朊蛋白调控胶质母细胞瘤干细胞的侵袭性

Prion protein regulates invasiveness in glioblastoma stem cells.

作者信息Mariana B Prado, Bárbara P Coelho, Rebeca P Iglesia, Rodrigo N Alves, Jacqueline M Boccacino, Camila F L Fernandes, Maria Isabel Melo-Escobar, Shamini Ayyadhury, Mario C Cruz, Tiago G Santos, Flávio H Beraldo, Jue Fan, Frederico M Ferreira, Helder I Nakaya, Marco A M Prado, Vania F Prado, Martin L Duennwald, Marilene H Lopes
PMID39695426
发布时间2024-12-18
DOI10.1186/s12885-024-13285-4

实验完整度

包含体外细胞模型(U87/U251)、功能验证(增殖、迁移、侵袭、自我更新)、机制验证(CD44表达定位)及患者样本生信分析。

主要模型

U87胶质母细胞瘤细胞系 U251胶质母细胞瘤细胞系 患者来源胶质母细胞瘤干细胞(scRNA-seq)

重点核对

U87和U251细胞系PrPC敲除(CRISPR-Cas9) 单层和神经球培养条件(添加EGF和bFGF) 迁移和侵袭实验:Transwell 24小时,使用FBS作为趋化因子 CD44蛋白水平变化(Western blot) TCGA和scRNA-seq数据中PRNP与CD44表达相关性

摘要

背景:胶质母细胞瘤(GBM)是一种由胶质母细胞瘤干细胞(GSCs)驱动的侵袭性脑肿瘤,GSCs是治疗干预的有吸引力的靶点。细胞朊蛋白(PrPC)是一种参与多种细胞过程的支架蛋白,与多种膜和细胞外基质分子相互作用,影响肿瘤生物学。在此,我们研究PrPC表达对GBM的影响。方法:为实现这一目标,我们采用CRISPR-Cas9技术生成PrPC敲除(KO)胶质母细胞瘤细胞系,进行详细的缺失功能研究。对U87或U251 PrPC野生型(WT)细胞与PrPC敲除(KO)细胞进行批量RNA测序,随后进行差异表达基因和通路富集分析,以鉴定PrPC调控的通路。使用免疫荧光实验评估细胞形态和蛋白分布。通过Western blot和流式细胞术评估蛋白水平。使用Transwell和生长曲线实验分别确定PrPC缺失对GBM侵袭性和增殖的影响。使用来自癌症基因组图谱(TCGA)和Broad Institute单细胞数据门户的患者肿瘤数据的单细胞RNA测序分析,评估我们体外结果与患者样本之间的对应关系。结果:PrPC-KO GBM细胞系的转录组分析显示,与关键肿瘤进展通路(包括迁移、增殖和干性)相关的基因表达改变。这些发现通过实验证实,PrPC-KO GBM细胞显示侵袭、迁移、增殖和自我更新受损,突显其在维持肿瘤生长中的关键作用。值得注意的是,PrPC缺失破坏了关键干性标志物(尤其是CD44)的表达和定位。此外,通过CD44过表达调节PrPC水平进一步强调了它们在这些过程中的调控作用。结论:这些发现确定PrPC作为GSCs细胞表面必需分子的调节因子,强调其作为GBM治疗靶点的潜力。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
PrPC在胶质母细胞瘤干细胞侵袭性中的作用及其机制是什么?
核心机制
PrPC通过调控CD44在细胞膜上的表达和定位,影响胶质母细胞瘤干细胞的迁移和侵袭能力。
主要证据
在U87和U251细胞中敲除PrPC后,细胞增殖、自我更新、迁移和侵袭能力降低,同时CD44蛋白水平减少且膜定位改变;免疫荧光显示PrPC与CD44共定位于丝状伪足样结构。
研究意义
PrPC作为GSCs细胞表面关键分子的调节因子,可能成为胶质母细胞瘤治疗的潜在靶点。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

