BRD4表达与CD8+ T细胞浸润的相关性分析
验证BRD4在HNSCC中的表达及其与CD8+ T细胞浸润的关系
使用IHC检测HNSCC组织样本中BRD4和CD8的表达,并分析TCGA数据库中BRD4与CD8A、CD8B等基因表达的相关性。
BET inhibition triggers antitumor immunity by enhancing MHC class I expression in head and neck squamous cell carcinoma
包含体外细胞实验、类器官模型、动物模型(4NQO诱导和B16移植瘤)、患者样本分析、scRNA-seq和RNA-seq等多层级验证,并进行了功能验证和机制验证。
HNSCC细胞系(SCC1、CAL27、HN6) 4NQO诱导的原发性HNSCC小鼠模型 B16/F10黑色素瘤细胞移植瘤模型 人类HNSCC组织样本及TCGA数据队列
JQ1给药剂量和方案(50 mg/kg,腹腔注射,每周5天) 抗CD8和抗PD-1抗体的使用剂量和方案(分别为100 μg/只和200 μg/只,每周两次) T细胞杀伤实验中效靶比和共培养时间(1:10,6-8小时) MHC I类分子敲低效率验证(siRNA转染后流式检测)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证BRD4在HNSCC中的表达及其与CD8+ T细胞浸润的关系
使用IHC检测HNSCC组织样本中BRD4和CD8的表达,并分析TCGA数据库中BRD4与CD8A、CD8B等基因表达的相关性。
评估JQ1治疗对HNSCC小鼠模型中免疫细胞浸润的影响
对4NQO诱导的HNSCC小鼠进行JQ1治疗,通过流式细胞术分析肿瘤、脾脏和外周血中的免疫细胞组成。
在单细胞水平解析BET抑制对肿瘤浸润免疫细胞的影响
对JQ1处理或对照的4NQO小鼠肿瘤进行scRNA-seq,分析免疫细胞亚群的变化。
明确CD8+ T细胞是否在BET抑制抗肿瘤效应中起关键作用
在4NQO诱导的HNSCC小鼠模型中,比较JQ1单独治疗与JQ1联合抗CD8抗体(CD8+ T细胞耗竭)的肿瘤生长情况。
验证BRD4抑制是否上调MHC I类分子表达
使用JQ1、iBET-151或BRD4 sgRNA处理HNSCC细胞系(SCC1、CAL27、HN6),通过RT-qPCR、Western blot和流式细胞术检测MHC I类分子表达。
阐明BRD4抑制MHC I类分子表达的分子机制
用ChIP-qPCR检测BRD4、G9a、H3K9me1/2/3在HLA-A、HLA-B、HLA-C启动子区域的富集,并通过免疫共沉淀验证BRD4与G9a的相互作用。
验证BET抑制增强T细胞介导的肿瘤细胞杀伤依赖于MHC I类分子
将药物处理或基因敲除的肿瘤细胞与活化的T细胞共培养,检测cleaved caspase-3+细胞比例;部分实验使用OT-1 T细胞和表达OVA的B16细胞。
评估BET抑制与抗PD-1联合治疗的抗肿瘤效果
在4NQO诱导的HNSCC小鼠和B16移植瘤模型中,比较单独或联合使用JQ1(或Brd4敲除)和抗PD-1抗体的肿瘤生长和免疫应答。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 药物处理 | JQ1 | -- | -- |
| iBET-151 | -- | -- | |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAiMax | Invitrogen | -- |
| 病毒包装 | Lipo2000转染试剂 | -- | -- |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| 流式分析 | Pan T细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotech | 130-096-535 |
| T细胞激活 | Ultra-LEAF纯化抗人CD3抗体 | Biolegend | 300331 |
| Ultra-LEAF纯化抗人CD28抗体 | Biolegend | 302933 | |
| T细胞培养 | RPMI培养基 | -- | -- |
| MEM非必需氨基酸 | Thermo Fisher | 11140050 | |
| 人白细胞介素-2 | PeproTech | 200-02-50 | |
| 细胞凋亡检测 | APC偶联抗人CD3抗体 | -- | -- |
| FITC偶联抗人/小鼠cleaved caspase-3抗体 | BD | 559341 | |
| OT-1杀伤实验 | OVA 257-264多肽 | Sigma | 138831-86-4 |
| PerCP/Cyanine5.5抗小鼠CD8a抗体 | Biolegend | 155013 | |
| Western blotting | RIPA裂解液 | Cell Signaling Technology | 9806S |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma | P7626-5G | |
| PVDF膜 | Roche | 3010040001 | |
| BRD4抗体 | Abcam | ab243862 | |
| HLA-ABC抗体 | Abcam | ab70328 | |
| β-微管蛋白抗体 | Cell Signaling Technologies | 2148S | |
