生物信息学关联分析
探究下丘脑IL6与骨骼肌脂质代谢相关基因表达之间的关联。
使用GTEx人类数据库和BXD小鼠品系,分析下丘脑Il6基因表达与骨骼肌中脂质氧化、线粒体相关基因及Adra2等基因表达的相关性;使用Pearson相关、交互图、热图及主成分分析。
Evidence for a neuromuscular circuit involving hypothalamic interleukin-6 in the control of skeletal muscle metabolism.
包含生物信息学分析、体外细胞实验、药物抑制、基因敲除、神经去支配、运动模型及体内功能验证等多个独立证据层级,并进行了机制验证。
C57BL6/J小鼠 N2A细胞 α2A/α2C肾上腺素能受体敲除(α2AC KO)小鼠 IL6敲除(IL6KO)小鼠
重组IL6侧脑室注射剂量:200 ng PD98059预处理剂量:60 μM,注射时间:IL6前30 min 运动后肌肉AMPK/ACC磷酸化检测时间点:运动后3小时 VMH中IL6R敲低所用shRNA克隆:TRCN94(LV5),注射体积1 μl/min α2AC KO小鼠基因型验证
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究下丘脑IL6与骨骼肌脂质代谢相关基因表达之间的关联。
使用GTEx人类数据库和BXD小鼠品系,分析下丘脑Il6基因表达与骨骼肌中脂质氧化、线粒体相关基因及Adra2等基因表达的相关性;使用Pearson相关、交互图、热图及主成分分析。
验证下丘脑IL6对骨骼肌脂肪酸氧化和AMPK/ACC信号的直接影响。
给予小鼠侧脑室注射重组IL6(200 ng)或生理盐水,在注射后不同时间点检测耗氧量、比目鱼肌AMPK/ACC磷酸化、Cpt1β和Pparα基因表达、脂肪酸氧化及脂肪酸组成(质谱分析)。
验证IL6通过VMH中ERK1/2通路调控骨骼肌代谢。
采用VMH内单侧注射IL6、免疫荧光和Western blot检测ERK1/2磷酸化;用MEK抑制剂PD98059预处理,观察对AMPK/ACC磷酸化和脂肪酸氧化的影响。
验证α2-肾上腺素能受体在下丘脑IL6调控骨骼肌代谢中的作用。
对小鼠进行坐骨神经去神经支配,或使用α2AC KO小鼠,给予脑室注射IL6,检测比目鱼肌AMPK/ACC磷酸化和脂肪酸氧化。
验证神经肌肉回路在生理性运动后骨骼肌脂肪酸氧化中的作用。
采用游泳和跑台运动模型,检测运动后下丘脑Il6 mRNA、ERK1/2磷酸化、骨骼肌AMPK/ACC磷酸化和脂肪酸氧化;使用IL6KO小鼠和IL6R敲低(VMH)小鼠验证IL6的作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基/HamF12 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 重组IL6 | Sino Biological | 50136-MNAE | |
| Western blot | 抗IL6 (M-19)抗体 | Santa Cruz Biotechnology | -- |
| 抗α-微管蛋白 (B-7)抗体 | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| 抗磷酸化ERK1/2 (Thr202/Tyr204)抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 抗p44/42 MAPK (ERK1/2)抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 抗磷酸化ACC (Ser79)抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 抗ACC抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 抗磷酸化AMPK (Thr172)抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 抗AMPKα抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 化学发光试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 硝酸纤维素膜 | Schleicher & Schuell | BA85 | |
| 免疫荧光 | 小鼠抗NeuN抗体 | Millipore | MAB377 |
| 抗IL6Rα抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc660 | |
| 抗磷酸化p44/42 MAPK (ERK1/2) (Thr202/Tyr204) (D13.14.4E) XP兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | #4370 | |
| 抗SF-1抗体 (A-1) | Santa Cruz Biotechnology | sc-393592 | |
| 二抗驴抗小鼠异硫氰酸荧光素 | Santa Cruz Biotechnology | sc 2010 | |
| 山羊抗兔Alexa Fluor 546 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| VECTASHIELD封片剂(含DAPI) | Vector Laboratories | #H-1200 | |
| 小鼠重组IgG抗IL6Rα抗体 (D-8) | Santa Cruz Biotechnology | sc-274259 | |
| 兔重组IgG抗磷酸化p44/42 MAPK (ERK1/2)抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| Alexa Fluor 488偶联二抗 | Thermo Fisher Scientific | A32723 | |
| Alexa Fluor 594偶联驴抗兔IgG | Thermo Fisher Scientific | A21207 | |
| DAPI染色液 | Santa Cruz Biotechnology | SC3598 | |
| 共聚焦显微镜 | 共聚焦激光显微镜LSM 780 | Zeiss | -- |
| LSM 880 with Airyscan(Axio Observer 7倒置显微镜) | Carl Zeiss | -- | |
| ELISA | IL6 ELISA试剂盒 | Pierce Endogen | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Life Technologies | -- |
| RQ1脱氧核糖核酸酶 | Promega | -- | |
| RT-qPCR | 小鼠IL6 TaqMan基因表达检测试剂盒 | -- | Mn00446190_m1 |
| GAPD内参基因 | -- | 4352338E | |
| 质谱分析 | 气相色谱-质谱联用仪GCMS-QP2010 Ultra | Shimadzu | -- |
| Stabilwax毛细管柱 | Restek | -- | |
| 耗氧量测量 | CLAMS, Oxymax Deluxe代谢监测系统 | Columbus Instruments | -- |
| 立体定位手术 | 立体定位仪model 963 | Kopf | -- |
| 慢病毒转染 | TRCN94慢病毒shRNA | Sigma-Aldrich | -- |
| Scramble慢病毒shRNA | Sigma-Aldrich | SHC 016 V | |
| 药物处理 | PD98059 | LC Laboratory | -- |
| 抗IL6抗体 | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| 试剂 | 重组IL6 | Calbiochem | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 脑室注射IL6 | IL6剂量(200 ng)、注射位点(第三脑室)、注射时间(下午5-6点)、小鼠品系(雄性C57BL6/J) 阅读提示:Materials and Methods: Cannula implantation; Intracerebroventricular microinjections |
| PD98059抑制实验 | PD98059剂量(60 μM)、注射时间(IL6前30 min)、注射途径(侧脑室) 阅读提示:Materials and Methods: Intracerebroventricular microinjections |
| α2AC KO小鼠实验 | 基因型(α2A/α2C双敲除)、IL6剂量(200 ng)、检测时间点(IL6后3小时) 阅读提示:Materials and Methods: Animals; Results: Hypothalamic IL6 stimulates the adrenergic signaling |
| 去神经实验 | 去神经手术细节(切断约4 mm坐骨神经)、恢复时间(48小时)、IL6剂量(200 ng) 阅读提示:Materials and Methods: Denervation experiment |
| 运动实验 | 游泳运动方案(4次30分钟,间隔5分钟)、跑台运动方案(两次60分钟,60%力竭速度)、检测时间点(运动后0、2、3小时) 阅读提示:Materials and Methods: Physical exercise protocols; Results: Exercise stimulates central IL6 production |
| VMH特异IL6R敲低 | 慢病毒克隆(TRCN94)、注射体积(1 μl/min)、注射坐标(AP -1.4 mm, L ±0.4 mm, DV -5.4 mm)、注射后恢复时间(3天) 阅读提示:Materials and Methods: VMH IL6R lentivirus transfection |