鉴定人IgM蛋白酶
从细菌基因组中鉴定能切割人IgM的酶。
通过NCBI BLAST筛选人微生物组中的细菌,表达候选蛋白酶,测试其对IgM的切割活性,并通过结构建模和突变分析确定关键残基。
Engineered IgM and IgG cleaving enzymes for mitigating antibody neutralization and complement activation in AAV gene transfer
包含体外酶活性、细胞实验、非人灵长类和被动免疫小鼠模型,但动物模型样本量小(n=1/剂量),部分机制验证有限。
人外周血单个核细胞(PBMCs) Daudi细胞系 HEK293细胞系 C57BL/6J小鼠(被动免疫模型) 恒河猴(猕猴)
IceM和IceMG对IgM和IgG的切割效率(EC50) 用于评估IgM BCR清除和PLC-γ2信号失活的人PBMC和Daudi细胞处理 用于评估补体激活的人血清供体及AAV9或PF4/肝素刺激 猕猴体内给药剂量(0.25、1.0、2.5 mg/kg)及IgM/IgG清除动力学 被动免疫小鼠模型中用于恢复AAV转导的预处理剂量和时间
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从细菌基因组中鉴定能切割人IgM的酶。
通过NCBI BLAST筛选人微生物组中的细菌,表达候选蛋白酶,测试其对IgM的切割活性,并通过结构建模和突变分析确定关键残基。
生成同时切割IgM和IgG的融合酶。
通过设计不同长度的linker连接IceM和IdeZ催化域,构建并表达融合蛋白,筛选稳定性和活性最优的变体(IceMG)。
测试IceM和IceMG能否去除B细胞表面的IgM BCR并影响B细胞信号。
用酶处理人PBMC和Daudi细胞,通过流式、免疫印迹和显微镜评估IgM BCR清除,并检测PLC-γ2磷酸化。
测试IceM和IceMG能否抑制人血清中由IgM/IgG介导的补体激活。
使用PF4/肝素复合物或AAV9触发补体激活,ELISA检测C3a水平。
测试IceMG在非人灵长类中的安全性和有效性。
三只猕猴分别给予不同剂量(0.25, 1.0, 2.5 mg/kg)的IceMG,监测血清IgM/IgG水平、中和抗体滴度和补体激活。
测试IceM和IceMG预处理是否能恢复被动免疫小鼠中AAV介导的转导。
小鼠被动输入人血清和IVIg,然后给予PBS、IdeZ、IceM或IceMG,24小时后注射AAV8或AAV9-Luc,检测荧光素酶表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 重组蛋白表达 | pET-21a载体 | -- | -- |
| BL21 Star(大肠杆菌) | -- | -- | |
| 蛋白纯化 | Ni-NTA树脂 | -- | -- |
| Superdex 200柱 | -- | -- | |
| 高容量内毒素去除离心柱 | Thermo Fisher Scientific | 88274 | |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | 11875119 |
| 胎牛血清 | MilliporeSigma | F0926 | |
| DMEM培养基 | Gibco | 11995073 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 1514014 | |
| 免疫印迹 | LDS上样缓冲液 | -- | -- |
| 考马斯亮蓝 | Thermo Fisher Scientific | 24590 | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 抗人IgM Fc抗体(HRP) | Proteintech | HRP-66484 | |
| 抗猪IgM Fc抗体(HRP) | Novus | NBP2-42699H | |
| 抗小鼠IgM Fc抗体(HRP) | Invitrogen | 62-6820 | |
| 抗IgG Fc抗体(HRP) | Invitrogen | 31423 | |
| 抗IgA Fc抗体(HRP) | Invitrogen | A18781 | |
| 抗IgE Fc抗体(HRP) | Invitrogen | A18793 | |
| 抗IgD Fc抗体(HRP) | Proteintech | 16489-1-AP | |
| 抗6xHis抗体(HRP) | Proteintech | HRP-66005 | |
| 抗磷酸化PLC-γ2抗体 | Cell Signaling Technology | 3871 | |
| 抗PLC-γ2抗体 | Cell Signaling Technology | 3872 | |
| 抗α-Tubulin抗体 | Proteintech | 66031 | |
| 增强化学发光底物 | Thermo Fisher Scientific | 34049 | |
| Bio-Rad ChemiDoc成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| Bio-Rad Image Lab v.6.1.0 | Bio-Rad | -- | |
| 酶活性实验 | 纯化的人IgM | MilliporeSigma | I8260 |
| 免疫荧光 | Lab-Tek II腔室玻片 | Thermo Fisher Scientific | 154453 |
| 多聚-L-赖氨酸 | -- | -- | |
| FITC标记的抗人IgM F(ab)抗体 | LSBio | LS-C536848 | |
