Ssu72 表达分析
检测 Ssu72 在不同脂肪组织中的表达及其对冷暴露的响应。
通过 Western blot 和 qRT-PCR 检测小鼠不同组织(eWAT、iWAT、BAT)中 Ssu72 的表达,并分析冷暴露后的表达变化。
Ssu72 phosphatase is essential for thermogenic adaptation by regulating cytosolic translation.
包括小鼠模型(Ssu72 aKO 和 aKO;cTg)、体外实验(Co-IP、磷酸酶活性测定)、转录组学(RNA-seq、GSEA)和多种功能验证(冷暴露、代谢分析、TEM、Western blot)。
Ssu72 脂肪细胞特异性敲除小鼠(Ssu72 aKO) Ssu72 恢复表达的转基因小鼠(aKO;cTg) 293T 细胞 人类脂肪细胞 GEO 数据集(GSE2508)
小鼠模型:Ssu72 flox/flox 与 Adiponectin-Cre 交配得到的脂肪细胞特异性敲除小鼠,以及回补 HA-Ssu72 的 aKO;cTg 小鼠 冷暴露条件:急性冷暴露(4°C)和轻度冷暴露(15°C) 关键处理:CL-316,243 注射(10 mg/kg)用于 β3-肾上腺素能刺激 检测方法:蛋白质合成检测(SUnSET 实验)、RNA-seq 和 GSEA 分析、TEM 观察线粒体形态 分子检测:eIF2α 磷酸化水平、OXPHOS 亚基表达、UCP1 蛋白水平
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测 Ssu72 在不同脂肪组织中的表达及其对冷暴露的响应。
通过 Western blot 和 qRT-PCR 检测小鼠不同组织(eWAT、iWAT、BAT)中 Ssu72 的表达,并分析冷暴露后的表达变化。
探究 Ssu72 在脂肪组织中的生理功能。
通过 Ssu72 flox/flox 小鼠与 Adiponectin-Cre 小鼠交配,生成脂肪细胞特异性敲除小鼠(Ssu72 aKO),并进行表型分析。
评估 Ssu72 缺失对冷暴露下体温维持和产热基因表达的影响。
将 7 周龄 Ssu72 WT 和 aKO 小鼠置于 4°C 冷暴露,测量直肠温度,并检测产热基因(Ucp1、Ppargc1α 等)和脂肪酸氧化基因的表达。
探究 Ssu72 缺失对 BAT 线粒体结构和功能的影响。
使用透射电子显微镜(TEM)观察 BAT 线粒体形态,并检测 mtDNA 拷贝数和 OXPHOS 亚基表达。
揭示 Ssu72 缺失导致的 BAT 转录组变化。
对 Ssu72 WT 和 aKO 小鼠 BAT 进行 RNA-seq,分析差异表达基因并进行 GO 和 GSEA 富集分析。
验证 Ssu72 是否与 eIF2α 相互作用并直接去磷酸化 eIF2α。
通过 Co-IP、体外结合实验和体外磷酸酶实验,检测 Ssu72 与 eIF2α 的结合及去磷酸化活性。
验证 Ssu72 回补能否恢复 Ssu72 缺陷 BAT 的表型。
生成 aKO;cTg 小鼠(在 aKO 背景上表达 HA-Ssu72),分析 BAT 形态、eIF2α 磷酸化、产热基因和 OXPHOS 亚基表达。
检测 Ssu72 缺失对 BAT 全局蛋白质合成的影响。
使用 SUnSET 方法,腹腔注射嘌呤霉素,检测新合成蛋白质。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA 提取 | QIAzol 裂解试剂 | QIAGEN | 79306 |
| Polytron 匀浆器 PT 1300D | Kinematica AG | -- | |
| 实时定量 PCR | PowerUP SYBR Green 预混液 | Applied Biosystems | -- |
| QuantStudio 6 Flex 实时荧光定量 PCR 仪 | Life Technologies | -- | |
| DNA 提取 | DNeasy 96 血液和组织试剂盒 | QIAGEN | 69504 |
| Western blot | RIPA 裂解液 | -- | -- |
| 小型 Trans-Blot 电泳转印槽 | Bio-Rad | -- | |
| ECL 化学发光液 | AbFrontier | -- | |
| 医用 X 光胶片(蓝色) | AGFA | -- | |
| 抗体 | 抗 Ssu72 抗体 | Cell Signaling Technology | 12816 |
| 抗 PP1α 抗体 | Cell Signaling Technology | 2582 | |
| 抗 CDC25B 抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-17759 | |
| 抗 PTEN 抗体 | Cell Signaling Technology | 9188 | |
| 抗 PP2A-B56-α 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-271311 | |
| 抗 β-肌动蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | A2066 | |
| 抗 UCP1 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-6529 | |
| 抗 GAPDH 抗体 | Cell Signaling Technology | 2118 | |
| 抗 PGC1α 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-13067 | |
| 抗 HSP90 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-13119 | |
| 抗磷酸化 eIF2α (Ser51) 抗体 | Cell Signaling Technology | 3398 | |
| 抗 eIF2α 抗体 | Cell Signaling Technology | 5324 | |
| 抗 ATF4 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-390063 | |
