建立患者来源的髓母细胞瘤类器官
从患者手术标本建立能保留原始肿瘤组织学和细胞多样性的类器官模型。
将肿瘤组织切成0.5-1 mm³碎片,置于MBO培养基中,在轨道摇床上培养1-2周形成球状类器官;通过切割进行传代,并评估两种冷冻保存方法。
Elucidating Tumorigenesis Mechanisms and Assessing Immunotherapeutic Efficacy in Patient-Derived Medulloblastoma Organoid Models.
包含患者样本来源类器官建立、体外脑类器官共培养侵袭、体内异种移植、多组学(RNA-seq、WES、甲基化)及单细胞测序、功能验证(TIL杀伤)等多个独立证据层级。
患者来源的髓母细胞瘤类器官(MBOs) hESC来源的大脑类器官 NSG小鼠异种移植模型
MBO培养条件:MBO培养基成分(DMEM:F12、Neurobasal、N2、B27等),37°C、5% CO2、90%湿度,120 rpm摇动,每2天换液约3/4 TIL扩增条件:RPMI培养基含IL-2(6000 IU/mL),培养2周 TIL-MBO共培养:每孔约5×10⁴免疫细胞与1个MBO共培养 原位/皮下移植:NSG小鼠(4-6周),原位移植一个MBO,皮下移植约30 µL类器官 统计分析:至少每组3个样本,p<0.05为显著性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从患者手术标本建立能保留原始肿瘤组织学和细胞多样性的类器官模型。
将肿瘤组织切成0.5-1 mm³碎片,置于MBO培养基中,在轨道摇床上培养1-2周形成球状类器官;通过切割进行传代,并评估两种冷冻保存方法。
评估MBOs是否保留亲本肿瘤的组织学特征和细胞标志物表达。
对MBOs和亲本肿瘤进行H&E染色和免疫荧光染色,比较Ki67、GFAP、SOX2、P53、β-Catenin、GAB1、OTX2等标志物的表达,并进行相关性分析。
验证MBOs在免疫缺陷小鼠体内能否形成肿瘤并保留侵袭特征。
将MBOs原位(小脑)或皮下移植入NSG小鼠,观察肿瘤形成,并通过H&E和免疫组化分析肿瘤特征。
建立MBO与大脑类器官共培养体系,观察MBOs的侵袭行为。
将标记红色荧光的脑类器官和标记蓝色荧光的MBOs共培养于96孔U型低吸附板,随时间监测侵袭面积。
通过多组学比较MBOs与亲本肿瘤的转录组、基因组和表观遗传特征。
对4对肿瘤-类器官样本进行bulk RNA-seq和全外显子组测序,对2对样本进行DNA甲基化测序,比较表达相关性、突变图谱和甲基化模式。
解析MBOs和亲本肿瘤的细胞异质性,并鉴定关键肿瘤亚群。
对2例4组肿瘤(#4和#7)及其对应MBOs(短期和长期培养)进行scRNA-seq,鉴定细胞类型和恶性亚群,进行轨迹分析和细胞通讯分析。
鉴定与光感受器分化亚群相关的关键基因,并构建预后模型。
比较PDS与非肿瘤细胞及其他肿瘤亚群的差异表达基因,进行KEGG富集分析,筛选生存相关基因,构建多变量Cox回归模型和列线图。
从患者肿瘤扩增TILs,并评估其对自体MBOs的杀伤能力。
从肿瘤标本中分离TILs,用IL-2扩增2周,然后与MBOs共培养,检测凋亡和细胞因子(IFN-γ、TNF-α)分泌。
评估TILs在体内对MBO异种移植瘤的抑制作用。
将MBO2皮下移植入NSG小鼠,然后通过尾静脉注射TILs,检测肿瘤中CD3+细胞浸润和SOX2表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 类器官培养 | Hibernate A | Thermo Fisher Scientific | A1247501 |
| GlutaMax | Gibco | 35050061 | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| 红细胞裂解液 | Gibco | 00-4333-57 | |
| DMEM:F12培养基 | Thermo Fisher Scientific | 10565018 | |
| Neurobasal培养基 | Gibco | 21103049 | |
| 非必需氨基酸 | Gibco | 11140050 | |
| N2添加剂 | Gibco | 17502048 | |
| B27添加剂 | Gibco | 17504044 | |
| 人胰岛素 | Sigma | MSST0064 | |
| 类器官冷冻保存 | 胶原酶 | Nordmark | S1745403 |
| Y-27632 | APEXBIO | B1293-1EA | |
| 二甲基亚砜 | Sigma | 20-139 | |
| 组织学和免疫荧光 | 琼脂糖 | -- | -- |
| 免疫荧光染色 | KI67抗体 | Gene Tech | GT2094 |
| GFAP抗体 | Gene Tech | GT2124 | |
| SOX2抗体 | Gene Tech | GT2163 | |
| P53抗体 | Gene Tech | GM7001 | |
| β-Catenin抗体 | Gene Tech | GT2119 | |
| OTX2抗体 | Proteintech | 13497-1-AP | |
| GAB1抗体 | Proteintech | 26200-1-AP | |
| NeuN抗体 | Gene Tech | GT2194 | |
| CD3抗体 | Gene Tech | GT2002 | |
| Alexa Fluor 647偶联二抗 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 免疫荧光定量 | ImageJ软件 | -- | -- |
| 脑类器官培养 | 胰蛋白酶 | Gibco | C25300054 |
