生成PrPC敲除细胞系
通过CRISPR-Cas9敲除U87和U251细胞中的PRNP基因,建立PrPC缺失模型。
设计gRNA并克隆至px330-U6-GFP载体,转染细胞后经嘌呤霉素筛选,单克隆化,并通过Western blot和流式确认敲除效果。
Prion protein regulates invasiveness in glioblastoma stem cells.
包含体外细胞模型(U87/U251)、功能验证(增殖、迁移、侵袭、自我更新)、机制验证(CD44表达定位)及患者样本生信分析。
U87胶质母细胞瘤细胞系 U251胶质母细胞瘤细胞系 患者来源胶质母细胞瘤干细胞(scRNA-seq)
U87和U251细胞系PrPC敲除(CRISPR-Cas9) 单层和神经球培养条件(添加EGF和bFGF) 迁移和侵袭实验:Transwell 24小时,使用FBS作为趋化因子 CD44蛋白水平变化(Western blot) TCGA和scRNA-seq数据中PRNP与CD44表达相关性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
通过CRISPR-Cas9敲除U87和U251细胞中的PRNP基因,建立PrPC缺失模型。
设计gRNA并克隆至px330-U6-GFP载体,转染细胞后经嘌呤霉素筛选,单克隆化,并通过Western blot和流式确认敲除效果。
检测PrPC缺失对胶质母细胞瘤干细胞标志物和细胞增殖的影响。
通过RT-qPCR检测干性相关基因表达,流式检测细胞表面CD133和SSEA1,生长曲线和神经球形成实验评估增殖和自我更新。
鉴定PrPC调控的通路和差异表达基因。
对U87和U251 WT和KO细胞进行bulk RNA-seq,分析差异表达基因和通路富集。
探究PrPC对CD44蛋白水平和膜定位的调控作用。
通过Western blot检测CD44蛋白水平,免疫荧光观察CD44和PrPC共定位,流式检测细胞表面CD44。
验证PrPC缺失对胶质母细胞瘤细胞迁移和侵袭的影响。
使用Transwell小室进行迁移和侵袭实验,评估WT和KO细胞的能力,并在CD44过表达条件下观察变化。
验证体外实验结果与患者样本的相关性。
分析TCGA数据库中PRNP与CD44表达相关性及生存分析,并对Broad Institute的单细胞数据中GSCs进行GSEA。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 31600034 |
| DMEM-F12培养基 | Thermo Fisher Scientific | 12500062 | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| B27添加剂 | -- | -- | |
| 表皮生长因子 | Sigma | E9644 | |
| 碱性成纤维细胞生长因子 | Sigma | SRP3043 | |
| 基因敲除 | px330-U6-GFP载体 | -- | -- |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 11668-019 |
| RNA提取 | RiboPure RNA纯化试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RNA测序 | Illumina链特异性mRNA文库制备试剂盒 | Illumina | -- |
| 测序平台 | Illumina NextSeq 500测序仪 | Illumina | -- |
| RT-qPCR | 高效cDNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | -- |
| SYBR Green预混液 | Thermo Fisher Scientific | 4472908 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 | |
| Quick Start Bradford 1x染料试剂 | Bio-Rad | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 牛血清白蛋白 | Sigma | -- | |
| 小鼠CD44抗体 | Cell Signaling Technology | 3570S | |
| PrPC抗体(3F4) | Millipore | MAB1562 | |
| 兔GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 5174 | |
| 抗兔HRP二抗 | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| 抗小鼠HRP二抗 | Cell Signaling Technology | 7076 | |
| 流式细胞术 | PrPC抗体 | Abcam | ab703 |
| CD44抗体 | Cell Signaling Technology | 3570 | |
| CD133抗体 | Cell Signaling Technology | 64326 | |
| SSEA1抗体 | Cell Signaling Technology | 4744S | |
| 抗小鼠Alexa Fluor 488二抗 | Invitrogen | A28175 | |
| 抗兔Alexa Fluor 647二抗 | Invitrogen | A27040 | |
| 免疫荧光 | CD44抗体 | Cell Signaling Technology | 3570 |
| PrPC抗体 | Abcam | ab703 | |
| Alexa Fluor 633抗兔二抗 | Invitrogen | A-21071 | |
| DAPI核染液 | Abcam | ab228549 | |
| ProLong Gold抗淬灭封片剂 | Thermo Scientific | -- | |
| 迁移实验 | Transwell小室 | Greiner Bio-one | 662638 |
| 侵袭实验 | Geltrex基底膜基质 | Thermo Fisher Scientific | A1413302 |
| 增殖实验 | 胰酶 | Gibco | 25200-056 |
| Hank's平衡盐溶液 | Gibco | 14170-112 | |
| 自我更新实验 | StemPro Accutase细胞解离液 | Gibco | A1110501 |
| 转染 | CD44 cDNA ORF克隆融合GFP | Sino Biological | HG12211-ACG |
| 测序 | Taq DNA聚合酶 | Thermo Fisher | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | DMEM和DMEM-F12培养基配方、生长因子浓度(EGF、bFGF 20ng/ml)、B27浓度(2%) 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 基因敲除 | CRISPR-Cas9靶向序列、转染试剂、嘌呤霉素浓度和筛选时间 阅读提示:Methods: Knockout of PrPC gene |
| 迁移和侵袭实验 | Transwell孔径、细胞数、培养时间(24小时)、基质胶浓度(Geltrex) 阅读提示:Methods: Cell migration and invasion assays |
| CD44表达和定位 | 抗体克隆号、稀释比例、固定和透化条件 阅读提示:Methods: Western blotting, Flow cytometry, Immunofluorescence |
| 转录组分析 | 测序深度(40M reads/样本)、分析参数(p<0.05, log2FC≥2) 阅读提示:Methods: Bulk RNA-Seq |