构建D3T283A和D2T280A敲入小鼠模型
模拟细胞周期蛋白D3和D2的降解抵抗突变,研究其对造血的影响
利用CRISPR/Cas9技术将T283A突变引入CCND3基因,将T280A突变引入CCND2基因,生成C57BL/6J背景的敲入小鼠。
Stage-Specific Degradation of Cyclin D3 Orchestrates Myelopoiesis and Restrains Myeloproliferative Neoplasm Development
包含基因敲入小鼠模型、流式细胞术、竞争性移植、单细胞RNA测序及药物抑制等多层级验证。
D3T283A敲入小鼠 D2T280A敲入小鼠 骨髓移植小鼠模型
D3T283A小鼠模型(C57BL/6J背景) 骨髓细胞和脾细胞来源 竞争性移植中CD45.1/CD45.2分型 CDK4/6抑制剂palbociclib和PRMT5抑制剂pemrametostat处理
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
模拟细胞周期蛋白D3和D2的降解抵抗突变,研究其对造血的影响
利用CRISPR/Cas9技术将T283A突变引入CCND3基因,将T280A突变引入CCND2基因,生成C57BL/6J背景的敲入小鼠。
评估D3T283A对成熟免疫细胞和祖细胞的影响
通过多色流式细胞术分析骨髓和脾脏中成熟免疫细胞(巨噬细胞、单核细胞、中性粒细胞、B细胞、T细胞)和造血干祖细胞(LSK、HSC、MPP、CMP、GMP、MEP)的比例和绝对数。
评估D3T283A脾脏和骨髓细胞的再增殖能力
将CD45.2+的D3TA或WT细胞与CD45.1+的竞争细胞以1:1混合,移植入致死照射的受体小鼠,监测外周血嵌合率,并进行连续移植。
解析D3T283A脾脏细胞的转录组变化
对D3TA和WT小鼠脾细胞进行单细胞RNA测序,通过Seurat分析细胞群,并应用RNA速度分析预测分化轨迹。
验证CDK4/6和PRMT5抑制对D3T283A驱动的髓系扩增的影响
将D3TA和WT骨髓细胞在髓系偏倚的甲基纤维素培养基中培养,并添加CDK4/6抑制剂palbociclib或PRMT5抑制剂pemrametostat,测量集落大小。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 小鼠模型构建 | CRISPR/Cas9 | -- | -- |
| 流式细胞术 | CytoFlex S | Beckman Coulter | RRID:SCR_027083 |
| FlowJo | Becton Dickinson & Company | RRID:SCR_008520 | |
| 补偿微球 | BioLegend | Cat# 424602 | |
| 血液分析 | HemaTrue | Heska | -- |
| 集落形成实验 | MethoCult M3434 | STEMCELL Technologies | -- |
| MethoCult M3630 | STEMCELL Technologies | -- | |
| SmartDish | STEMCELL Technologies | cat# 27370 | |
| 帕博西尼 | Selleckchem | S1116 | |
| 培美曲塞 | Selleckchem | S8664 | |
| BrdU实验 | BrdU | BD | 550891 |
| Cytofix缓冲液 | BD Biosciences | 554655 | |
| Perm/Wash缓冲液 | BD Biosciences | 554723 | |
| BD Cytoperm透化缓冲液Plus | BD Biosciences | 561651 | |
| DNase I | Roche | 10104159001 | |
| RNA-seq | RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | -- |
| Western blot | NP-40裂解缓冲液 | -- | -- |
| Bio-Rad蛋白测定试剂盒 | Bio-Rad | cat# 5000006 | |
| HSP90抗体 | Cell Signaling Technology | cat# 4874S | |
| 磷酸化Foxm1 (Ser35)抗体 | Invitrogen | cat# PA5-105197 | |
| CD11b抗体 | Cell Signaling Technology | cat# 17800S | |
| Mep50抗体 | Cell Signaling Technology | cat# 2018S | |
| Foxm1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | cat# sc-376471 | |
| 细胞周期蛋白D3抗体 | Cell Signaling Technology | cat# 2936 | |
| 细胞周期蛋白D2抗体 | Cell Signaling Technology | cat# 3741S | |
| H3R8me2抗体 | Epigentek | cat# A-3706-100 | |
| 组蛋白H3抗体 | Cell Signaling Technology | cat# 4499S | |
| 磷酸化STAT3-Tyr705抗体 | Cell Signaling Technology | cat# 9145S | |
| STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | cat# 12640S | |
| α-微管蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | cat# 2144S | |
| β-肌动蛋白抗体 | Sigma Aldrich | cat# A5316 | |
| Prmt5抗体 | Abcam | cat# ab31751 | |
| Caspase3抗体 | Cell Signaling Technology | cat# 9662 | |
| 切割的Caspase3抗体 | Cell Signaling Technology | cat# 9661 | |
| GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | cat# 3683 | |
| siRNA敲低 | Lipofectamine RNAiMAX | ThermoFisher Scientific | cat# 13778075 |
| Opti-MEM | ThermoFisher Scientific | cat# 31985070 | |
| Foxm1 siRNA | Dharmacon Horizon | L-057933-01-0005 | |
| Prmt5 siRNA | Dharmacon Horizon | L-042281-00-0005 | |
| 非靶向对照siRNA | Dharmacon Horizon | D-001810-01-20 | |
| 骨髓细胞培养 | DMEM | Corning | cat# 10-013-CM |
| IL-6 | STEMCELL Technologies | cat# 78052.1 | |
| IL-3 | STEMCELL Technologies | cat# 78042.1 | |
| SCF | STEMCELL Technologies | cat# 78064.1 | |
| 红细胞裂解 | BD Pharm Lyse | BD Biosciences | 555899 |
| 固定和透化 | Foxp3/转录因子染色缓冲液套装 | Invitrogen | Cat# 00-5523-00 |
| 单细胞RNA测序 | Chromium X | 10X Genomics | -- |
| Next GEM芯片 | 10X Genomics | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型 | D3T283A和D2T280A敲入小鼠的基因型验证,确保突变位点正确且无脱靶效应 阅读提示:Material and Methods: Mouse models |
| 流式细胞术 | 抗体克隆号、浓度、荧光素标记及门控策略,确保使用一致的抗体组合和门控 阅读提示:Material and Methods: Flow cytometry analysis; Figure legends 1-4 |
| 竞争性移植 | 移植细胞数量、供体-受体比例、辐射剂量、监测时间点 阅读提示:Material and Methods: Serial competitive transplants; Figure 4 legend |
| 药物处理 | palbociclib和pemrametostat的浓度、处理时间、培养条件 阅读提示:Material and Methods: Methyl-Cellulose assay; Figure 6M legend |
| 单细胞RNA测序 | 样本数量、细胞存活率、测序深度、数据处理参数 阅读提示:Material and Methods: Single Cell RNA sequencing |
| 衰老队列分析 | MPN诊断标准,包括脾肿大、骨髓和脾脏的组织学检查、外周血涂片 阅读提示:Material and Methods: Mouse models; Figure 3 legend |