JEV感染诱导NLRC5表达分析
确定JEV感染后脑中NLRC5的表达水平和细胞类型特异性。
通过qRT-PCR和免疫印迹检测感染小鼠脑组织中的NLRC5和病毒RNA水平,并通过免疫荧光染色鉴定表达NLRC5的细胞类型(小胶质细胞、神经元)。
NLRC5 restricts Japanese encephalitis virus replication and neuroinflammation by interacting with the viral NS3 protein in an IFN-γ-dependent manner
包含细胞实验、计算机模拟、动物模型等多层级验证,涵盖NLRC5表达、功能、机制及体内效应。
SH-SY5Y和Neuro2a神经元细胞 BV2和N9小胶质细胞 HeLa细胞(稳定表达NLRC5变体) C57BL/6小鼠(NLRC5敲降模型)
JEV感染剂量:1×10^7 PFU/mL(腹腔注射) IFN-γ处理浓度:40 ng/mL,处理时间6小时 NLRC5敲降方式:脑内注射Vivo-Morpholino(12.5 mg/kg) MG132处理浓度:10 µM CHX处理浓度:100 µg/mL
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定JEV感染后脑中NLRC5的表达水平和细胞类型特异性。
通过qRT-PCR和免疫印迹检测感染小鼠脑组织中的NLRC5和病毒RNA水平,并通过免疫荧光染色鉴定表达NLRC5的细胞类型(小胶质细胞、神经元)。
验证IFN-γ是否能诱导神经元细胞中NLRC5表达并抑制病毒复制。
SH-SY5Y和HeLa细胞感染JEV后或感染前用IFN-γ(40 ng/mL)处理,通过免疫印迹检测NLRC5和病毒蛋白表达,并通过噬斑实验检测病毒滴度。
确定NLRC5是否为限制JEV复制的关键因子。
使用siRNA敲降NLRC5或过表达NLRC5,通过免疫印迹和噬斑实验检测病毒蛋白表达和病毒滴度。
确定NLRC5的细胞质定位和LRR结构域是否对限制JEV复制必需。
使用表达GFP-NLRC5不同突变体(NLS I、2xNLS、Iso3)的稳定HeLa细胞系,感染JEV后通过免疫印迹和免疫荧光检测病毒蛋白和病毒滴度。
验证NLRC5是否与病毒NS3蛋白直接相互作用,并确定互作的结构域。
通过免疫共沉淀(Co-IP)和免疫荧光共定位实验检测NLRC5与NS3的结合,并通过计算机模拟(AlphaFold和HADDOCK)分析互作界面。
确定NLRC5是否通过蛋白酶体途径降解NS3蛋白。
使用蛋白酶体抑制剂MG132处理感染的稳定细胞系,通过免疫印迹检测NS3蛋白水平的时间变化;使用CHX处理以区分降解和翻译抑制。
在动物模型中验证NLRC5敲降是否加剧JEV感染和神经炎症。
通过脑内注射Vivo-Morpholino敲降NLRC5,然后腹腔感染JEV,监测生存率、体重、临床评分,并通过噬斑实验、免疫印迹和免疫组化检测病毒滴度、炎症和凋亡标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | HiMedia | -- |
| 胎牛血清 | HiMedia | -- | |
| 青霉素-链霉素 | HiMedia | -- | |
| 胰蛋白酶-EDTA溶液 | HiMedia | -- | |
| 病毒增殖 | MEM培养基 | HiMedia | -- |
| 免疫印迹 | BCA蛋白定量试剂盒 | G-Biosciences | 786-570 |
| PVDF膜 | Merck Millipore | IPVH00010 | |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma | P8340 | |
| 抗JEV NS3抗体 | GeneTex | GTX125868 | |
| 抗JEV包膜抗体 | GeneTex | GTX125867 | |
| 抗JEV NS5抗体 | GeneTex | GTX131360 | |
| 抗GFP抗体 | Sigma-Aldrich | SAB4301138-100UL | |
| 抗NLRC5抗体 | Cell Signaling Technology | 72379S | |
| GAPDH抗体 | GeneTex | GTX100118 | |
| 裂解的Caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9661 | |
| ASC/TMS1抗体 | Cell Signaling Technology | 13833 | |
| 免疫共沉淀 | GFP-Trap琼脂糖 | Chromotek | gtak |
| 脱氧核糖核酸酶I | SRL | 61824 | |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668019 |
| DharmaFECT 1转染试剂 | Dharmacon | T-2001-01 | |
| FLAG-NLRC5质粒 | Addgene | 37521 | |
| ON-TARGETplus人NLRC5 siRNA-SMARTpool | Dharmacon | L-018267-02-0020 | |