| Western blot检测试剂盒 | Merck Millipore | WBKLS0500 | |
| RT-qPCR | RNA快速纯化试剂盒 | EScience | RN001 |
| HiScript II一步法RT-PCR试剂盒 | Vazyme | P611-01 | |
| SYBR Green预混液 | -- | -- | |
| 流式细胞术 | 红细胞裂解液 | BioLegend | 420301 |
| 抗小鼠FVS700 APC-700抗体 | BD | 564997 | |
| 抗小鼠CD45 Percp-cy5.5抗体 | BioLegend | 103132 | |
| 抗小鼠CD4 PE-cy7抗体 | BioLegend | 100422 | |
| 抗小鼠CD3 Alexa Fluor 488抗体 | BioLegend | 100210 | |
| 抗小鼠CD8 BV786抗体 | BioLegend | 563332 | |
| 抗小鼠NK1.1 BV510抗体 | BioLegend | 108738 | |
| 抗小鼠颗粒酶B Efluor450抗体 | Invitrogen | 48-8898-82 | |
| 抗小鼠IFN-γ APC-cy7抗体 | BioLegend | 505850 | |
| 抗小鼠CD11b BV605抗体 | Biolegend | 101257 | |
| 抗小鼠F4/80 BV650抗体 | Biolegend | 123149 | |
| 抗小鼠Gr-1 PE/Dazzle 594抗体 | Biolegend | 108452 | |
| Navios流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| Gallios流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| 流式分析软件 | FlowJo软件 | -- | -- |
| CytExpert软件 | -- | -- | |
| 免疫组化 | 二抗 | ZS | PV-6001 |
| BRD4抗体 | Abcam | ab243862 | |
| MHC I类抗体 | Abcam | ab134189 | |
| MHC I类抗体 | SAB | 48250 | |
| CD8抗体 | Abcam | ab93278 | |
| CD8抗体 | Cell Signaling Technology | #85336 | |
| scRNA-seq | 10x Genomics平台 | -- | -- |
| 单细胞3'试剂盒版本3 | 10x Genomics | -- | |
| RNA-seq | IPA软件 | Qiagen | -- |
| ChIP assay | DTBP | Thermo Fisher | 20665 |
| 抗BRD4抗体 | Abcam | ab243862 | |
| 抗G9a抗体 | Cell Signaling Technology | 3306S | |
| 抗H3k9me1抗体 | Abcam | ab9045 | |
| 抗H3K9me2抗体 | Abcam | ab1220 | |
| 抗H3K9me3抗体 | Abcam | ab8898 | |
| 动物实验 | 抗小鼠CD8a抗体 | BioXCell | BE0061 |
| 抗小鼠PD-1抗体 | BioXCell | RMP1-14 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 4NQO诱导的HNSCC模型 | 4NQO暴露持续时间(16周)及总实验周期(22周);JQ1给药剂量(50 mg/kg)和频率(每周5次),治疗周期(4周) 阅读提示:Materials and methods: 4NQO-induced HNSCC model and treatment modality |
| 体内抗体治疗 | anti-CD8和anti-PD-1抗体的剂量(分别为100 μg/只和200 μg/只),给药频率(每周2次) 阅读提示:Materials and methods: 4NQO-induced HNSCC model and treatment modality |
| 体外T细胞杀伤实验 | 效应细胞与靶细胞比例(1:10)、共培养时间(6-8小时),肿瘤细胞预处理条件(JQ1、iBET-151处理或基因敲除) 阅读提示:Materials and methods: T cell cytotoxicity assays in vitro |
| OT-1杀伤实验 | B16细胞与OT-1 T细胞比例(1:1)、共培养时间(3小时),OVA 257-264脉冲浓度(1-2 μg/mL)和时长(2小时) 阅读提示:Materials and methods: OT-1 T-cell cytotoxicity assays |
| B16移植瘤模型 | 接种细胞数量(0.5×10^6),抗PD-1抗体剂量(200 μg/只,每3天一次) 阅读提示:Materials and methods: B16 syngeneic model |
| ChIP实验 | 细胞数量(约1×10^6),交联剂DTBP浓度(10 mM),甲醛浓度(1%)及固定时间 阅读提示:Materials and methods: ChIP assay |