化学合成与结构优化
设计并合成以ABT-263双(磺酰基)苯环为连接位点的PROTACs,并优化连接子和E3连接酶配体。
通过区域选择性溴化、Sonogashira偶联和氢化等步骤合成关键中间体,并与VHL或CRBN配体偶联生成系列PROTACs。
Discovery of Dual BCL-xL/BCL-w Degraders by Exploiting the Bis(sulfonyl)benzene Ring of ABT-263 as a Linkage Vector.
研究包含化合物合成与表征、体外细胞活力与蛋白降解实验、机理验证(竞争抑制、蛋白酶体抑制、E3连接酶验证)、血小板毒性实验等多个证据层级。
MOLT-4细胞系 RS4;11细胞系 HeLa细胞系 WI-38人肺成纤维细胞 人血小板
PROTACs 44和46在HeLa、RS4;11、Jurkat、HS445和WI-38细胞中的BCL-xL和BCL-w降解效果 BCL-xL/BCL-w降解的机制验证:ABT-263预处理、来那度胺预处理、MG132和MLN4924 44和46在MOLT-4和RS4;11细胞中的细胞杀伤活性(IC50) 人血小板中44和46的EC50值与ABT-263对比 负对照44-NC和46-NC不诱导降解
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
设计并合成以ABT-263双(磺酰基)苯环为连接位点的PROTACs,并优化连接子和E3连接酶配体。
通过区域选择性溴化、Sonogashira偶联和氢化等步骤合成关键中间体,并与VHL或CRBN配体偶联生成系列PROTACs。
评估连接子修饰对warhead与BCL-xL和BCL-2结合亲和力的影响。
使用AlphaLISA竞争实验测定化合物12和13与BCL-xL和BCL-2的Ki值,与ABT-263比较。
评估PROTACs对BCL-xL依赖性MOLT-4和BCL-2依赖性RS4;11细胞的杀伤活性。
用系列PROTACs处理MOLT-4和RS4;11细胞48小时,测定IC50值。
验证PROTACs能否诱导BCL-xL和BCL-w降解,并观察对BCL-2的影响。
在HeLa、RS4;11、Jurkat、HS445和WI-38细胞中用不同浓度PROTACs处理,通过Western blot检测BCL-xL、BCL-2和BCL-w蛋白水平。
确认44和46通过PROTAC机制降解靶蛋白。
用ABT-263、来那度胺、MG132或MLN4924预处理WI-38和HeLa细胞后加入PROTACs,检测降解是否被阻断。
比较PROTACs与ABT-263对人血小板的毒性。
从血液中心获取人血小板,用ABT-263、44和46处理48小时,通过MTS法测定细胞活力并计算EC50值。
评估PROTACs对霍奇金淋巴瘤细胞系Hs 445的生长抑制活性。
用44、46和PZ15227处理Hs 445细胞48小时,通过MTS法测定细胞活力并比较EC50值。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Thermo Fisher Scientific | 22400-089 |
| DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 12430054 | |
| 胎牛血清 | Atlanta Biologicals | S11150H | |
| 青霉素-链霉素 | Thermo Fisher Scientific | 15140122 | |
| ATCC配方的RPMI-1640培养基 | ATCC | 30-2001 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Boston BioProducts | BP-115DG |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | P8340 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | P0044 | |
| Mini-PROTEAN TGX预制胶 | Bio-Rad | 4561094 | |
| Invitrolon PVDF膜 | Life Technologies | LC2002 | |
| TBS-Tween | Affymetrix | J77500 | |
| 脱脂奶粉 | Santa Cruz Biotechnology | sc-2324 | |
| BCL-xL抗体 | Cell Signaling Technology | 2764 | |
| BCL-2抗体 | Cell Signaling Technology | 3498 | |
| BCL-w抗体 | Cell Signaling Technology | 2724 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 4970 | |
| HRP标记的二抗 | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| Immobilon Western化学发光HRP底物 | MilliporeSigma | WBKLS0500 | |
| ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| AlphaLISA | HEPES | -- | -- |
| 氯化钠 | -- | -- | |
| 牛血清白蛋白 | -- | -- | |
| 吐温20 | -- | -- | |
| 96孔PCR板 | Thermo Scientific | AB-1400 | |
| His-BCL-xL蛋白 | MilliporeSigma | SRP0187 | |
| His-BCL-2蛋白 | MilliporeSigma | SRP0186 | |
| His-BCL-w蛋白 | SinoBiological | 10059-H08E | |
| 抗6×His受体微珠 | Revvity | AL178M | |
| 链霉亲和素供体微珠 | Revvity | 6760002 | |
| 384孔白色OptiPlate板 | Revvity | 6008280 | |
| 血小板实验 | 前列腺素E1 | Santa Cruz Biotechnology | sc-201223A |
| 腺苷三磷酸双磷酸酶 | Sigma-Aldrich | A6237 | |
| HEPES缓冲的Tyrode溶液 | Boston BioProducts | PY-921WB | |
| 化学合成 | N-溴代琥珀酰亚胺 | -- | -- |
| 三氟甲磺酸 | -- | -- | |
| 醋酸钯 | -- | -- | |
| 二氯化双(三苯基膦)钯 | -- | -- | |
| 碘化亚铜 | -- | -- | |
| 氢氧化钯 | -- | -- | |
| 4-二甲氨基吡啶 | -- | -- | |
| EDC·HCl(1-乙基-3-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺盐酸盐) | -- | -- | |
| 钯碳 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基类型、FBS浓度、抗生素浓度 阅读提示:Experimental Section:Cell Lines and Cell Culture |
| 蛋白降解实验 | PROTAC浓度、处理时间、细胞系 阅读提示:Figure 2和Figure 3的图注,以及Results部分相应描述 |
| 结合亲和力测定 | 蛋白浓度、肽浓度、化合物浓度梯度 阅读提示:Experimental Section:AlphaLISA Assay |
| 血小板毒性实验 | 血小板来源、处理时间、EC50计算 阅读提示:Experimental Section:Viability Assay in Human Platelets |