建立体外刚度模型检测hNPCs衰老和SASP
验证机械应力是否促进hNPCs衰老和SASP表型。
将hNPCs培养在1 kPa和40 kPa水凝胶上,进行β-Gal染色、qPCR和ELISA检测衰老标志物和细胞因子。
Self-amplifying loop of NF-κB and periostin initiated by PIEZO1 accelerates mechano-induced senescence of nucleus pulposus cells and intervertebral disc degeneration
包含体外细胞模型(不同刚度水凝胶)、转录组和ATAC-seq、功能验证(siRNA、抗体、抑制剂、CRISPRi)、体内大鼠模型(压缩和药物诱导)及临床样本分析。
人髓核细胞(hNPCs) 人纤维环细胞(hAFs) 大鼠尾部椎间盘退变模型(压力负荷和Yoda1诱导) 人椎间盘组织样本(退变和对照)
hNPCs在不同刚度(1 kPa和40 kPa)水凝胶上培养 NF-κB抑制剂BAY 11-7085处理浓度1 μM Yoda1处理浓度5 μM,体内注射剂量5 μmol/kg Postn敲低通过AAV2-siRNA实现,注射时间在负荷前3天 periostin中和抗体局部注射大鼠尾部
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证机械应力是否促进hNPCs衰老和SASP表型。
将hNPCs培养在1 kPa和40 kPa水凝胶上,进行β-Gal染色、qPCR和ELISA检测衰老标志物和细胞因子。
识别机械应力下hNPCs中差异表达基因和染色质开放性变化。
对1 kPa和40 kPa hNPCs进行RNA-seq和ATAC-seq,分析差异表达基因和开放染色质区域。
证明POSTN是NF-κB p65的直接转录靶标。
使用ChIP-qPCR、CRISPRi、双荧光素酶报告基因检测NF-κB p65与POSTN启动子的结合及对转录的影响。
验证分泌的periostin是否通过激活NF-κB进一步促进衰老和SASP。
用rhPeriostin处理hNPCs,检测衰老、SASP、基质代谢标志物,并使用NF-κB抑制剂和整合素αVβ3拮抗剂阻断验证。
验证机械应力下hNPCs分泌的periostin是否诱导hNPCs衰老并破坏AF细胞基质稳态。
收集40 kPa hNPCs的条件培养基处理1 kPa hNPCs和hAFs,并用periostin中和抗体阻断。
验证靶向periostin是否能减轻机械负荷诱导的IDD。
使用大鼠尾部压缩负荷模型,通过AAV2-siRNA敲低Postn,并局部注射periostin中和抗体,通过MRI和组织学评估IDD。
验证机械应力是否通过PIEZO1启动NF-κB和periostin正反馈。
检测PIEZO1表达,用Yoda1激活PIEZO1,观察对hNPCs衰老和IDD的影响,并用GsMTx4抑制PIEZO1验证。
验证periostin和NF-κB p65在退变椎间盘组织中的表达和相关。
用免疫印迹和免疫组化检测人椎间盘组织中periostin和p65表达,并分析相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 水凝胶制备 | 巯基-SANPAH | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 水凝胶包被 | I型胶原蛋白 | BD Biosciences | -- |
| 细胞培养 | 人髓核细胞 | ScienCell | -- |
| 人纤维环细胞 | ScienCell | -- | |
| 药物处理 | BAY 11-7085 | GLPBIO | -- |
| 肿瘤坏死因子-α | Peprotech | -- | |
| 重组人Periostin蛋白 | R&D Systems | -- | |
| SB-273005 | GLPBIO | -- | |
| Yoda1 | GLPBIO | -- | |
| GsMTx4 | GLPBIO | -- | |
| SA-β-gal染色 | SA-β-gal染色试剂盒 | Beyotime | -- |
| RNA提取和逆转录 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| M-MLV逆转录酶 | TaKaRa | -- | |
| qPCR | SYBR Green实时PCR预混液 | TaKaRa | -- |
| ELISA | IL-1β ELISA试剂盒 | NeoBioscience | -- |
| IL-6 ELISA试剂盒 | NeoBioscience | -- | |
| IL-8 ELISA试剂盒 | NeoBioscience | -- | |
| Periostin ELISA试剂盒 | Boster | -- | |
| RNA-seq建库 | VAHTS链特异性mRNA-seq文库制备试剂盒 | New England Biolabs | -- |
| 测序 | NovaSeq 6000 | Illumina | -- |
| 试剂 | BAY 11-7085 | GLPBIO | -- |
| 肿瘤坏死因子-α | Peprotech | -- | |
| 重组人Periostin蛋白 | R&D | -- | |
| SB-273005 | GLPBIO | -- | |
| Yoda1 | GLPBIO | -- | |
| GsMTx4 | GLPBIO | -- | |
| 免疫荧光染色 | 含DAPI的封片剂 | Sigma-Aldrich | -- |
| ATAC-seq | Epi ATAC-seq试剂盒 | Epibiotek | -- |
| DNA纯化试剂盒 | Qiagen | -- | |
| NEBNext高保真2× PCR预混液 | New England Biolabs | -- | |
| 测序 | Bioptic Qsep100分析仪 | Bioptic Inc. | -- |
| 质粒构建和病毒包装 | pLV hU6-sgRNA hUbC-dCas9-KRAB-T2a-Puro质粒 | Addgene | 71236 |
