建立CD44s过表达细胞模型
验证CD44s在管腔型乳腺癌细胞中的功能,并用于下游转录组分析。
通过慢病毒感染将CD44s cDNA导入MCF7和T47D细胞,嘌呤霉素筛选稳定细胞系,并用western blot验证过表达效率。
CD44s-activated tPA/LRP1-NFκB pathway drives lamellipodia outgrowth in luminal-type breast cancer cells.
包含体外细胞模型(MCF7、T47D)、转录组分析(RNA-seq)、功能验证(过表达、敲低、抑制剂)及机制验证(PI3K/Akt、NFκB等)。
MCF7细胞(人乳腺癌细胞系) T47D细胞(人乳腺癌细胞系) CD44s过表达稳定细胞系(MCF7CD44s和T47DCD44s)
CD44s过表达通过慢病毒感染建立,并经嘌呤霉素筛选(2 μg/mL)15天。 tPA敲低使用siRNA(序列:5'-CCCUCUCUUCAUUGCAUCCAU-3')进行,检测对片状伪足形成的影响。 LRP1介导通过RAP(200 nM)抑制剂或LRP1 siRNA(序列:5'-GCUCAUCUCGGGCAUGAUU-3')敲低验证。 PI3K/Akt通路验证使用LY294002(20 µM)抑制,检测tPA表达变化。 NFκB通路验证使用BAY 11-7082(10 µM)抑制,检测p65磷酸化及片状伪足形成。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证CD44s在管腔型乳腺癌细胞中的功能,并用于下游转录组分析。
通过慢病毒感染将CD44s cDNA导入MCF7和T47D细胞,嘌呤霉素筛选稳定细胞系,并用western blot验证过表达效率。
筛选CD44s过表达后表达变化的基因,寻找可能调节片状伪足形成的靶基因。
对MCF7vector和MCF7CD44s细胞进行RNA-seq,分析差异表达基因,并进行GO、KEGG和GSEA富集分析。
确认CD44s过表达对管腔型乳腺癌细胞片状伪足形成的影响。
通过免疫荧光染色检测cortactin和F-actin分布,统计片状伪足阳性细胞比例;通过划痕愈合实验检测细胞迁移能力。
确认tPA是否是CD44s诱导片状伪足形成的关键下游介质。
在CD44s过表达细胞中敲低tPA,通过免疫荧光和划痕实验检测对片状伪足形成和迁移的影响。
探讨CD44s诱导tPA上调的信号通路机制。
通过KEGG和GSEA分析预测PI3K/Akt通路,用western blot检测Akt磷酸化水平,并用LY294002抑制PI3K/Akt后检测tPA表达。
确定tPA发挥促片状伪足作用所需的膜受体。
使用EGFR抑制剂AG1478、Annexin A2抑制剂LCKLSL和LRP1抑制剂RAP处理CD44s过表达细胞,检测片状伪足形成和迁移变化,并用siRNA敲低LRP1进一步验证。
确认NFκB信号通路是tPA/LRP1轴下游调控片状伪足形成的关键通路。
通过Western blot检测p65磷酸化水平,并使用NFκB抑制剂BAY 11-7082处理细胞,检测片状伪足形成和迁移变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | MCF7细胞 | ATCC | -- |
| T47D细胞 | ATCC | -- | |
| MEM培养基 | -- | -- | |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 胰岛素 | -- | -- | |
| 青霉素 | -- | -- | |
| 链霉素 | -- | -- | |
| Western blot | CD44抗体 | Abcam | ab189524 |
| tPA抗体 | Proteintech | 10147-1-AP | |
| cortactin抗体 | Abcam | ab81208 | |
| 磷酸化Akt抗体 | CST | 4060 | |
| Akt抗体 | CST | 4691 | |
| β-actin抗体 | CST | 3700 | |
| LRP1抗体 | Boster | BM4098 | |
| 磷酸化p65抗体 | CST | 3033 | |
| p65抗体 | CST | 8242 | |
| 药物处理 | LY294002 | Selleck | S1105 |
| 受体相关蛋白 | Sino Biological | 11100-H08H | |
| LCKLSL | MCE | HY-P2333A | |
| AG1478 | MCE | 153436-53-4 | |
| BAY 11-7082 | MCE | HY-13453 | |
| RNA提取 | RNAiso Plus | Takara Bio | 9108 |
| 反转录 | PrimeScript RT试剂盒(含gDNA Eraser) | Takara Bio | RR047Q |
| RT-qPCR | SYBR Green 预混液 | Takara Bio | RR820A |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Sigma Aldrich | BCA1 | |
| PVDF膜 | Millipore | ISEQ00010 | |
| 增强型化学发光检测 | Epizyme | SQ201 | |
| 免疫荧光 | 鬼笔环肽-iFluor 647试剂 | Abcam | ab176759 |
| 594标记的二抗 | Abcam | ab150077 | |
| 细胞培养 | 嘌呤霉素 | Sigma Aldrich | -- |
| 免疫荧光 | 一抗稀释液 | Beyotime | P0256 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(ATCC)、培养基组分(MCF7:MEM+10%胎牛血清+10 μg/mL胰岛素;T47D:RPMI-1640+10%胎牛血清+7.5 μg/mL 胰岛素)、培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:第2.1节 细胞培养和试剂 |
| CD44s过表达细胞建立 | CD44s cDNA载体(Ubi-MCS-SV40-IRES-puromycin)、慢病毒感染、嘌呤霉素筛选浓度(2 μg/mL)和周期(15天) 阅读提示:第2.2节 siRNA、质粒和慢病毒 |
| 转录组分析 | RNA-seq平台(Illumina Novaseq 6000)、差异表达基因筛选阈值(fold change >1.5,p < 0.05) 阅读提示:第2.3节 RNA测序和数据分析 |
| 划痕愈合实验 | 细胞密度(100%汇合)、划痕后培养条件(MEM+1% FBS,72小时) 阅读提示:第2.6节 划痕愈合实验;图2 |
| 免疫荧光 | 细胞固定(4%多聚甲醛)、透化(0.2% Triton X-100)、封闭(5% BSA)、一抗(CD44、cortactin)、二抗(594标记)、F-actin染色(Phalloidin-iFluor 647)、成像(Nikon A1共聚焦显微镜) 阅读提示:第2.7节 免疫荧光 |