检测衰老aVICs中的自噬通量
评估MMVD衍生的aVICs与正常qVICs在自噬诱导条件下自噬通量的差异。
对aVICs和qVICs进行氨基酸饥饿处理,并用baf-A1抑制自噬通量,通过免疫印迹检测MAP1LC3-II、ATG3、ATG5、ATG7、SQSTM1、CDKN1A和CDKN2A蛋白水平。
Autophagy regulates cellular senescence by mediating the degradation of CDKN1A/p21 and CDKN2A/p16 through SQSTM1/p62-mediated selective autophagy in myxomatous mitral valve degeneration.
包含细胞模型(犬原代VICs、HEK293T)、分子生物学验证(基因过表达/敲低/敲除)、功能验证(衰老、SASP、增殖)和机制验证(co-IP、PLA、荧光共定位)等多层级证据。
犬原代瓣膜间质细胞(qVICs和aVICs) HEK293T细胞
犬源性MMVD(Whitney grade 2)和健康对照的瓣膜组织 雷帕霉素(200 nM)和torin-1(80 nM)处理条件 ATG7和ATG3过表达及敲除/敲低方法 SQSTM1敲低/敲除对CDKN1A和CDKN2A降解的影响 bafilomycin A1(baf-A1)和MG132处理以阻断自噬流和蛋白酶体
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估MMVD衍生的aVICs与正常qVICs在自噬诱导条件下自噬通量的差异。
对aVICs和qVICs进行氨基酸饥饿处理,并用baf-A1抑制自噬通量,通过免疫印迹检测MAP1LC3-II、ATG3、ATG5、ATG7、SQSTM1、CDKN1A和CDKN2A蛋白水平。
比较aVICs和qVICs中自噬体与溶酶体融合及成熟情况。
通过共聚焦显微镜观察MAP1LC3和SQSTM1染色、LysoBrite染色,以及表达mCherry-eGFP-MAP1LC3B报告基因和STEM分析,评估自噬体和自溶酶体数量。
探究MTOR抑制剂(雷帕霉素和torin-1)是否能逆转aVICs的衰老表型。
用不同浓度和时间段的雷帕霉素和torin-1处理aVICs,检测CDKN1A、CDKN2A表达、SA-GLB1活性、ROS水平、SASP因子表达及增殖能力。
验证增强自噬是否能减轻aVICs的衰老表型。
在aVICs中过表达ATG7或ATG3,检测CDKN1A、CDKN2A、SQSTM1蛋白水平、自噬通量、衰老标志物、ROS、SASP和增殖能力。
评估自噬抑制是否诱导qVICs的衰老表型。
通过CRISPR-Cas9敲除ATG7或使用siRNA敲低ATG7/ATG3,检测CDKN1A、CDKN2A、SQSTM1水平、自噬通量、衰老标志物、ROS、SASP及增殖能力。
证明CDKN1A和CDKN2A定位于自噬体并被MAP1LC3识别。
通过免疫荧光共定位、PLA和co-IP实验检测CDKN1A/CDKN2A与MAP1LC3的相互作用。
确认SQSTM1作为CDKN1A和CDKN2A自噬降解的受体。
通过co-IP、PLA和共定位实验检测SQSTM1与CDKN1A/CDKN2A及MAP1LC3的相互作用,并在SQSTM1敲低/敲除细胞中验证其对CDKN1A/CDKN2A降解的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11995065 |
| 胎牛血清 | Gibco | A5256801 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| HEK293T细胞系 | ATCC | CRL-11268 | |
| 药物处理 | 雷帕霉素 | Cayman Chemical | 13346 |
| 托林-1 | Cayman Chemical | 10997 | |
| MG132 | Cayman Chemical | 10012628 | |
| 巴弗洛霉素A1 | Cayman Chemical | 11038 | |
| 转化生长因子β1 | Sino Biological | 10804-HNAC | |
| 基因过表达 | pcDNA3.1+载体 | Addgene | 208051 |
| pcDNA3.1-HA载体 | Addgene | 128034 | |
| 基因敲除 | eSpCas9-2A-Puro (PX459) V2.0质粒 | Genscript | -- |
| 基因转染 | Neon转染系统 | Invitrogen | NEON1S |
| RNA干扰 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000001 |
| 免疫荧光 | Hoechst染料 | Sigma | 62249 |
| 活细胞成像 | LysoBrite深红探针 | AAT Bioquest | 22646 |
| 免疫印迹 | RIPA裂解缓冲液 | Thermo Scientific | 89900 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Scientific | A55860 | |
| 硝酸纤维素膜 | Thermo Scientific | 88018 | |
| 牛血清白蛋白 | Thermo Scientific | J10857-18 | |
| 吐温-20 | Sigma Aldrich | P1379 | |
| 免疫共沉淀 | 免疫沉淀裂解缓冲液 | Thermo Scientific | 87787 |
| 蛋白A/G琼脂糖珠 | Abcam | ab206996 | |
| 细胞衰老检测 | SA-β-半乳糖苷酶染色试剂盒 | Sigma Aldrich | KAA002 |
| 邻位连接技术 | Duolink邻位连接试剂盒 | Sigma Aldrich | DUO92101 |
| 细胞核/质分离 | 核质分离试剂盒 | Thermo Scientific | 78833 |
| 细胞因子检测 | C5细胞因子抗体芯片 | RayBiotech | AAH-CYT-5 |
| 统计分析 | GraphPad Prism 8软件 | GraphPad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞分离与培养 | 犬种、年龄、MMVD等级(Whitney grade 2)、分离方法 阅读提示:Materials and methods: Clinical samples and ethics statement; Primary VIC isolation and culture |
| 药物处理 | 雷帕霉素浓度(25-300 nM)和时间(6-72小时);torin-1浓度(80 nM)和时间(18-48小时);MG132浓度(10 µM)和时间(36-48小时);bafilomycin A1浓度(5-10 µM)和时间(4-6小时) 阅读提示:Results sections and Figure legends; Materials and methods: Antibodies and reagents |
| 基因操作 | 转染方法(Neon电转)、质粒浓度(10 µg)、siRNA浓度(1 µM)、敲除验证(T7EI) 阅读提示:Materials and methods: Gene overexpression; RNA interference; CRISPR-Cas9 knockout |
| 自噬通量检测 | 氨基酸饥饿处理条件、baf-A1处理时间、MAP1LC3-II转化检测 阅读提示:Results: Autophagy flux is impaired in senescent aVICs; Figure 1 |
| 衰老表型评估 | SA-GLB1染色方法、ROS检测方法、SASP因子(TGFB1、IL6、MMP9)检测方法 阅读提示:Materials and methods: Cellular senescence assay; Cellular ROS assay; ELISA |