SERINC5过表达和敲低对I型干扰素和NF-κB信号的影响
验证SERINC5是否调控I型干扰素和NF-κB信号通路
在HEK293T细胞中转染不同量SERINC5质粒,感染SeV或处理TNF-α,检测IFN-β和NF-κB荧光素酶活性;在THP-1细胞中通过siRNA敲低SERINC5,检测细胞因子mRNA水平
SERINC proteins potentiate antiviral type I IFN production and proinflammatory signaling pathways.
包含细胞系(HEK293T、THP-1)和原代MDMs的体外功能实验、动物模型(MEFs)和病毒研究,并通过敲低/过表达及机制验证(MAVS、TRAF6相互作用)
HEK293T细胞 PMA处理的THP-1细胞 人单核细胞来源巨噬细胞(MDMs) 鼠胚胎成纤维细胞(MEFs)
SERINC5过表达剂量(0, 50, 150, 250 ng) 敲低效率(约90%) SeV感染MOI(2) TNF-α浓度(10 ng/ml) LPS浓度(100 ng/ml)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证SERINC5是否调控I型干扰素和NF-κB信号通路
在HEK293T细胞中转染不同量SERINC5质粒,感染SeV或处理TNF-α,检测IFN-β和NF-κB荧光素酶活性;在THP-1细胞中通过siRNA敲低SERINC5,检测细胞因子mRNA水平
研究SERINC5增强信号通路的分子机制
在293T细胞中表达SERINC5,poly(I:C)刺激,Western blot检测IRF3和IκBα磷酸化;在HeLa细胞中免疫荧光观察IRF3核转位
确定SERINC5在信号通路中的作用节点及与MAVS的关联
通过共免疫沉淀验证SERINC5与MAVS相互作用,并绘制MAVS结合区域;提取线粒体分级,SDD-AGE检测MAVS聚集
研究SERINC5如何增强NF-κB信号
通过共免疫沉淀验证SERINC5与TRAF6结合,检测TRAF6泛素化类型(K48/K63)及蛋白稳定性
验证SERINC5的抗病毒活性是否依赖于I型干扰素信号
在THP-1和MDMs中敲低SERINC5,检测HIV-1单轮感染性;在MEFs中敲低SERINC5,检测rVSV和ZIKV感染,比较Stat1-KO背景下的差异
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | -- | -- |
| RPMI 1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 药物处理 | 脂多糖 | Sigma-Aldrich | L6529 |
| 聚肌胞苷酸 | Sigma-Aldrich | P1530 | |
| 肿瘤坏死因子α | Sino Biological | 10602-HNAE | |
| 细胞染色 | 4',6-二脒基-2-苯基吲哚 | Vector Laboratories | H-1200 |
| 线粒体绿色荧光染料 | Thermo Fisher Scientific | M-7514 | |
| 细胞分化 | 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | Sigma-Aldrich | P1585 |
| 蛋白检测 | 抗HA抗体 | BioLegend | 901503 |
| 抗Flag M2抗体 | Sigma-Aldrich | F1804 | |
| 抗GFP抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc9996 | |
| 抗GAPDH抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-47724 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | A1978 | |
| 抗Myc抗体 | Abcam | Mab9106 | |
| 抗IRF3抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-9082 | |
| 抗磷酸化IRF3抗体 | Cell Signaling | 4947S | |
| 抗磷酸化IκBα抗体 | Cell Signaling | 9246S | |
| 抗IκBα抗体 | Abnova | MAB0057 | |
| 抗NF-κB p52抗体 | Merck Millipore | 05-361 | |
| 抗MAVS抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-166583 | |
| 抗小鼠IgG过氧化物酶 | Sigma-Aldrich | A5278 | |
| 抗兔IgG过氧化物酶 | Sigma-Aldrich | A9169 | |
| 免疫荧光 | 抗小鼠IgG-FITC | Sigma-Aldrich | F0257 |
| 抗兔IgG-FITC | Sigma-Aldrich | F9887 | |
| 抗小鼠IgG-Alexa Fluor 647 | Thermo Fisher Scientific | A-21235 | |
| 蛋白质提取 | 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | P8340 |
| 磷酸酶抑制剂 | Sigma-Aldrich | 0496837001 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15596018 |
| 逆转录 | Maxima H Minus逆转录酶 | Thermo Fisher Scientific | EP0751 |
| qPCR | SYBR Green染料 | Applied Biosystems | A25742 |
| qPCR检测系统 | QuantStudio 3检测系统 | Applied Biosystems | -- |
| ELISA | 人IFN-β ELISA试剂盒 | PBL | 41410-1 |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668019 |
| 聚凝胺 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 免疫沉淀 | 抗Flag抗体偶联磁珠 | Sigma-Aldrich | F2426 |
| 荧光素酶检测 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1960 |
| 显微镜 | Leica DMi8显微镜 | Leica | -- |
| 共聚焦显微镜 | Leica SP8激光扫描共聚焦显微镜 | Leica | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| SERINC5过表达和刺激 | SERINC5表达质粒剂量(0, 50, 150, 250 ng),SeV感染MOI(2),TNF-α浓度(10 ng/ml) 阅读提示:见Methods中'Transfections and infections' |
| 敲低效率 | shRNA或siRNA靶序列及敲低效率(约90%) 阅读提示:图1H, 1M和fig. S3E中标注 |
| 细胞处理和刺激 | LPS浓度(100 ng/ml),poly(I:C)浓度,PMA处理浓度(12.5 ng/ml)和时间(24小时) 阅读提示:Methods中'Cells, reagents, and antibodies' |
| 病毒活性测定 | HIV-1感染测定中使用的病毒株和MOI,rVSV和ZIKV感染时间(48小时) 阅读提示:图5和图6图注 |