临床样本分析
识别与放射免疫治疗反应相关的代谢和乙酰化特征
对接受放疗后免疫治疗的MSS直肠癌患者活检样本进行RNA-seq,比较pCR与非pCR组的差异表达基因,并检测乙酰辅酶A水平和整体赖氨酸乙酰化水平。
SIRT1 Inhibits T-cell Infiltration and Tertiary Lymphoid Structure Formation to Promote Radioimmunotherapy Resistance
研究包含临床样本分析、体外细胞实验、多种小鼠模型(同系、人源化、PDX)及功能验证(基因敲除、回补、药物抑制),并解析了分子机制(DDX5去乙酰化、R-loop、cGAS/STING)和代谢环路。
MSS直肠癌患者样本(放疗及放免联合队列) CT26小鼠结直肠癌细胞系(BALB/c同系移植瘤模型) HT29人结直肠癌细胞系(CD34+人源化小鼠移植瘤模型) MSS结直肠癌患者来源异种移植瘤(PDX)模型
SIRT1敲除对放疗联合抗PD-1治疗肿瘤生长的影响 SIRT1敲除后放疗诱导的胞质RNA:DNA杂交体及cGAS/STING通路激活 DDX5 K328去乙酰化在R-loop解旋和RNA:DNA杂交体积累中的作用 色氨酸–SIRT1–SLC36A4正反馈环路对三级淋巴结构形成的影响 SIRT1抑制剂EX527和阿司匹林对放射免疫治疗疗效的增强作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别与放射免疫治疗反应相关的代谢和乙酰化特征
对接受放疗后免疫治疗的MSS直肠癌患者活检样本进行RNA-seq,比较pCR与非pCR组的差异表达基因,并检测乙酰辅酶A水平和整体赖氨酸乙酰化水平。
验证SIRT1对放疗诱导免疫刺激效应的影响及机制
在CT26和HT29细胞中敲除SIRT1,检测放疗后cGAS/STING通路激活(cGAMP、p-TBK1、p-IRF3)、IFNβ和ISG表达,以及胞质RNA:DNA杂交体水平。
评估SIRT1缺失对放疗联合免疫治疗疗效的影响
将Sirt1敲除或野生型CT26细胞接种BALB/c小鼠,或SIRT1敲除HT29细胞接种人源化小鼠,进行放疗(8 Gy)和抗PD-1治疗,监测肿瘤生长。
阐明SIRT1调控RNA:DNA杂交体和TLS形成的分子机制
通过免疫共沉淀、质谱鉴定SIRT1底物DDX5,验证K328去乙酰化对R-loop解旋、相分离和下游信号的影响;通过转录组和代谢分析揭示色氨酸–SIRT1–SLC36A4反馈环路。
测试SIRT1抑制剂和阿司匹林联合放疗能否增强免疫治疗疗效
在CT26荷瘤小鼠中给予EX527或阿司匹林联合放疗和抗PD-1,评估肿瘤生长、免疫浸润和TLS形成。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | C11875500BT |
| 胎牛血清 | Gibco | A5669701 | |
| 嘌呤霉素 | Gibco | A1113803 | |
| 基因敲除 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 11668019 |
| 基因敲低 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | 13778100 |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | MedChemExpress | HY-K1001 |
| PVDF膜 | Millipore | 03010040001 | |
| ECL检测试剂盒 | Millipore | -- | |
| RT-qPCR | RNA快速纯化试剂盒 | EZBioscience | B0004D |
| PrimeScript cDNA合成试剂盒 | Invitrogen | 18080300 | |
| SYBR Green PCR试剂盒 | EZBioscience | CQ20 | |
| IHC | 抗SIRT1抗体 | Proteintech | 13161-1-AP |
| 抗CD45抗体 | Proteintech | 20103-1-AP | |
| 抗GZMB抗体 | ABclonal | A2557 | |
| 抗CD8抗体 | Affinity Biosciences | AF5126-50 | |
| 抗CD20抗体 | Proteintech | 24828-1-AP | |
| ChIP | ChIP试剂盒 | Cell Signaling Technology | 2952825 |
| 免疫沉淀 | 免疫沉淀裂解缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | 87788 |
| 蛋白A/G琼脂糖珠 | Thermo Fisher Scientific | 78610 | |
| 免疫荧光 | 594标记二抗 | Thermo Fisher Scientific | R37117 |
| 488标记二抗 | Thermo Fisher Scientific | A-11001 | |
| ELISA | IFNβ ELISA试剂盒 | Beyotime Biotechnology | PI572/PI568 |
| cGAMP ELISA试剂盒 | Arbor Assays | K067-H5 | |
| 代谢分析 | Seahorse XF96分析仪 | Agilent | -- |
| 药物处理 | EX527 | MedChemExpress | HY-15452 |
| 阿司匹林 | -- | -- | |
| 抗体治疗 | 抗PD-1抗体(RMP1-14) | Bio X Cell | BE0146 |
| 抗PD-1抗体(J116) | Bio X Cell | BE0188 | |
| 动物实验 | BALB/c小鼠 | Guangdong Medical Laboratory Animal Center | GDMLAC-04 |
| HLA-A2.1/B2M NSG小鼠 | Shanghai Model Organisms Center | NM-HU-241683 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 患者队列纳入标准、放疗方案(25 Gy/5次)、免疫治疗周期(每21天一次) 阅读提示:Materials and Methods: Patients and tissues |
| 细胞培养与基因敲除 | 细胞系(HT29, SW480, CT26, HEK293T)、培养基(DMEM)、SIRT1敲除的gRNA序列、转染试剂和筛选浓度(嘌呤霉素2 μg/mL) 阅读提示:Materials and Methods: Cell lines and cell culture, Construction of SIRT1-knockout cells |
| 体外放疗与机制检测 | 放疗剂量(6 Gy或8 Gy)、检测时间点(如2h、6h)、cGAMP/IFNβ ELISA方法、dRNH1-GFP使用浓度 阅读提示:Materials and Methods: 相关章节及Figure legends (图3, 4) |
| 动物模型 | 小鼠品系(BALB/c, 人源化NSG)、细胞接种数量(2×10^6)、放疗方案(8 Gy单次)、药物剂量和给药途径(EX527 10 mg/kg, 抗PD-1 200 μg) 阅读提示:Materials and Methods: Subcutaneous colorectal xenografts |
| 代谢与B细胞功能 | Seahorse实验细胞数量(1×10^5)、抑制剂浓度(UK5099等)、B细胞分离方法(磁珠分选)、共培养时间(3天) 阅读提示:Materials and Methods: Oxygen consumption rate measurements, Isolation of B cells |