| Lenti-Pac试剂盒 | GeneCopoeia | -- | |
| DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 聚乙烯亚胺 | Sigma-Aldrich | -- | |
| ChIP | SimpleChIP酶法染色质免疫沉淀试剂盒 | Cell Signaling Technology | 9003 |
| 抗NF-κB p65抗体 | Cell Signaling Technology | 6956 | |
| 双荧光素酶报告基因 | pVG238-POSTN报告质粒 | GeneChem | -- |
| pRL-TK载体 | Beyotime | -- | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| 荧光素酶报告基因检测系统 | Beyotime | -- | |
| 免疫印迹 | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | EpiZyme Scientific | -- | |
| 抗PIEZO1抗体 | Affinity Biosciences | DF12083 | |
| 抗Periostin抗体 | Proteintech | 66491-1-lg | |
| 抗NF-κB p65抗体 | Cell Signaling Technology | 6956 | |
| 抗磷酸化NF-κB p65抗体 | Cell Signaling Technology | 3033 | |
| 抗MMP13抗体 | Proteintech | 18165-1AP | |
| 抗COL2A1抗体 | Abcam | ab188570 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Affinity Biosciences | AF7018 | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 免疫组织化学 | 抗Periostin抗体 | Proteintech | 66491-1-lg |
| 抗NF-κB p65抗体 | Cell Signaling Technology | 6956 | |
| 抗p16抗体 | Bioss | bs-0740R | |
| 动物实验 | AAV2-eGFP-RNAi | GeneChem | -- |
| AAV2-Postn-RNAi | GeneChem | -- | |
| 钙成像 | Fluo-8 AM钙离子荧光探针 | Sigma-Aldrich | -- |
| 组织学分析 | 光学显微镜 | Olympus | -- |
| 动物实验 | Sprague-Dawley大鼠 | Charles River Laboratories | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体外细胞培养 | 细胞培养条件:hNPCs和AF细胞培养基、培养条件(37°C,5% CO2);水凝胶刚度硬化处理条件(如丙烯酰胺/双丙烯酰胺比例、UV交联时间) 阅读提示:Materials and methods: Hydrogel preparation and cell culture |
| 药物处理 | 药物处理浓度和时间:BAY 11-7085 (1 μM)、TNF-α (10 ng/mL)、rhPeriostin (1 μg/mL)、SB-273005 (1 μM)、Yoda1 (5 μM)、GsMTx4 (2 μM),处理时间因实验而异(如24 h或48 h) 阅读提示:Materials and methods: Hydrogel preparation and cell culture; 各实验图注 |
| 衰老检测 | SA-β-gal染色实验步骤和时间(固定和孵育) 阅读提示:Materials and methods: Senescence-associated β-galactosidase staining |
| 分子表达检测 | qPCR内参基因(GAPDH)、引物序列在表1;ELISA试剂盒品牌和实验步骤 阅读提示:Materials and methods: Quantitative real-time polymerase chain reaction; Enzyme-linked immunosorbent assay; 表1 |
| 测序分析 | RNA-seq和ATAC-seq的建库试剂、测序平台(NovaSeq 6000)、分析流程和参数 阅读提示:Materials and methods: RNA sequencing and analysis; ATAC-seq and analysis |
| 转录调控实验 | ChIP-qPCR细胞处理条件(PBS、TNF-α、Yoda1)和抗体;CRISPRi质粒构建和病毒感染方法;双荧光素酶报告基因实验转染和处理条件 阅读提示:Materials and methods: Chromatin-immunoprecipitation-quantitative real-time polymerase chain reaction; CRISPRi/sgRNA plasmid construction and lentivirus infection; Dual-luciferase reporter assay |
| 体内动物实验 | 大鼠品系、性别、年龄、分组信息(n ≥ 3);手术和压缩加载装置;AAV2-siRNA注射时间(负荷前3天)和剂量(10^10 v.g/mL);Yoda1注射剂量(5 μmol/kg);MRI和时间点(2周) 阅读提示:Materials and methods: Animals; Magnetic resonance imaging; 各图注(如Figure 4E, 5N) |
| 临床样本分析 | 临床样本数量(18例),退变和对照的分级(Pfirrmann分级);IHC染色评分标准 阅读提示:Materials and methods: Human subjects; Immunohistochemistry |