| Prolong Gold防淬灭试剂(含DAPI) | Invitrogen | P36930 | |
| Zeiss 880 Airyscan快速倒置共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| 流式细胞术 | APC标记的抗CD19抗体 | Abcam | AB18224 |
| Zombie Violet染料 | BioLegend | 77477 | |
| BD Biosciences Fortessa X-20流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| FlowJo v.10.8.1 | BD Biosciences | -- | |
| 病毒生产 | 聚乙烯亚胺 | PolySciences | 24765-1 |
| 病毒纯化 | 碘克沙醇密度梯度 | -- | -- |
| 脱盐和缓冲液交换柱 | Thermo Fisher Scientific | 87770 | |
| 病毒定量 | DNA酶 | -- | -- |
| 吐温 | -- | -- | |
| Lightcycler 480 | Roche Applied Sciences | -- | |
| SYBR Green I预混液 | Roche Applied Sciences | 4887352001 | |
| 引物 | IDT | -- | |
| 补体实验 | PF4/肝素复合物 | -- | -- |
| 补体因子B ELISA | LSBio | LS-F42697 | |
| C3a ELISA | Thermo Fisher Scientific | BMS2089 | |
| Varioskan LUX多功能酶标仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| AAV中和实验 | 被动裂解缓冲液 | Promega | E1941 |
| 荧光素酶检测试剂 | Promega | E1483 | |
| ELISA | 猴IgM包被板 | Life Diagnostics | IGM-3 |
| 猴IgG包被板 | Life Diagnostics | IGG-3 | |
| Medisorb免疫板 | Thermo Fisher Scientific | 467320 | |
| 纯化IgM | Rockland | 017-0107 | |
| 纯化IgG | Rockland | 017-0102 | |
| HRP标记的抗猴IgM抗体 | Rockland | 617-103-007 | |
| HRP标记的抗猴IgG抗体 | Rockland | 617-103-012 | |
| TMB底物 | BioLegend | 423001 | |
| 动物实验 | 混合人血清 | MilliporeSigma | H4522 |
| 人静脉注射免疫球蛋白 | -- | -- | |
| Fastprep-24组织匀浆器 | MP Biomedicals | -- | |
| Victor X3酶标仪 | PerkinElmer | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| IgM/IgG切割酶的制备 | 重组酶的表达和纯化条件,包括质粒构建、E. coli菌株、诱导条件(IPTG浓度、温度、时间)、纯化方法(Ni-NTA和凝胶过滤)以及内毒素去除 阅读提示:Materials and methods: Plasmid constructs and recombinant protein expression |
| 体外切割实验 | 酶浓度(20 μg/mL)、反应时间(1小时)、温度(37°C)、底物(人IgM或IgG)以及检测方法(SDS-PAGE和western blot) 阅读提示:Materials and methods: In vitro cleavage assays; Figure 1 legend |
| B细胞受体切割和信号检测 | 细胞类型(人PBMC、Daudi)、酶浓度(20 μg/mL)、处理时间(1小时)、检测方法(流式、免疫印迹、显微镜)以及信号刺激条件(anti-Ig, 10 min) 阅读提示:Results section: IceM and IceMG cleave the IgM B cell receptor; Figure legends 3A-3G |
| 补体激活实验 | 人血清样本(补体保存)、酶预处理浓度(20 μg/mL)、触发剂(PF4/肝素或AAV9)、孵育时间(45分钟)以及检测的补体成分(C3a、因子B) 阅读提示:Materials and methods: Complement assays; Figure legends 4B-4E |
| 猕猴体内实验 | 猕猴数量(3只)、剂量(0.25, 1.0, 2.5 mg/kg)、给药方式(静脉注射)、血液采集时间点(0,1,3,6,24小时;2,3,7,14天)以及检测指标(血清IgM/IgG水平、中和抗体滴度、补体激活) 阅读提示:Materials and methods: In vivo rhesus macaque studies; Figure 5 legend |
| 被动免疫小鼠模型 | 小鼠品系(C57BL/6J)、年龄/性别(12周龄雌性)、被动免疫方案(人血清或IVIg)、酶剂量(1.0 mg/kg)、AAV血清型(AAV8或AAV9)和剂量(1×10^13 vg/kg)、检测时间(21天) 阅读提示:Materials and methods: In vivo mouse studies; Figure 7 legend |