临床样本收集与特征分析
比较DVT患者与健康对照的临床基线特征及血清标志物水平,评估LncRNA PVT1的诊断价值。
收集208例DVT患者和176例健康对照的静脉血,进行多普勒超声评估,检测D-二聚体、纤维蛋白原、CRP等指标,通过ROC曲线分析LncRNA PVT1的诊断效能。
LncRNA PVT1 targets miR-143-3p to modulate endothelial cell function and thereby participate in deep vein thrombosis (DVT) of the lower limbs
包含临床队列分析、细胞实验及机制验证,但缺乏动物模型。
人脐静脉内皮细胞(HUVECs) DVT患者外周血血清样本 健康对照血清样本
LncRNA PVT1表达水平与D-二聚体及CRP的相关性 miR-143-3p表达与D-二聚体及CRP的相关性 si-PVT1对CoCl2诱导的内皮细胞活力及凋亡的影响 miR-143-3p抑制剂对si-PVT1效应的逆转作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较DVT患者与健康对照的临床基线特征及血清标志物水平,评估LncRNA PVT1的诊断价值。
收集208例DVT患者和176例健康对照的静脉血,进行多普勒超声评估,检测D-二聚体、纤维蛋白原、CRP等指标,通过ROC曲线分析LncRNA PVT1的诊断效能。
建立CoCl2诱导的内皮细胞损伤模型,验证LncRNA PVT1对细胞活力、凋亡及炎症/血管生成因子的影响。
使用250 µM CoCl2处理HUVECs 12小时诱导损伤,转染si-PVT1或对照,检测细胞活力(CCK-8)、凋亡(流式)、凋亡相关基因(Bax、Bcl-2、Caspase3)、血管生成因子(VEGF、FGF-2)和炎症因子(TNF-α、IL-6)表达。
验证LncRNA PVT1与miR-143-3p之间的直接靶向关系。
通过双荧光素酶报告基因实验,将含野生型或突变型结合位点的LncRNA PVT1序列克隆至报告载体,与miR-143-3p mimic或inhibitor共转染,检测荧光素酶活性。
验证miR-143-3p在LncRNA PVT1调控内皮细胞功能中的作用,即miR-143-3p抑制剂能否逆转si-PVT1的效应。
在CoCl2诱导的HUVECs中,先转染si-PVT1,再转染miR-143-3p inhibitor,检测细胞活力、凋亡、凋亡相关基因、血管生成因子和炎症因子表达。
预测miR-143-3p下游靶基因并分析其在DVT患者中的表达,以探索潜在的分子机制。
利用miRDB、miRWalk、Targetscan数据库预测靶基因,与CTD数据库DVT相关基因取交集,构建PPI网络,并检测8个高频靶基因在DVT患者血清中的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 内皮细胞生长培养基 | Sigma-Aldrich | 211-500 |
| 内皮细胞生长添加物 | Solarbio | 33188660 | |
| CO2培养箱 | Shanghai Yuejin Medical Equipment Factory | WJ-3 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA提取与反转录 | 总RNA提取试剂盒 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | R1200 |
| RNA质量检测 | 紫外分光光度计 | Shanghai Qite Analytical Instruments Co., Ltd. | QT Nano-5D |
| miRNA反转录 | ABScript miRNA第一链合成试剂盒 | ABclonal | RK30170 |
| 反转录 | Evo M-MLV反转录酶试剂盒 | Accurate Biology | AG11707 |
| miRNA定量检测 | miRcute增强型miRNA荧光定量检测试剂盒 | TIANGEN | FP411 |
| 定量PCR | TB Green® Premix Ex Taq™ II | Takara | RR820A |
| 荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher scientific | ABI Quant Studio Dx | |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 (CCK8) | Sigma-Aldrich | 96992 |
| 酶标仪 | 酶标仪 | Thermo Fisher scientific | Multiska FC |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Epizyme | CX006 |
| 流式分析 | 流式细胞仪 | Beckman | CytoFLEX S |
| ELISA | 人VEGF ELISA试剂盒 | YENSEN | 97053ES |
| 人成纤维细胞生长因子2 ELISA检测试剂盒 | JONLNBIO | JL14546 | |
| 人TNF-α ELISA试剂盒 | MULTI SCIENCES | EK182 | |
| 人IL-6 ELISA试剂盒 | MULTI SCIENCES | EK106 | |
| 双荧光素酶报告基因实验 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | ABclonal | BRK0044 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 参与者纳入标准:DVT患者、年龄50-80岁、首次发作、无既往药物或手术干预;排除标准:过敏、血栓史、肿瘤、凝血障碍等 阅读提示:Methods: Patient inclusion |
| 内皮细胞损伤模型 | CoCl2浓度:250 µM;处理时间:12小时;细胞系:HUVECs (STM-CL-5186) 阅读提示:Methods: Cell culture and CoCl2 induction |
| siRNA转染 | si-PVT1、si-NC浓度:100 nM;转染试剂:Lipofectamine 3000 阅读提示:Methods: Cell culture and CoCl2 induction |
| 基因表达检测 | RT-qPCR反应条件:95°C 15min预变性,43个循环(94°C 20s, 60°C 34s);内参:U6(miR-143-3p),β-actin(其他) 阅读提示:Methods: RT-qPCR |
| 细胞活力检测 | CCK-8检测时间点:0, 24, 48, 72小时;每孔加入10 µL CCK-8试剂 阅读提示:Methods: CCK8 |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC和PI用量:5 µL Annexin V-FITC和8 µL PI;孵育条件:室温避光10分钟 阅读提示:Methods: Flow cytometry |
| ELISA检测 | 试剂盒:VEGF、FGF2、TNF-α、IL-6 ELISA试剂盒;操作步骤:标准品梯度稀释、孵育条件等 阅读提示:Methods: ELISA |