验证FUT8对AFP-L3分泌的影响
确认FUT8基因敲除是否影响AFP-L3在HepG2细胞胆管样结构中的积累。
通过免疫荧光染色检测WT和FUT8-KO HepG2细胞中AFP和AFP-L3的定位,观察胆管样结构(MRP2标记)中的共定位情况。
Vesicular Integral-Membrane Protein 36 Is Involved in the Selective Secretion of Fucosylated Proteins into Bile Duct-like Structures in HepG2 Cells.
包含FUT8和VIP36基因敲除、免疫荧光、免疫沉淀、蛋白质组学、内体分级分离等多个实验层级,并进行了功能验证和机制探讨。
HepG2肝癌细胞系(具有部分肝细胞极性) FUT8敲除HepG2细胞 VIP36敲除HepG2细胞 Huh7肝癌细胞系(无胆管样结构)
FUT8基因敲除对AFP-L3分泌的影响 VIP36基因敲除对AFP-L3和α1-抗胰蛋白酶分泌的影响 免疫荧光共定位分析(AFP/AFP-L3与MRP2) 内体分级分离和免疫印迹分析 Strep-tag/Strep-Tactin系统结合质谱鉴定相互作用蛋白
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认FUT8基因敲除是否影响AFP-L3在HepG2细胞胆管样结构中的积累。
通过免疫荧光染色检测WT和FUT8-KO HepG2细胞中AFP和AFP-L3的定位,观察胆管样结构(MRP2标记)中的共定位情况。
通过免疫沉淀和Strep-tag系统结合质谱分析,鉴定可能与AFP结合的凝集素样货物蛋白。
使用抗AFP抗体或Strep-tag系统从细胞培养上清、细胞裂解液和内体组分中分离AFP相互作用蛋白,并进行银染和质谱分析。
确定VIP36基因敲除是否影响AFP向胆管样结构的转运。
建立VIP36敲除的HepG2细胞,通过免疫荧光染色和统计分析评估胆管样结构中AFP的阳性率。
探讨VIP36是否影响除AFP外的其他岩藻糖基化蛋白(如α1-抗胰蛋白酶)的分泌。
通过免疫荧光染色比较WT、FUT8-KO和VIP36-KO HepG2细胞中α1-抗胰蛋白酶在胆管样结构中的积累情况。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Dulbecco改良Eagle培养基 | Nacalai Tesque | 08456-36 |
| 胎牛血清 | HyClone | SH30910.02 | |
| 青霉素-链霉素 | Nacalai Tesque | 09367-34 | |
| RPMI 1640培养基 | Nacalai Tesque | 30264-56 | |
| 免疫组织化学 | Triton X-100 | MP Biomedicals | 807426 |
| 二硫苏糖醇 | Nacalai Tesque | 14112-94 | |
| 正常驴血清 | Sigma-Aldrich | D9663 | |
| 牛血清白蛋白 | Nacalai Tesque | 01863-35 | |
| 甘氨酸 | FUJIFILM Wako Pure Chemical Corporation | 077-00735 | |
| 抗AFP抗体 | Sysmex Corporation | -- | |
| 抗AFP-L3抗体 | Sysmex Corporation | -- | |
| 抗MRP2抗体 | KAMIYA BIOMEDICAL | -- | |
| Alexa Fluor 488标记的驴抗小鼠IgG | Invitrogen | A21202 | |
| Alexa Fluor 546标记的驴抗兔IgG | Invitrogen | A10040 | |
| 4',6-二脒基-2-苯基吲哚 | Invitrogen | D1306 | |
| 抗α1-抗胰蛋白酶抗体 | Proteintech | 16382-1-AP | |
| 免疫沉淀 | Amicon Ultra-15离心过滤器 | Millipore | UFC9010 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Nacalai Tesque | 25955-11 | |
| Bioruptor超声破碎仪 | Tosho Electric | -- | |
| 内体组分制备 | 超速离心管 | Beckman Coulter | 344059 |
