NRP2在RABV感染中的必需性验证
验证NRP2是否为RABV感染所必需的宿主因子。
在HEK293和N2a细胞中敲低或过表达NRP2,感染ERA-EGFP后测定病毒滴度。
Rabies virus utilizes neuropilin 2 as an endocytic receptor to trigger TGFBR1-mediated actin polymerization.
包含体外细胞感染实验、受体鉴定(Co-IP、pull-down、抗体阻断)、非易感细胞回补实验、信号通路抑制剂实验、肌动蛋白聚合检测及VSV对照实验,多层次功能与机制验证。
HEK293细胞 N2a小鼠神经母细胞瘤细胞 小鼠原代神经元(mPN)细胞 DU145前列腺癌细胞
NRP2敲低或过表达对RABV感染的影响(siRNA、质粒转染) NRP2与RABV G蛋白的直接相互作用(Co-IP、pull-down、病毒颗粒捕获) NRP2抗体和可溶性NRP2胞外域对RABV感染的阻断效果 DU145细胞中NRP2表达对RABV感染性的恢复作用 TGFBR1/2抑制剂(SB431542、LY2109761)和Cdc42抑制剂(MLS-573151)对RABV内化和感染的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证NRP2是否为RABV感染所必需的宿主因子。
在HEK293和N2a细胞中敲低或过表达NRP2,感染ERA-EGFP后测定病毒滴度。
确定NRP2中与RABV感染相关的关键结构域。
构建NRP2不同结构域缺失突变体,转染HEK293细胞后感染ERA-EGFP,测定病毒滴度。
检测NRP2是否影响RABV的结合或内化。
在NRP2敲低或过表达的细胞中,通过qPCR和免疫荧光定量RABV的结合和内化。
证明NRP2与RABV G蛋白直接相互作用。
通过Co-IP、pull-down和病毒颗粒捕获实验检测NRP2与不同株系RABV G的结合。
验证NRP2与G蛋白的相互作用对RABV感染的重要性。
使用NRP2单克隆抗体和可溶性NRP2胞外域预处理病毒或细胞,感染后测定病毒滴度。
验证NRP2是否足以赋予RABV感染性。
在DU145细胞中表达NRP2,检测RABV的内化和感染。
检测TGFBR1/2是否参与NRP2介导的RABV内化。
沉默TGFBR1/2或使用抑制剂处理细胞,检测RABV的内化和感染。
验证RABV诱导的肌动蛋白聚合是否依赖Cdc42信号。
使用Cdc42抑制剂MLS-573151处理细胞,检测RABV内化和F-肌动蛋白聚合。
验证NRP2介导的机制是否适用于其他病毒。
检测NRP2过表达或抑制对VSV和流感病毒感染的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| Ham's F-12K培养基 | -- | -- | |
| B27添加剂 | Thermo Fisher Scientific | 17504044 | |
| 抗体阻断 | 小鼠抗NRP2单克隆抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-13117 |
| Western blotting | 兔抗NRP2多克隆抗体 | Sino Biological | 10695-RP03 |
| 小鼠抗Flag标签多克隆抗体 | Genscript | A00187 | |
| 兔抗Myc标签多克隆抗体 | Genscript | A00172 | |
| 兔抗GST标签多克隆抗体 | Genscript | A00097 | |
| 小鼠抗6-His单克隆抗体 | Proteintech | 66005-1-Ig | |
| 对照抗体 | 小鼠IgG2b单克隆抗体 | Southern Biotech | 0104-01 |
| 免疫荧光 | 山羊抗小鼠IgG Alexa Fluor 488偶联物 | Abcam | ab150113 |
| Western blotting | 山羊抗兔IgG辣根过氧化物酶偶联物 | Invitrogen | 31460 |
| 山羊抗小鼠IgG辣根过氧化物酶偶联物 | Invitrogen | 31430 | |
| 免疫荧光 | 驴抗小鼠IgG Alexa Fluor 647偶联物 | Invitrogen | A-31571 |
| Western blotting | 兔抗β-肌动蛋白HRP偶联单克隆抗体 | Abclonal | AC028 |
| 免疫荧光 | 兔抗Rab5单克隆抗体 | CST | 3547S |
| 转染 | Opti-MEM培养基 | Invitrogen | 31985070 |
| Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | 13778150 | |
| 细胞染色 | 4',6-二脒基-2-苯基吲哚 | Invitrogen | D3571 |
| 蛋白提取 | Halt蛋白酶抑制剂混合物 | Invitrogen | 87786 |
| Pierce IP裂解缓冲液 | Invitrogen | 87788 | |