| 抗 CHOP 抗体 | Cell Signaling Technology | 2895 | |
| 抗磷酸化 PERK (Thr980) 抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA5-15033 | |
| 抗磷酸化 IRE1α (Ser724) 抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA1-16927 | |
| 抗 ATF-6 抗体 | Cell Signaling Technology | 65880 | |
| 抗 Myc 标签抗体 | Cell Signaling Technology | 2276 | |
| 抗 HA 标签抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-7392 | |
| 抗 HA 标签抗体 | Cell Signaling Technology | 3724 | |
| 抗 β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 3700 | |
| 抗 GST 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-138 | |
| 抗嘌呤霉素抗体 | DSHB | PMY-2A4 | |
| 抗 AMPKα 抗体 | Cell Signaling Technology | 5831 | |
| 抗 PKA C alpha 抗体 | GeneTex | GTX104934 | |
| 抗 ClpP 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-271284 | |
| 抗总 OXPHOS 啮齿动物 WB 抗体混合物 | Abcam | ab110413 | |
| 抗 COX IV 抗体 | Cell Signaling Technology | 4850 | |
| 抗 MT-ND1 抗体 | Abcam | ab181848 | |
| 代谢实验 | CL-316,243 | Sigma-Aldrich | 5976 |
| Phenomaster 代谢监测系统 | TSE systems | -- | |
| 电子显微镜 | 日立 H600AB 透射电子显微镜 | Hitachi | -- |
| 免疫组织化学 | 抗 eIF2αSer51 抗体 | Cell Signaling Technology | 3398 |
| 抗 UCP1 抗体 | Abcam | ab10983 | |
| 生物素化山羊抗兔 IgG 二抗 | Vector Laboratories | PK-6101 | |
| 免疫荧光 | 蔗糖 | Sigma-Aldrich | S9378 |
| OCT 包埋剂 | Sakura Finetek | 4583 | |
| Alexa Fluor 568 标记的山羊抗兔 IgG 二抗 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 含 DAPI 的 VECTASHIELD 抗淬灭封片剂 | Vector Laboratories | H-1200 | |
| RNA 测序 | TruSeq 链式 mRNA 文库制备试剂盒 | Illumina | -- |
| Novaseq 测序平台 | Illumina | -- | |
| 重组蛋白纯化 | Muta-DirectTM 定点突变试剂盒 | INtRON | 15071 |
| BL21 感受态细胞 | Enzynomics | CP110 | |
| Ni-NTA 琼脂糖珠 | QIAGEN | -- | |
| 谷胱甘肽 Sepharose 4B 琼脂糖珠 | Cytiva | -- | |
| 体外激酶/磷酸酶实验 | 重组 PERK 蛋白 | Abcam | ab101115 |
| 三磷酸腺苷 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 免疫共沉淀 | pCMV3-HA-EIF2S1 质粒 | Sino Biological | HG13107-NY |
| 蛋白 A/G PLUS 琼脂糖珠 | Santa Cruz Biotechnology | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型 | Ssu72 flox/flox 小鼠与 Adiponectin-Cre 小鼠的交配策略,基因型鉴定方法,小鼠遗传背景(C57BL/6J) 阅读提示:Methods: Mice |
| 冷暴露实验 | 冷暴露温度(4°C 或 15°C),暴露时间(4 小时至 6 小时),温度监测方法(直肠探头),小鼠年龄和性别 阅读提示:Methods: Mice;Results: Ssu72 deficiency in BAT decreases thermogenic activation... |
| 代谢分析 | CL-316,243 剂量(10 mg/kg),注射方式(腹腔注射),代谢笼设备(Phenomaster),测量参数(VO2、VCO2、RER 等) 阅读提示:Methods: Metabolic mouse studies |
| 分子检测 | 抗体信息(公司、货号、稀释比例),蛋白质提取方法(RIPA 缓冲液),qRT-PCR 引物序列,RNA-seq 分析方法(差异表达基因标准) 阅读提示:Methods: Western blotting..., Quantitative real-time PCR..., RNA sequencing and data analysis |
| 体外实验 | 重组蛋白表达和纯化条件(细菌菌株、诱导条件、纯化方法),体外磷酸酶实验条件(反应缓冲液、温度、时间),Co-IP 实验条件(细胞转染、裂解缓冲液) 阅读提示:Methods: Recombinant protein purification, In vitro binding assay..., Co-immunoprecipitation (Co-IP) assay |