| SW 41 Ti水平转子 | Beckman Coulter | -- | |
| Optima XPN-90超速离心机 | Beckman Coulter | -- | |
| 抗LAMP-1抗体 | Abcam | ab24170 | |
| HRP偶联的抗兔IgG抗体 | Promega | W4011 | |
| ECL系统 | Nacalai Tesque | 02230 | |
| 蛋白质组学Strep-tag系统 | NucleoSpin凝胶和PCR清洁试剂盒 | MACHEREY-NAGEL | 740609 |
| pGEM-T Easy载体系统 | Promega | A1360 | |
| EcoRI限制性内切酶 | Takara Bio | 1040A | |
| NEBuilder HiFi DNA组装预混液 | New England BioLabs | E2621 | |
| 质谱分析 | 银染MS试剂盒 | FUJIFILM Wako Pure Chemical Corporation | -- |
| VIP36敲除载体构建 | BbsI限制性内切酶 | New England Biolabs | R0539 |
| pX330-U6-Chimeric_BB-CBh-hSpCas9载体 | Addgene | 42230 | |
| 转染 | GenJet体外转染试剂 | SignaGen Laboratories | SL100489-HEPG2 |
| 嘌呤霉素 | InvivoGen | anti-pr-1 | |
| 免疫印迹 | 抗VIP36抗体 | Sino Biological | 12455-MM02 |
| 统计分析 | JMP Pro 16.0软件 | SAS Institute Inc. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(HepG2来自ATCC,Huh7来自RIKEN BRC);培养基类型(DMEM或RPMI 1640);血清浓度(10% FBS);抗生素浓度(100 U/mL青霉素和100 μg/mL链霉素);培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Methods 4.1 Cell Lines |
| 基因敲除 | VIP36敲除载体构建方法(CRISPR/Cas9,使用pX330载体);转染试剂(GenJet)和用量;嘌呤霉素筛选浓度(2 μg/mL);敲除验证(免疫印迹) 阅读提示:Methods 4.7 Production of VIP36 Knockout Vector, 4.8 Transfection of AFP Gene, VIP36 KO Vector and Immunoblotting of VIP36 |
| 免疫染色 | 固定(4%多聚甲醛,10 min);透化(0.1% Triton X-100,30 min);还原处理(150 mM DTT,30 min,α1-抗胰蛋白酶染色除外);封闭液(10%正常驴血清、1% BSA、0.3 M甘氨酸);一抗浓度(抗AFP 8 μg/mL,抗AFP-L3 20 μg/mL,抗MRP2 1:100,抗α1-抗胰蛋白酶5 μg/mL);二抗浓度(10 μg/mL);核染色(DAPI 1:500或1:400);成像(共聚焦显微镜) 阅读提示:Methods 4.2 Immunohistochemistry |
| 免疫沉淀 | 收集上清的条件(无血清培养基培养2天);细胞裂解液制备(Golgi溶液和蛋白酶抑制剂);超声破碎条件(Bioruptor,冰上5分钟,15秒开/关循环);离心条件(20,000×g,20分钟,4°C);浓缩滤器规格(10 kDa) 阅读提示:Methods 4.3 Immunoprecipitation |
| 内体分离 | 细胞裂解方法(22G针头注射器匀浆30次);蔗糖梯度(62%、35%、25%);超速离心条件(210,000×g,90分钟,4°C);组分收集(1 mL/份) 阅读提示:Methods 4.4 Preparation of Endosome Fraction |
| Strep-tag系统 | AFP基因克隆(PCR条件、引物序列);载体构建(pCAGGS-FOS,EcoRI酶切,NEBuilder HiFi组装);转染条件(8 μg质粒DNA,24 μL GenJet) 阅读提示:Methods 4.5 The Proteomic Strep-Tag System, 4.8 Transfection |