建立并遗传表征直肠癌类器官
验证类器官模型能重现患者肿瘤的遗传特征。
从直肠癌患者手术标本中分离肿瘤细胞并用Matrigel培养,建立三种类器官系,进行全外显子测序分析突变基因和通路。
Dose response test of patient-derived cancer organoids to irradiation.
研究包含组织样本采集、类器官培养、全外显子测序和照射剂量反应实验,但主要比较检测方法,缺少体内验证和更广泛的功能验证。
三种患者来源的直肠癌类器官系
照射剂量:0、2、4、8、12、16 Gy 检测时间点:照射后第9天(CCK-8)和第15天(基于图像) 类器官存活标准:结构完整性(完整或破坏) 器官样体种量:约200±50个/孔 数据重复:基于图像分析三次独立实验,n=12
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证类器官模型能重现患者肿瘤的遗传特征。
从直肠癌患者手术标本中分离肿瘤细胞并用Matrigel培养,建立三种类器官系,进行全外显子测序分析突变基因和通路。
评估CCK-8法能否反映类器官的放射敏感性。
对三种类器官系进行6个剂量(0-16 Gy)照射,照射后第9天使用CCK-8检测细胞活力。
评估基于形态学结构完整性的图像分析能否更准确反映类器官放射敏感性。
照射后每3天采集图像,第15天统计完整结构类器官数并计算存活率。
比较CCK-8和图像分析在评估类器官放射敏感性方面的可靠性。
分别使用CCK-8数据拟合log[inhibitor] vs. normalized response模型,图像数据拟合单靶多靶模型,并比较两种方法得到的存活曲线。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织处理 | 庆大霉素/两性霉素B | Gibco | R01510 |
| Normocin | InvivoGen | ant-nr-1 | |
| 组织清洗 | 链霉素/青霉素 | Gibco | 15140-122 |
| 组织消化 | Y-27632 | Sigma-Aldrich | Y0503 |
| IV型胶原酶 | Sigma-Aldrich | C9407 | |
| DMEM培养基 | Gibco | C1199500BT | |
| 细胞培养 | Matrigel | Corning | 356231 |
| 24孔细胞培养板 | Costar | 3524 | |
| 类器官培养 | Advanced DMEM/F12培养基 | Gibco | 12634-010 |
| Noggin | Sino Biological | 50688 | |
| R-spondin1 | Sino Biological | 11083-HNAS | |
| EGF | Sino Biological | 50482-MNCH | |
| GlutaMAX | Gibco | -- | |
| A-83-01 | Tocris | 2939 | |
| B27添加剂 | Invitrogen | 17504-044 | |
| N2添加剂 | Invitrogen | 17502-048 | |
| SB202190 | Sigma-Aldrich | S7067 | |
| N-乙酰半胱氨酸 | Sigma-Aldrich | A9165 | |
| 前列腺素E2 | Sigma-Aldrich | P6532 | |
| 烟酰胺 | Sigma-Aldrich | N0636 | |
| 胃泌素 | Sigma-Aldrich | G9145 | |
| 类器官冷冻保存 | CELLBANKER™ 2 | ZENOAQ | 170905 |
| DNA提取 | SDS法 | Tiangen | DP705 |
| 淋巴细胞分离液 | TBD Science | HY2015 | |
| 全外显子测序 | Qubit 2.0荧光计 | Invitrogen | -- |
| Agilent SureSelect Human All Exon试剂盒 | Agilent Technologies | -- | |
| 照射 | X-RAD 320 | -- | -- |
| 细胞培养 | 48孔细胞培养板 | Costar | 3548 |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | DOJINDO | CK04 |
| ELx808吸收光酶标仪 | BioTek | -- | |
| 图像采集与分析 | ZEISS显微镜 | ZEISS | Vert.A1 |
| 图像分析 | ImageJ | -- | -- |
| Image-Pro Plus 6.0 | -- | -- | |
| 曲线拟合 | GraphPad | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 类器官培养 | 培养基成分(Noggin、R-spondin1、EGF等浓度),培养条件(37°C、5% CO2),传代频率(每1-2周) 阅读提示:Materials and Methods: 'Culture medium of rectal cancer organoids' |
| 照射实验 | 照射剂量(0、2、4、8、12、16 Gy),照射参数(X-RAD 320,246 cGy/min,250 kV,12 mA,SSD 50 cm),类器官接种密度(约200±50 organoids/孔) 阅读提示:Materials and Methods: 'Organoids preparation for irradiation response' |
| CCK-8检测 | 检测时间(第9天),CCK-8稀释比例(1:11),孵育时间(4小时) 阅读提示:Materials and Methods: 'Cell viability assay' |
| 图像分析 | 图像采集频率(每3天),评估时间点(第15天),存活标准(结构完整性) 阅读提示:Materials and Methods: 'Organoids cell death analysis based on image' |