验证PARP7对I型干扰素信号的影响
确认PARP7是否调控I型干扰素信号通路而非仅影响干扰素产生。
在MEF Parp7+/+和Parp7−/−细胞中,使用dsDNA或IFNβ处理,通过qPCR检测CXCL10和ISG15表达,通过免疫印迹检测STAT1/STAT2及其磷酸化水平。
PARP7 inhibition stabilizes STAT1/STAT2 and relieves experimental autoimmune encephalomyelitis in mice.
包含细胞模型(MEF、HEK293T)、体外实验(ADP-核糖基化)、动物模型(EAE小鼠)多个层级,并有功能验证和机制验证(泛素化、自噬)
MEF Parp7+/+和Parp7−/−细胞 HEK293T细胞 EAE小鼠模型(C57BL/6小鼠)
小鼠品系:C57BL/6,雌性,8-10周龄 EAE诱导:MOG35-55肽皮下免疫,Pertussis toxin在第0天和第2天皮下注射 PARP7抑制剂RBN-2397给药:30 mg/kg,腹腔注射,隔天一次 细胞处理:IFNβ(2 ng/mL)、dsDNA(2.5 ng/mL)、MG132(20 μM)、CHX(50 μM)、BafA1(5 μM) p62敲低:5 nM siRNA,使用Lipofectamine RNAiMAX转染
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认PARP7是否调控I型干扰素信号通路而非仅影响干扰素产生。
在MEF Parp7+/+和Parp7−/−细胞中,使用dsDNA或IFNβ处理,通过qPCR检测CXCL10和ISG15表达,通过免疫印迹检测STAT1/STAT2及其磷酸化水平。
确定PARP7是否结合并ADP-核糖基化STAT1和STAT2。
在HEK293T细胞中共表达FLAG-PARP7(WT或H532A)和STAT1/STAT2,进行共免疫沉淀检测相互作用;使用生物素-NAD+标记和链霉亲和素下拉实验检测ADP-核糖基化;体外将纯化的PARP7与STAT1/STAT2孵育检测ADP-核糖基化。
探究PARP7是否促进STAT1/STAT2通过自噬途径降解。
在MEF细胞中使用CHX、MG132和BafA1处理,检测STAT1/STAT2蛋白水平;在HEK293T细胞中检测PARP7对STAT1/STAT2泛素化和p62相互作用的影响;在MEF细胞中敲低p62,检测STAT1/STAT2水平。
评估PARP7抑制或缺失是否缓解EAE症状。
使用MOG35-55诱导EAE小鼠模型,分别用RBN-2397或DMSO处理,以及比较PARP7 WT和KO小鼠,记录临床评分,检测血清IFNβ、CXCL10、IL-10水平,并进行脊髓组织病理学分析(H&E、CD45、IBA1、MBP染色)。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 高糖DMEM培养基 | Thermofisher Scientific | -- |
| 胎牛血清(美国认证) | Thermofisher Scientific | -- | |
| 抗生素-抗真菌剂(100X) | Thermofisher Scientific | -- | |
| GlutaMAX™ 补充剂 | Thermofisher Scientific | -- | |
| Opti-MEM™ I 减血清培养基 | Thermofisher Scientific | -- | |
| MEM非必需氨基酸溶液(100X) | Thermofisher Scientific | -- | |
| 细胞转染 | 聚乙烯亚胺盐酸盐(PEI) | Polysciences | -- |
| Lipofectamine™ RNAiMAX 转染试剂 | Thermofisher Scientific | -- | |
| 药物处理 | MG132(蛋白酶体抑制剂) | Cayman Chemical | 133407-82-6 |
| 巴弗洛霉素A1 | InvivoGen | 88899-55-2 | |
| poly (dA:dT) | InvivoGen | 86828-69-5 | |
| RBN-2397(PARP7抑制剂) | Ambeed | 2381037-82-5 | |
| 细胞因子处理 | 重组小鼠IFN-β蛋白 | Biotechne | -- |
| 体外ADP-核糖基化 | 重组人STAT1 | MedChemExpress | -- |
| 重组人STAT2 | SinoBiological | -- | |
| 烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD+) | Sigma-Aldrich | 53-84-9 | |
| Western blot检测 | β-actin抗体(C4) | Santa Cruz Biotechnology | sc-47778 |
| GFP抗体(B-2) | Santa Cruz Biotechnology | sc-9996 | |
| STAT1抗体 | Cell Signaling Technology | 9172 | |
| 磷酸化STAT1 (Tyr701) (D4A7)抗体 | Cell Signaling Technology | 7649 | |
| STAT2 (D9J7L)抗体 | Cell Signaling Technology | 72604 | |
| 磷酸化STAT2 (Tyr690)抗体 | Cell Signaling Technology | 4441 | |
| 泛素 (P4D1)抗体 | Cell Signaling Technology | 3936 | |
| TBK1/NAK抗体 | Cell Signaling Technology | 3013 | |