生成PrPC敲除细胞系

通过CRISPR-Cas9敲除U87和U251细胞中的PRNP基因,建立PrPC缺失模型。

设计gRNA并克隆至px330-U6-GFP载体,转染细胞后经嘌呤霉素筛选,单克隆化,并通过Western blot和流式确认敲除效果。

2

评估干性和增殖能力

检测PrPC缺失对胶质母细胞瘤干细胞标志物和细胞增殖的影响。

通过RT-qPCR检测干性相关基因表达,流式检测细胞表面CD133和SSEA1,生长曲线和神经球形成实验评估增殖和自我更新。

3

转录组分析

鉴定PrPC调控的通路和差异表达基因。

对U87和U251 WT和KO细胞进行bulk RNA-seq,分析差异表达基因和通路富集。

4

验证CD44表达和定位

探究PrPC对CD44蛋白水平和膜定位的调控作用。

通过Western blot检测CD44蛋白水平,免疫荧光观察CD44和PrPC共定位,流式检测细胞表面CD44。

5

迁移和侵袭实验

验证PrPC缺失对胶质母细胞瘤细胞迁移和侵袭的影响。

使用Transwell小室进行迁移和侵袭实验,评估WT和KO细胞的能力,并在CD44过表达条件下观察变化。

6

患者样本分析

验证体外实验结果与患者样本的相关性。

分析TCGA数据库中PRNP与CD44表达相关性及生存分析,并对Broad Institute的单细胞数据中GSCs进行GSEA。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM培养基Thermo Fisher Scientific31600034
DMEM-F12培养基Thermo Fisher Scientific12500062
胎牛血清----
B27添加剂----
表皮生长因子SigmaE9644
碱性成纤维细胞生长因子SigmaSRP3043
px330-U6-GFP载体----
Lipofectamine 2000转染试剂Thermo Fisher Scientific11668-019
RiboPure RNA纯化试剂盒Thermo Fisher Scientific--
Illumina链特异性mRNA文库制备试剂盒Illumina--
Illumina NextSeq 500测序仪Illumina--
高效cDNA逆转录试剂盒Applied Biosystems--
SYBR Green预混液Thermo Fisher Scientific4472908
RIPA裂解液----
Pierce BCA蛋白定量试剂盒Thermo Fisher Scientific23227
Quick Start Bradford 1x染料试剂Bio-Rad--
PVDF膜----
牛血清白蛋白Sigma--
小鼠CD44抗体Cell Signaling Technology3570S
PrPC抗体(3F4)MilliporeMAB1562
兔GAPDH抗体Cell Signaling Technology5174
抗兔HRP二抗Cell Signaling Technology7074
抗小鼠HRP二抗Cell Signaling Technology7076
PrPC抗体Abcamab703
CD44抗体Cell Signaling Technology3570
CD133抗体Cell Signaling Technology64326
SSEA1抗体Cell Signaling Technology4744S
抗小鼠Alexa Fluor 488二抗InvitrogenA28175
抗兔Alexa Fluor 647二抗InvitrogenA27040
CD44抗体Cell Signaling Technology3570
PrPC抗体Abcamab703
Alexa Fluor 633抗兔二抗InvitrogenA-21071
DAPI核染液Abcamab228549
ProLong Gold抗淬灭封片剂Thermo Scientific--
Transwell小室Greiner Bio-one662638
Geltrex基底膜基质Thermo Fisher ScientificA1413302
胰酶Gibco25200-056
Hank's平衡盐溶液Gibco14170-112
StemPro Accutase细胞解离液GibcoA1110501
CD44 cDNA ORF克隆融合GFPSino BiologicalHG12211-ACG
Taq DNA聚合酶Thermo Fisher--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞培养
DMEM和DMEM-F12培养基配方、生长因子浓度(EGF、bFGF 20ng/ml)、B27浓度(2%)
阅读提示:Methods: Cell culture
基因敲除
CRISPR-Cas9靶向序列、转染试剂、嘌呤霉素浓度和筛选时间
阅读提示:Methods: Knockout of PrPC gene
迁移和侵袭实验
Transwell孔径、细胞数、培养时间(24小时)、基质胶浓度(Geltrex)
阅读提示:Methods: Cell migration and invasion assays
CD44表达和定位
抗体克隆号、稀释比例、固定和透化条件
阅读提示:Methods: Western blotting, Flow cytometry, Immunofluorescence
转录组分析
测序深度(40M reads/样本)、分析参数(p<0.05, log2FC≥2)
阅读提示:Methods: Bulk RNA-Seq