鉴定syntenin-1相互作用蛋白
寻找催化syntenin-1磷酸化的激酶
在HEK293T细胞中表达Flag-syntenin-1,通过IP-MS鉴定相互作用蛋白,发现TBK1。
Phosphorylation of syntenin-1 by TBK1 promotes proliferation and migration of non-small cell lung cancer cells.
包含体外激酶实验、细胞功能实验、基因敲除和转录组测序等多个层级,并进行机制验证。
HEK293T细胞 A549细胞系 syntenin-1敲除A549细胞系
TBK1与syntenin-1的相互作用通过IP-MS和coIP验证 TBK1直接磷酸化syntenin-1 S6位点通过体外激酶实验和突变验证 ULK1并非直接激酶,而是通过激活TBK1发挥作用 TBK1与syntenin-1共表达促进A549细胞增殖和迁移 S6A突变减少效应,S6D增加MAPK信号通路激活
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
寻找催化syntenin-1磷酸化的激酶
在HEK293T细胞中表达Flag-syntenin-1,通过IP-MS鉴定相互作用蛋白,发现TBK1。
确认TBK1与syntenin-1的物理相互作用
通过共免疫沉淀和体外pull-down实验验证。
确认TBK1直接磷酸化syntenin-1
纯化重组蛋白进行激酶实验,检测磷酸化。
确定TBK1磷酸化syntenin-1的特定残基
通过质谱分析鉴定磷酸化位点,并通过突变验证。
确定syntenin-1 S6磷酸化的直接激酶
通过CRISPR敲除ULK1或TBK1,观察syntenin-1磷酸化变化。
研究TBK1-syntenin-1共表达对NSCLC细胞增殖和迁移的影响
在A549细胞中过表达syntenin-1和TBK1,检测细胞生长、增殖和迁移。
确定S6磷酸化是否介导syntenin-1的致癌功能
在syntenin-1敲除的A549细胞中表达WT、S6A和S6D突变体,评估功能差异。
探索syntenin-1磷酸化影响的信号通路
通过RNA-seq分析基因表达变化,并验证MAPK通路激活。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco | C11995500BT |
| 胎牛血清 | Biosera | 010423-UY | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Gibco | 15140-122 | |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | C11875500BT | |
| Western blot | 抗磷酸化ERK抗体 | CST | 9101 |
| 抗磷酸化p38抗体 | CST | 4511 | |
| 抗磷酸化SAPK/JNK抗体 | CST | 9251 | |
| 抗HA辣根过氧化物酶偶联抗体 | ABclonal | AE025 | |
| 抗Flag辣根过氧化物酶偶联抗体 | CST | 86861 | |
| 抗TBK1抗体 | Proteintech | 28397-1-AP | |
| 抗syntenin-1抗体 | Proteintech | 22399-1-AP | |
| 抗ULK1抗体 | ABclonal | A8529 | |
| 抗磷酸化TBK1/NAK(Ser-172)抗体 | CST | 5483 | |
| 抗GAPDH抗体 | ABclonal | AC002 | |
| 免疫沉淀 | BeyoMag抗HA磁珠 | Beyotime | P2121 |
| BeyoMag抗Flag磁珠 | Beyotime | P2115 | |
| 细胞转染 | 聚乙烯亚胺 | Polysciences | 23966-2 |
| lipo8000转染试剂 | Beyotime | C0533 | |
| Western blot | PVDF膜 | Bio-Rad | 1620177 |
| 吐温-20 | Sangon Biotech | A600560 | |
| 增强化学发光试剂 | ABclonal | RM00021 | |
| 质谱分析 | Orbitrap Exploris 480质谱仪 | Thermo Scientific | -- |
| 体外激酶实验 | 活性TBK1蛋白 | SignalChem | T02-10G-10 |
| ULK1蛋白 | SignalChem | U01-11G | |
| 体外pull-down实验 | GST-TBK1蛋白 | SinoBiological | T02-10G |
| 细胞增殖实验 | 细胞计数试剂盒-8 | Beyotime | C0041 |
| 细胞迁移实验 | Transwell小室 | Corning | 3422 |
| EdU实验 | EdU试剂 | Beyotime | C0071S |
| 免疫染色固定液 | Beyotime | P0098 | |
| Triton X-100 | GenStar | VA11410 | |
| qRT-PCR | RNAiso Plus试剂 | Takara | 9109 |
| Primescript反转录试剂盒 | ABclonal | RK20428 | |
| SYBR荧光定量PCR试剂盒 | ABclonal | RK21203 | |
| 荧光素酶实验 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Abcam | ab-228530 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系、培养基类型、血清浓度、抗生素浓度 阅读提示:Experimental procedures - Cells and antibodies |
| 免疫沉淀 | 抗体、磁珠、裂解缓冲液、孵育时间 阅读提示:Experimental procedures - Immunoprecipitation and Western blotting |
| 体外激酶实验 | 激酶和底物浓度、ATP浓度、反应缓冲液、温度和时间 阅读提示:Experimental procedures - In vitro kinase assay |
| 细胞功能实验 | 细胞密度、处理时间、试剂浓度、统计方法 阅读提示:Experimental procedures - CCK8 cell growth assay, Transwell assay, EdU cell proliferation assay, Wound-healing assay |
| 基因编辑 | sgRNA序列、转染方法、筛选浓度 阅读提示:Experimental procedures - CRISPR-based gene editing |
| 转录组分析 | RNA提取方法、测序平台、数据分析流程 阅读提示:Experimental procedures - RNA-sequencing |