| NP-40裂解缓冲液 | Beyotime | P0013F | |
| 缓冲液 | 1M HEPES溶液(pH 7.5) | Coolaber | SL6051 |
| 免疫沉淀 | 抗Flag标签抗体偶联琼脂糖珠 | Sigma-Aldrich | A2220 |
| 细胞培养 | 阿糖胞苷 | Sigma-Aldrich | V900339 |
| 转染 | PEI转染试剂 | Sigma-Aldrich | 919012 |
| Pull-down | 谷胱甘肽琼脂糖4B珠 | GE Healthcare Bioscience | 17-0756-01 |
| 细胞活力检测 | CellTiter-Glo试剂盒 | Promega | G9242 |
| 转染 | ExFect转染试剂 | Vazyme | T101-02 |
| PCR | Phanta超保真DNA聚合酶 | Vazyme | P501-d2 |
| qPCR | ChamQ通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q711-03 |
| cDNA合成 | 第一链cDNA合成试剂盒 | TOYOBO | FSK-101 |
| 腺病毒包装 | AdEasy腺病毒载体系统 | Agilent | 240009 |
| Western blotting | PVDF膜 | Merck-Millipore | ISEQ00010 |
| Immobilon Crescendo Western HRP底物 | Merck-Millipore | WBLUR0500 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15596018 |
| 蛋白纯化 | Benzonase核酸酶 | HaiGene | C2001 |
| SDS-PAGE | 4%-12% ExpressPlus PAGE凝胶 | Genscript | M41210C |
| 蛋白纯化 | 蛋白A树脂 | Genscript | L00210-50 |
| Superdex 200 Increase 10/300 Gl凝胶柱 | Cytiva | 28990944 | |
| 免疫沉淀 | 蛋白G琼脂糖 | Roche | 11243233001 |
| 肌动蛋白染色 | 鬼笔环肽iFluor 488 | Abcam | ab176753 |
| 药物抑制 | SB431542 | MedChemExpress | HY-10431 |
| LY2109761 | MedChemExpress | HY-12075 | |
| MLS-573151 | MedChemExpress | HY-113849 | |
| EHT 1864 | MedChemExpress | HY-16659 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| NRP2敲低实验 | siRNA序列、转染试剂浓度、细胞密度、敲低效率(mRNA和蛋白水平)、感染MOI和感染时间 阅读提示:Methods中RNAi assay和Viral infection assay部分 |
| NRP2过表达实验 | 质粒名称、转染试剂和用量、转染时间、感染MOI和感染时间 阅读提示:Methods中Viral infection assay和Plasmids部分 |
| NRP2与G蛋白相互作用 | 蛋白表达载体、标签位置、纯化方法、Co-IP和pull-down的缓冲液和珠子类型 阅读提示:Methods中Co-immunoprecipitation和Pull-down assay部分 |
| 抗体阻断实验 | 抗NRP2抗体克隆号、浓度、孵育时间、细胞类型、感染MOI和滴定时间 阅读提示:Methods中Antibody blocking assay部分 |
| 可溶性NRP2蛋白中和实验 | NRP2-GST蛋白浓度、病毒与蛋白共孵育时间、感染MOI和滴定时间 阅读提示:Methods中Soluble NRP2 ectodomain neutralization assay部分 |
| DU145细胞回补实验 | 腺病毒载体构建和转导方法、NRP2表达水平、感染MOI和内化检测时间 阅读提示:Methods中Cells and viruses和Viral internalization assay部分 |
| TGFBR1/2抑制剂处理 | 抑制剂浓度、处理时间、细胞活力、感染MOI、内化检测时间和统计学方法 阅读提示:Methods中Drug inhibition assays和Viral internalization assay部分 |
| Cdc42抑制剂处理 | 抑制剂浓度、处理时间、细胞活力、感染MOI、内化检测时间和统计学方法 阅读提示:Methods中Drug inhibition assays和Viral internalization assay部分 |
| 肌动蛋白聚合检测 | 病毒刺激时间、phalloidin染色浓度和时间、显微镜设置和荧光定量方法 阅读提示:Methods中F-actin polymerization assay部分 |