盒Agilent--
Covaris S2超声破碎仪Covaris--
Zymo EZ DNA甲基化金试剂盒Zymo Research--
基于木瓜蛋白酶的神经组织解离试剂盒Miltenyi Biotech--
10× Genomics Chromium平台10x Genomics--
RPMI培养基Gibco--
L-谷氨酰胺Gibco25030081
胎牛血清Gibco10099141C
HEPESGibco15630080
人白细胞介素-2SinoBiological11848-H08H
PE抗人CD3抗体Dakewe301805
FITC抗人CD4抗体Dakewe317407
APC抗人CD8抗体Dakewe300911
FlowJo软件----
凋亡活细胞染色染料YeasenY00001982
ELISA试剂盒BD--
微孔板读数仪----
异氟烷abcamab145581
牙科水泥A-M SYSTEMS--
GraphPad Prism 8软件----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
类器官建立
肿瘤组织来源、MBO培养基成分(DMEM:F12、Neurobasal、GlutaMax、NEAA等)、培养条件(37°C、5% CO2、90%湿度、120 rpm)、传代时机(>1个月)
阅读提示:详见2.1 Establishment of patient-derived medulloblastoma organoids
免疫荧光染色
一抗类型(KI67、GFAP、SOX2等)、二抗种类、抗原修复方法(柠檬酸钠缓冲液)、封闭条件(10%正常山羊/马血清,1小时RT)、染色时间(一抗4°C过夜,二抗+DAPI 1小时RT)
阅读提示:详见2.2 Histological and immunofluorescence staining
脑类器官共培养
hESC来源、脑类器官分化时间(第6、11、15天)、Matrigel包埋、共培养比例(1个MBO与1个脑类器官)、荧光标记染料(YEASEN 40717ES50和40761ES50)
阅读提示:详见2.3 Co-culture of MBOs with hESCs derived brain organoids
多组学分析
样本配对(肿瘤-类器官)、RNA提取试剂盒(MJzol)、文库构建试剂盒(TruSeq)、测序平台(NovaSeq 6000)、比对参数、突变检测软件(Mutect2、VarScan2、Strelka2)、甲基化分析软件(Bismark)、覆盖度阈值(≥10×)
阅读提示:详见2.4-2.6 Bulk RNA sequencing, Whole exome sequencing, DNA methylation sequencing and analysis
单细胞测序
样本(MB4、MB7及对应MBOs)、解离试剂盒(papain-based)、10× Genomics Chromium平台、测序平台(HiSeq 4000)、分析软件(Cell Ranger v4.0.0, Seurat v3.2.2, CopyKAT)
阅读提示:详见2.7 Single-cell sequencing analyses
TIL扩增和共培养
肿瘤来源、IL-2浓度(6000 IU/mL)、培养时间(2周)、共培养比例(5×10⁴免疫细胞:1个MBO)、凋亡染色染料(Yeasen Y00001982)、ELISA试剂盒(BD)
阅读提示:详见2.9 Co-culture of MBOs and TILs
动物实验
小鼠品系(NSG,4-6周龄)、麻醉剂(5%异氟烷)、移植方法(原位或皮下)、移植量(原位1个MBO,皮下约30 µL)、观察时间(3个月)、TIL注射(1×10⁷细胞尾静脉)
阅读提示:详见2.10 Animals and Orthotopic/Subcutaneous Transplantation of MBOs