| 非靶向siRNA | Dharmacon | D-001810-10-20 | |
| 药物处理 | MG132 | Cayman | 10012628 |
| 盐酸多西环素 | Sigma-Aldrich | D3072-1ML | |
| 细胞因子处理 | 人IFN-γ重组蛋白 | Gibco | PHC4031 |
| RNA提取和qRT-PCR | TRIzol试剂 | Takara | 9109 |
| SYBR Green荧光染料 | Takara | -- | |
| ImProm-II逆转录系统 | Promega | -- | |
| QuantStudio 6 flex实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| 免疫荧光 | 抗NLRC5抗体 | Cell Signaling Technology | 72379S |
| 抗JEV E糖蛋白抗体 | Abcam | ab41671 | |
| 抗JEV NS3抗体 | GeneTex | GTX125868 | |
| Calreticulin抗体 | Cell Signaling Technology | 12238 | |
| 抗JEV NS1糖蛋白抗体 | Abcam | ab41651 | |
| 山羊抗兔IgG (H+L) Alexa Fluor Plus 488 | Invitrogen | A32731TR | |
| 山羊抗兔IgG (H+L) Alexa Fluor 568 | Invitrogen | A10042 | |
| 山羊抗小鼠IgG (H+L) Alexa Fluor 594 | Invitrogen | A-11005 | |
| 驴抗兔IgG (H+L)高交叉吸附二抗,Alexa Fluor 647 | Invitrogen | A31573 | |
| ProLong Gold防荧光淬灭封片剂 | Invitrogen | P36934 | |
| DAPI | Invitrogen | D1306 | |
| 牛血清白蛋白 | Sigma-Aldrich | 9048-46-8 | |
| 免疫组织化学 | 抗NLRC5抗体 (B-10) | Santa Cruz | sc-515668 |
| TMEM119多克隆抗体 | Proteintech | 27585-1-AP | |
| 抗NeuN抗体 | Merck Millipore | ABN78 | |
| Caspase-3抗体 (31A1067) | Novus Biologicals | NB100-56708 | |
| MAP-2抗体 | CST | 4542 | |
| ELISA | 小鼠IFN-γ ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0048 |
| 质粒纯化 | QIAprep Spin质粒小提试剂盒 | Qiagen | 27104 |
| 噬斑实验 | VII型琼脂糖 | Sigma | A0701 |
| 甲醛 | Sigma-Aldrich | 252549 | |
| 结晶紫 | Sigma-Aldrich | C6158 | |
| 动物实验 | 伊文思蓝染料 | Sigma-Aldrich | E2129 |
| NLRC5 Vivo-Morpholino | Gene Tools | -- | |
| 标准Vivo-Morpholino | Gene Tools | -- | |
| 免疫印迹 | ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad | -- |
| 免疫荧光 | SP8激光共聚焦显微镜 | Leica | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| JEV感染动物模型 | 小鼠品系、周龄、性别、JEV剂量和注射途径 阅读提示:Materials and methods - Virus propagation, Knocking down NLRC5 in C57BL/6 mice brains |
| 细胞培养与感染 | 细胞系(如SH-SY5Y、HeLa、BV2等),MOI,感染时间,培养条件 阅读提示:Materials and methods - Cell culture (if detailed), Results section 2 |
| NLRC5敲降和过表达 | siRNA或质粒浓度,转染试剂,转染时间 阅读提示:Materials and methods - Overexpression and siRNA-mediated silencing study |
| IFN-γ处理 | IFN-γ浓度,处理时间(预处理或后处理) 阅读提示:Materials and methods - Immunofluorescence assay (for treatment), Results section 3 |
| 药物处理(MG132和CHX) | MG132浓度,CHX浓度,处理时间点 阅读提示:Materials and methods - Proteasomal inhibition (MG132) and cycloheximide (CHX) chase assay |