构建体外白血病转化模型
利用CSF3R突变背景下表达RUNX1突变体的细胞模型,模拟CN/AML患者的基因突变组合。
从C57BL/6-d715 Csf3r小鼠骨髓分离lin−细胞,用携带RUNX1 WT、R139G或R174L突变体的慢病毒载体转导,并验证RUNX1蛋白表达。
Cooperating, congenital neutropenia-associated Csf3r and Runx1 mutations activate pro-inflammatory signaling and inhibit myeloid differentiation of mouse HSPCs
研究包含体外细胞培养、集落形成、液体分化、Western blot、微阵列表达分析、qRT-PCR及流式细胞术等多种实验层级,但缺乏动物体内验证、患者样本验证及功能回复实验,机制验证主要依赖转录组分析和通路预测。
小鼠骨髓lin−细胞(来源于C57BL/6-d715 Csf3r转基因小鼠) 小鼠HSPC体外白血病转化模型
细胞来源:C57BL/6-d715 Csf3r小鼠骨髓lin−细胞 RUNX1突变类型:R139G、R174L(与CN/AML患者突变一致) 转导后EBFP+细胞分选及表达验证 G-CSF处理浓度和时间(10 ng/ml,24小时) 集落形成及再接种实验的细胞数、培养时间和细胞因子条件
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
利用CSF3R突变背景下表达RUNX1突变体的细胞模型,模拟CN/AML患者的基因突变组合。
从C57BL/6-d715 Csf3r小鼠骨髓分离lin−细胞,用携带RUNX1 WT、R139G或R174L突变体的慢病毒载体转导,并验证RUNX1蛋白表达。
检测RUNX1突变对髓系祖细胞克隆形成和再增殖能力的影响。
将转导后EBFP+细胞接种于甲基纤维素培养基,培养14天计数CFU-G、CFU-GM、BFU-E集落,并连续两次再接种评估自我更新能力。
评估RUNX1突变对G-CSF诱导的髓系分化的影响。
转导后细胞在液体分化培养基中培养11天,在第11天通过FACS检测Gr-1+和CD11b+细胞数量。
鉴定RUNX1突变在CSF3R突变背景下调控的下游信号通路和转录因子。
转导后细胞经饥饿和G-CSF刺激,利用Affymetrix MoGene 2.0芯片进行mRNA表达分析,并通过IPA和ISMARA进行通路和转录因子活性分析。
通过qRT-PCR和流式细胞术验证表达谱分析结果及RUNX1突变对HSPC群体的影响。
对独立实验中的候选基因进行qRT-PCR验证;用流式细胞术检测G-CSF处理后的lin−细胞中LSK(Lin−Sca-1+c-Kit+)细胞比例。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞来源与基因型 | 小鼠品系(C57BL/6-d715 Csf3r)、性别、年龄、饲养条件 阅读提示:Material and methods: Mice |
| 骨髓lin−细胞分离 | 分离方法(免疫磁珠分选)、细胞纯度 阅读提示:Material and methods: Cell purification and separation |
| 慢病毒载体构建与转导 | 载体骨架(pRRL.PPT.CBX3.SFFV.hRUNX1.i2.EBFP.puro.pre)、RUNX1突变位点(R139G、R174L)、转导MOI、polybrene浓度、转导时间 阅读提示:Material and methods: Generation of the lentiviral vectors and Transduction of cells |
| 集落形成与再接种 | 甲基纤维素培养基(MethoCult GF M3434)、G-CSF浓度(10 ng/ml)、细胞接种密度(1000细胞/皿)、培养天数(14天)、再接种代数(2次) 阅读提示:Material and methods: Colony-forming unit assay |
| 液体培养分化 | 分化培养基组成(RPMI 1640 GlutaMAX + 10% FCS + 细胞因子)、细胞密度(2×10^5)、培养时间(11天)、检测标记(Gr-1、CD11b) 阅读提示:Material and methods: Liquid culture differentiation of transduced lin− cells |
| 微阵列分析 | 饥饿时间(24h)、G-CSF处理浓度和时间(10 ng/ml、24h)、RNA提取试剂盒、芯片类型(MoGene 2.0)、分析软件(IPA、ISMARA)及参数(fold change cutoff ±1.7) 阅读提示:Material and methods: Microarray-based mRNA expression analysis |