| 磷酸化TBK1/NAK (Ser172) (D52C2)抗体 | Cell Signaling Technology | 5483 | |
| SQSTM1/p62抗体 | Cell Signaling Technology | 5114 | |
| 多/单ADP核糖 (D9P7Z)抗体 | Cell Signaling Technology | 89190 | |
| JAK1 (6G4)抗体 | Cell Signaling Technology | 3344 | |
| α-微管蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 2144 | |
| 对照兔IgG | Cell Signaling Technology | 2729 | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 647抗Flag标签抗体 | Invitrogen | MA1-142-A647 |
| Alexa Fluor 647抗HA标签抗体 | Invitrogen | 26183-A647 | |
| 免疫沉淀 | ANTI-FLAG® M2 亲和凝胶 | Sigma-Aldrich | A2220 |
| 蛋白A/G偶联琼脂糖珠 | Santa Cruz Biotechnology | sc-2003 | |
| RNA提取与qPCR | E.Z.N.A.® 总RNA提取试剂盒I | Omega BIO-TEK | R6834-02 |
| Applied Biosystems™ 高容量cDNA逆转录试剂盒 | Fisher Scientific | 43-688-13 | |
| 2X Universal SYBR Green快速qPCR预混液 | Abclonal | RK21203 | |
| EAE诱导 | MOG(35-55)肽 | APExBIO | 149635-73-4 |
| 百日咳毒素(百日咳博德特氏菌) | Enzo Life Sciences | 70323-44-3 | |
| 不完全弗氏佐剂 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 细胞因子检测 | 小鼠IP-10(CXCL10)ELISA试剂盒 | Thermofisher Scientific | BMS6018 |
| 小鼠IL-10 ELISA试剂盒 – Quantikine | R&D Systems | M1000B-1 | |
| 小鼠IFNβ ELISA试剂盒 – Quantikine | R&D Systems | MIFNB0 | |
| 免疫组化 | CD45抗体 | Thermofisher Scientific | 14-0451-82 |
| IBA1抗体 | Cell Signaling Technology | 17198 | |
| MBP抗体 | GeneTex | GTX133108 | |
| 兔特异性HRP/DAB检测免疫组化试剂盒 | Abcam | ab64261 | |
| 蛋白质纯化 | 溶菌酶 | Thermofisher Scientific | 9001-63-2 |
| DNase I溶液 | Stemmcell Technologies | 07900 | |
| 重组小鼠M-CSF(无载体) | Biolegend | 576406 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞系(HEK293T、MEF Parp7+/+和Parp7−/−)、培养基(DMEM+10% FBS等)、培养条件(37°C, 5% CO2)、dsDNA或IFNβ处理浓度和时间、PARP7抑制剂RBN-2397浓度 阅读提示:STAR Methods 中 Cell culture studies 和 Reagents and plasmids 部分 |
| Western blot检测 | 抗体稀释比例(1:1000)、内参抗体(β-actin)、蛋白上样量、一抗和二抗孵育条件 阅读提示:STAR Methods 中 Western blot 部分 |
| RT-qPCR | 总RNA提取试剂盒、cDNA合成试剂盒、qPCR预混液、引物序列(Table S1)、内参基因(GAPDH)、反应程序 阅读提示:STAR Methods 中 Quantitative real-time PCR 部分及 Table S1 |
| 免疫共沉淀(co-IP) | 细胞裂解液成分(1% NP-40裂解缓冲液)、抗体(FLAG-M2亲和凝胶)、洗涤缓冲液、孵育时间和温度 阅读提示:STAR Methods 中 Co-IP 和 Endogenous IP 部分 |
| ADP-核糖基化检测 | 生物素-NAD+浓度(6 μg/mL)、链霉亲和素磁珠、体外反应条件(NAD+浓度、反应时间和温度) 阅读提示:STAR Methods 中 Streptavidin Pulldown assay 和 In vitro ADP-Ribosylation assay 部分 |
| EAE小鼠模型 | 小鼠品系(C57BL/6)、性别(雌性)、年龄(8-10周)、MOG35-55剂量和乳化方式、百日咳毒素剂量和时间、RBN-2397给药剂量(30 mg/kg)和频率、临床评分标准 阅读提示:STAR Methods 中 Experimental autoimmune encephalomyelitis (EAE) 部分 |
| ELISA检测 | 检测指标(IFNβ、CXCL10、IL-10)、血清样本采集时间点、ELISA试剂盒品牌和货号 阅读提示:STAR Methods 中 Cytokine/chemokine measurements 部分 |