| ROCK抑制剂(Y-27632) | InvivoChem | V2558 | |
| 成纤维细胞生长因子2 | SinoBiological | GMP-10014-HNAE | |
| 基质胶 | Corning | 356231 | |
| 类器官侵袭实验 | 红色活细胞荧光染料 | YEASEN | 40717ES50 |
| 蓝色活细胞荧光染料 | YEASEN | 40761ES50 | |
| RNA-seq | MJzol动物RNA提取试剂盒 | Majorivd | -- |
| RNAClean XP试剂盒 | Beckman Coulter | -- | |
| Illumina TruSeq链特异性mRNA试剂盒 | Illumina | -- | |
| Agilent 2100生物分析仪 | Agilent | -- | |
| Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| 全外显子组测序 | DNeasy血液和组织试剂盒 | Qiagen | -- |
| SureSelect人全外显子V6试剂盒 | Agilent | -- | |
| Covaris S2超声破碎仪 | Covaris | -- | |
| DNA甲基化测序 | Zymo EZ DNA甲基化金试剂盒 | Zymo Research | -- |
| 单细胞RNA测序 | 基于木瓜蛋白酶的神经组织解离试剂盒 | Miltenyi Biotech | -- |
| 10× Genomics Chromium平台 | 10x Genomics | -- | |
| TIL培养 | RPMI培养基 | Gibco | -- |
| L-谷氨酰胺 | Gibco | 25030081 | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099141C | |
| HEPES | Gibco | 15630080 | |
| 人白细胞介素-2 | SinoBiological | 11848-H08H | |
| 流式细胞术 | PE抗人CD3抗体 | Dakewe | 301805 |
| FITC抗人CD4抗体 | Dakewe | 317407 | |
| APC抗人CD8抗体 | Dakewe | 300911 | |
| FlowJo软件 | -- | -- | |
| 共培养凋亡检测 | 凋亡活细胞染色染料 | Yeasen | Y00001982 |
| ELISA | ELISA试剂盒 | BD | -- |
| 微孔板读取 | 微孔板读数仪 | -- | -- |
| 动物实验 | 异氟烷 | abcam | ab145581 |
| 牙科水泥 | A-M SYSTEMS | -- | |
| 统计 | GraphPad Prism 8软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 类器官建立 | 肿瘤组织来源、MBO培养基成分(DMEM:F12、Neurobasal、GlutaMax、NEAA等)、培养条件(37°C、5% CO2、90%湿度、120 rpm)、传代时机(>1个月) 阅读提示:详见2.1 Establishment of patient-derived medulloblastoma organoids |
| 免疫荧光染色 | 一抗类型(KI67、GFAP、SOX2等)、二抗种类、抗原修复方法(柠檬酸钠缓冲液)、封闭条件(10%正常山羊/马血清,1小时RT)、染色时间(一抗4°C过夜,二抗+DAPI 1小时RT) 阅读提示:详见2.2 Histological and immunofluorescence staining |
| 脑类器官共培养 | hESC来源、脑类器官分化时间(第6、11、15天)、Matrigel包埋、共培养比例(1个MBO与1个脑类器官)、荧光标记染料(YEASEN 40717ES50和40761ES50) 阅读提示:详见2.3 Co-culture of MBOs with hESCs derived brain organoids |
| 多组学分析 | 样本配对(肿瘤-类器官)、RNA提取试剂盒(MJzol)、文库构建试剂盒(TruSeq)、测序平台(NovaSeq 6000)、比对参数、突变检测软件(Mutect2、VarScan2、Strelka2)、甲基化分析软件(Bismark)、覆盖度阈值(≥10×) 阅读提示:详见2.4-2.6 Bulk RNA sequencing, Whole exome sequencing, DNA methylation sequencing and analysis |
| 单细胞测序 | 样本(MB4、MB7及对应MBOs)、解离试剂盒(papain-based)、10× Genomics Chromium平台、测序平台(HiSeq 4000)、分析软件(Cell Ranger v4.0.0, Seurat v3.2.2, CopyKAT) 阅读提示:详见2.7 Single-cell sequencing analyses |
| TIL扩增和共培养 | 肿瘤来源、IL-2浓度(6000 IU/mL)、培养时间(2周)、共培养比例(5×10⁴免疫细胞:1个MBO)、凋亡染色染料(Yeasen Y00001982)、ELISA试剂盒(BD) 阅读提示:详见2.9 Co-culture of MBOs and TILs |
| 动物实验 | 小鼠品系(NSG,4-6周龄)、麻醉剂(5%异氟烷)、移植方法(原位或皮下)、移植量(原位1个MBO,皮下约30 µL)、观察时间(3个月)、TIL注射(1×10⁷细胞尾静脉) 阅读提示:详见2.10 Animals and Orthotopic/Subcutaneous Transplantation of MBOs |