验证 TNF-α 与 microRNA 的直接结合
确定 TNF-α 是否能特异性结合炎症相关 microRNA。
使用 EMSA 和 BLI 检测 rhTNF-α 与生物素标记的单链 microRNA 的结合,并通过突变分析结合位点。
Tumor necrosis factor alpha delivers exogenous inflammation-related microRNAs to recipient cells with functional targeting capabilities
包含体外结合实验(EMSA、BLI)、细胞功能实验(集落形成、迁移、靶基因表达)、体内成瘤实验及受体敲除验证。
HCT116 细胞(人结直肠癌细胞系) BALB/c 裸鼠皮下移植瘤模型 U937 细胞(人单核细胞系,PMA/LPS 激活) A549、HUVEC、HEK293T、HT-29 细胞系
TNF-α 与 microRNA 的结合特异性及 3′-GGUU 基序的作用 TNFR1/2 在介导 TNF-α-microRNA 复合物内化中的必要性 外源性 microRNA 递送后的功能(靶基因下调、细胞增殖与迁移) 体内肿瘤生长影响(rhTNF-α-miR-146a 促进肿瘤生长,rhTNF-α-let-7c 抑制肿瘤生长)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定 TNF-α 是否能特异性结合炎症相关 microRNA。
使用 EMSA 和 BLI 检测 rhTNF-α 与生物素标记的单链 microRNA 的结合,并通过突变分析结合位点。
检测复合物能否被 HCT116 细胞内化。
使用 Alexa Fluor 488 标记的 TNF-α 和 Cy3 标记的 microRNA,通过流式细胞术和共聚焦显微镜检测内化。
确认复合物内化是否依赖 TNF-α 受体。
比较 TNFR 高表达与低表达细胞系的摄取效率,使用 siRNA 敲降 TNFR1 及 CRISPR-Cas9 敲除 TNFR1/2,并观察受体阻断抗体效果。
检验递送的 microRNA 是否能够下调靶基因并影响细胞行为。
检测递送后靶基因(NUMB、TRAF6、LIN28B)表达,以及集落形成和迁移能力变化。
验证 TNF-α 递送 microRNA 在体内是否能影响肿瘤生长。
将 HCT116 细胞皮下注射到裸鼠,成瘤后瘤内注射 TNF-α、microRNA 或复合物,测量肿瘤体积。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | McCoy's 5A 培养基 | HyClone | -- |
| RPMI 1640 培养基 | Gibco | -- | |
| DMEM 培养基 | HyClone | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10270 | |
| 青霉素-链霉素 | Thermo Scientific | 15140163 | |
| 蛋白表达 | 重组人 TNF-α | Peprotech | AF-300-01A |
| nrhTNF | -- | -- | |
| 结合实验 | 生物层干涉仪 | Gator Bio. | -- |
| 链霉亲和素传感器 | Gator Bio. | 160002 | |
| 血清降解实验 | 蛋白酶 K | Solarbio | P1120 |
| EMSA 检测 | 化学发光核酸检测模块试剂盒 | Thermo Scientific | 89880 |
| U937 激活 | 佛波醇 12-肉豆蔻酸酯 13-乙酸酯 | Sigma | P1585 |
| 脂多糖 | Sigma | L2880 | |
| RNA 提取 | TRIzol 试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| 逆转录 | M-MLV 逆转录酶 | Thermo Scientific | 28025013 |
| qPCR | THUNDERBIRD SYBR qPCR 混合液 | Toyobo | QPS-201 |
| Western blot | M-PER 哺乳动物蛋白提取试剂 | Thermo Scientific | 78501 |
| SuperSignal West Pico PLUS 化学发光底物 | Thermo Scientific | 4577 | |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Thermo Scientific | 87786 | |
| 转染 | Lipofectamine RNAiMAX 转染试剂 | Invitrogen | 13778-075 |
| 细胞实验 | 阿达木单抗 | Selleck | A2010 |
| LysoTracker Green 溶酶体探针 | Thermo Scientific | L7526 | |
| Hoechst 33342 | -- | -- | |
| 迁移实验 | Transwell 小室 | Corning | 3422 |
| 染色 | 结晶紫 | Beyotime | C0121 |
| 增殖实验 | CCK8 试剂盒 | Dojindo | CK04 |
| 抗体 | 抗 TNF-α 抗体 | Proteintech | 60291 |
| 抗 TNFR1 抗体 | Proteintech | 60192 | |
| 抗 TNFR2 抗体 | Proteintech | 19272 | |
| 抗 TNF-α 抗体 | Cell Signaling Technology | 6945 | |
| 抗 LIN28B 抗体 | Cell Signaling Technology | 4196 | |
| 抗 NUMB 抗体 | ABclonal | A9352 | |
| 抗 TRAF6 抗体 | ABclonal | A16991 | |
| 抗 Actin 抗体 | ABclonal | AC026 | |
| TNF 超家族成员 | TNFSF13 | Origene | TP761373 |
| TNFSF10 | Sino Biological | 10409-HNAE | |
| TNFSF11 | Sino Biological | 11682-HNCH | |
| TNFSF14 | Sino Biological | 10386-H15H3 | |
| TNFSF13 | Proteintech | Ag29054 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| TNF-α 与 microRNA 结合实验 | TNF-α 浓度梯度、microRNA 浓度、结合缓冲液、孵育时间 阅读提示:Materials and methods: TNF-α-microRNA complex binding kinetic characterization assay; EMSA |
| 细胞摄取实验 | 细胞系(HCT116 等)、TNF-α 和 microRNA 浓度、孵育时间、荧光标记 阅读提示:Materials and methods: Flow cytometry, Confocal laser scanning microscopy; Figure legends 2 |
| TNFR 介导机制验证 | TNFR 表达水平、siRNA 敲降效率、CRISPR 敲除效率、Adalimumab 浓度 阅读提示:Materials and methods: RNAi and cell transfection, Western blot; Results: TNF-α-microRNA complex delivered into recipient cells is mediated by TNFRs |
| 功能验证实验 | 集落形成实验细胞数、处理浓度、迁移实验时间、靶基因检测 阅读提示:Materials and methods: Cell migration assay, Colony formation assays, Western blot; Figure legends 4 |
| 体内实验 | 小鼠品系、周龄、细胞注射数量、给药浓度、给药间隔、肿瘤体积测量 阅读提示:Materials and methods: In vivo tumorigenesis; Figure legend 4I |