鉴定吉西他滨耐药相关基因
筛选在吉西他滨耐药PDAC细胞中异常高表达且与预后相关的候选基因。
分析BxPC-3和CFPAC-1耐药细胞的转录组数据,与GEO和TCGA数据集交叉,并验证PDGFC在耐药细胞和组织中的表达及与预后的相关性。
Imatinib facilitates gemcitabine sensitivity by targeting epigenetically activated PDGFC signaling in pancreatic cancer
包含体外细胞模型、体内异种移植模型和PDX模型,以及机制验证(ChIP、western blot)和功能验证(IC50、增殖、凋亡)等多个独立证据层级
BxPC-3和CFPAC-1吉西他滨耐药细胞系 BALB/c裸鼠皮下异种移植模型 B-NDG小鼠PDX模型
PDGFC高表达与吉西他滨耐药的相关性 P300介导的H3K27乙酰化对PDGFC转录的调控 PDGFR-PI3K-AKT信号通路在PDGFC介导耐药中的作用 伊马替尼与吉西他滨联合治疗的协同效应
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选在吉西他滨耐药PDAC细胞中异常高表达且与预后相关的候选基因。
分析BxPC-3和CFPAC-1耐药细胞的转录组数据,与GEO和TCGA数据集交叉,并验证PDGFC在耐药细胞和组织中的表达及与预后的相关性。
探究吉西他滨耐药PDAC中PDGFC高表达的表观遗传机制。
检测PDGFC启动子区H3K27ac富集,使用P300抑制剂C646及P300敲低验证其对PDGFC表达的影响,并通过ChIP验证H3K27ac富集变化。
确定PDGFC表达水平是否影响PDAC细胞对吉西他滨的敏感性。
在吉西他滨耐药细胞系中敲低PDGFC或给予重组人PDGF-CC蛋白,检测IC50、细胞增殖、克隆形成和凋亡变化。
评估PDGFC敲低在体内是否能增强吉西他滨的抗肿瘤作用。
将稳定敲低PDGFC的耐药细胞皮下接种裸鼠,给予吉西他滨治疗,检测肿瘤体积、重量以及Ki67、PDGFC、p-AKT表达和凋亡。
验证PDGFC是否通过PDGFR-PI3K-AKT通路促进耐药,并评估伊马替尼能否阻断该通路。
敲低PDGFC后检测PDGFR、PI3K、AKT磷酸化水平及凋亡相关蛋白;使用伊马替尼处理耐药细胞,检测PDGFR和下游信号变化。
确定伊马替尼与吉西他滨联合治疗耐药PDAC细胞的协同效果。
在耐药细胞中检测不同给药方案的联合指数(CI),以及细胞活力、克隆形成和凋亡变化。
在PDX模型中验证伊马替尼联合吉西他滨对耐药PDAC的治疗效果。
将PDAC患者肿瘤组织植入B-NDG小鼠构建PDX模型,传代后移植至裸鼠,给予伊马替尼和/或吉西他滨治疗,检测肿瘤生长和分子标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 药物处理 | 吉西他滨 | Topscience | -- |
| 伊马替尼 | MedChemExpress | -- | |
| 重组蛋白处理 | 重组人PDGF-CC蛋白 | Abcam | ab84066 |
| Western blot | 抗H3K27ac抗体 | Diagenode | C15410174 |
| 抗PDGFC抗体 | Abcam | ab93899 | |
| 抗Ki67抗体 | Abcam | ab156956 | |
| 抗PIK3CA抗体 | Proteintech | 67071-1-Ig | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 4970 | |
| 抗组蛋白H3抗体 | Cell Signaling Technology | 4499 | |
| 抗磷酸化PDGFRα抗体 | Cell Signaling Technology | 2992 | |
| 抗磷酸化PDGFRβ抗体 | Cell Signaling Technology | 2227 | |
| 抗AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4691 | |
| 抗磷酸化AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| 抗PARP抗体 | Cell Signaling Technology | 9532 | |
| 抗剪切PARP抗体 | Cell Signaling Technology | 5625 | |
| 抗caspase3抗体 | Cell Signaling Technology | 14220S | |
| 抗剪切caspase3抗体 | Cell Signaling Technology | 9664S | |
| 抗caspase9抗体 | Cell Signaling Technology | 9508 | |
| 抗剪切caspase9抗体 | Cell Signaling Technology | 7237 | |
| 抗兔IgG辣根过氧化物酶标记二抗 | Cell Signaling Technology | 7071 | |
| 抗小鼠IgG辣根过氧化物酶标记二抗 | Cell Signaling Technology | 7076 | |
| ChIP | SimpleChIP酶法染色质免疫沉淀试剂盒 | Cell Signaling Technology | -- |
| Eastep凝胶和PCR纯化试剂盒 | -- | LS1022 | |
| qRT-PCR | 2× ChamQ通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 耐药细胞系建立 | 耐药细胞系构建方法:先用100 nM吉西他滨处理24小时,重复8次,浓度逐步升至1000 nM,全程约9个月 阅读提示:Materials and methods: Establishment of gemcitabine-resistant cell lines |
| 体外实验 | PDGFC敲低或重组蛋白处理的浓度和时间、吉西他滨处理浓度(1或1.5 μM)、IC50测定条件 阅读提示:Results: PDGFC promotes GEM resistance of PDAC cells in vitro; Figure legends |
| 动物实验 | 小鼠品系和性别(BALB/c雌性裸鼠,4周龄)、细胞接种量(未明确)、吉西他滨剂量25 mg/kg腹腔注射每3天一次、共24天 阅读提示:Materials and methods: Animal experiments; Results: Inhibition of PDGFC expression |
| PDX模型 | PDX建模细节(肿瘤碎片大小3 mm³、植入部位、传代代数)、药物剂量(吉西他滨25 mg/kg腹腔注射,伊马替尼100 mg/kg口服每天)、治疗周期24天 阅读提示:Materials and methods: Animal experiments; Results: Imatinib and gemcitabine in PDX model |
| 联合用药 | 联合指数计算方法、给药方案(同时给药优于序贯)、药物浓度范围 阅读提示:Results: The PDGFR inhibitor imatinib and gemcitabine; Figures 6 and S6 |