体外验证Sestrin与亮氨酸及GATOR2的结合
验证果蝇Sestrin是否直接结合亮氨酸,以及该结合是否受亮氨酸调控并影响与GATOR2的相互作用。
通过平衡结合实验测定果蝇Sestrin与亮氨酸的解离常数;在S2R+细胞中表达FLAG标记的GATOR2组分,进行免疫共沉淀,检测Sestrin-GATOR2复合物对亮氨酸剥夺和加入的响应。
Sestrin mediates detection of and adaptation to low-leucine diets in Drosophila
包含体外结合实验、细胞实验、体内遗传操作(敲除、敲入、组织特异性敲低)、发育和寿命分析、行为学实验(食物选择和产卵偏好)以及胶质细胞mTORC1活性成像等多个独立证据层,且包含明确的功能验证和机制验证。
果蝇(Drosophila melanogaster)成虫和幼虫 S2R+细胞 HEK293F细胞
Sestrin的亮氨酸结合能力(通过SesnL431E突变) 饮食中亮氨酸的有无 胶质细胞中Sestrin的表达 mTORC1活性(以磷酸化S6K水平为指标) 观察时间点(如24小时行为测试,4.5小时饮食处理)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证果蝇Sestrin是否直接结合亮氨酸,以及该结合是否受亮氨酸调控并影响与GATOR2的相互作用。
通过平衡结合实验测定果蝇Sestrin与亮氨酸的解离常数;在S2R+细胞中表达FLAG标记的GATOR2组分,进行免疫共沉淀,检测Sestrin-GATOR2复合物对亮氨酸剥夺和加入的响应。
在果蝇幼虫脂肪体中验证Sestrin及其亮氨酸结合能力对膳食亮氨酸调控mTORC1信号的必要性。
使用野生型、Sesn−/−和SesnL431E幼虫,喂食氨基酸充足或缺乏亮氨酸(或缬氨酸)的化学定义饮食,通过免疫印迹检测S6K磷酸化水平,并检查Sestrin-GATOR2相互作用。
确定Sestrin是否影响果蝇在低亮氨酸饮食上的发育和寿命。
比较野生型、Sesn−/−和SesnL431E幼虫在10%亮氨酸饮食上的存活率和生长大小;成年果蝇在无亮氨酸或对照组饮食上的寿命。
检验果蝇是否偏好含亮氨酸的食物,以及该偏好是否依赖于Sestrin及其亮氨酸结合能力。
使用双选择食物偏好实验,将含亮氨酸或对照的溶液涂在苹果片上,通过DNA条形码定量取食量,比较不同基因型果蝇的偏好指数。
确定Sestrin在哪个组织中起作用以调节食物偏好。
使用组织特异性Gal4驱动RNAi敲低Sesn,检测果蝇对含亮氨酸食物的偏好,并检查胶质细胞中mTORC1活性(通过MITF报告基因)。
探究Sestrin是否影响果蝇选择在含亮氨酸食物上产卵。
在类似的食物偏好装置中,24小时后计数苹果片上的卵数,比较不同基因型果蝇的产卵偏好。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫印迹 | HRP标记的抗兔二抗 | Cell Signaling Technology | -- |
| 抗磷酸化70 S6激酶(Thr398)抗体 | Cell Signaling Technology | 9209 | |
| 抗Akt抗体 | Cell Signaling Technology | 9272 | |
| 抗磷酸化ERK抗体 | Cell Signaling Technology | 9101 | |
| 抗ERK抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| 抗MYC抗体 | Cell Signaling Technology | 2278 | |
| 免疫沉淀 | 抗FLAG抗体 | Cell Signaling Technology | 2368 |
| 免疫荧光 | 抗绿色荧光蛋白抗体 | Aves Labs | GFP-1020 |
| 抗Repo抗体(8D12) | Developmental Studies Hybridoma Bank | -- | |
| Alexa 488、568和647标记的二抗 | Roche | -- | |
| 细胞培养 | Schneider培养基 | Invitrogen | -- |
| 灭活胎牛血清 | Invitrogen | -- | |
| 无氨基酸Schneider培养基 | US Biologicals | -- | |
| 亮氨酸结合实验 | 氚标记亮氨酸 | American Radiolabeled Chemicals, Inc. | -- |
| 饮食制备 | L-亮氨酸 | Sigma | L8912 |
| 药物处理 | 雷帕霉素 | LC Laboratories | R-5000 |
| RT-qPCR | Reliance一步法多重RT-qPCR预混液 | BIO-RAD | -- |
| 食物偏好实验 | 新鲜苹果(嘎啦) | Star Market | -- |
| 细胞培养 | FreeStyle 293表达培养基 | ThermoFisher | 12338018 |
| 分子克隆 | LR克隆酶反应 | Invitrogen | 11791-020 |
| 荧光显微镜 | Vectashield封片剂 | Vector Laboratories | -- |
| DAPI | Vector Laboratories | -- | |
| 蛋白提取 | 完全蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | -- |
| 无EDTA蛋白酶抑制剂 | Roche | -- | |
| 免疫沉淀 | 抗FLAG M2亲和凝胶 | Sigma | A2220 |
| 抗Myc磁珠 | Pierce | -- | |
| 组织裂解 | 蛋白酶K | Thermofisher Scientific | AM2546 |
| qPCR | SYBR green qPCR预混液 | BIO-RAD | -- |
| CFX96 Touch实时荧光定量PCR检测系统 | BIO-RAD | -- | |
| 食物偏好实验 | DNA寡核苷酸 | Integrated DNA Technologies | -- |
| Contrex AP粉末实验室器皿清洁剂 | Decon Laboratories, Inc. | 5204 | |
| 饮食制备 | 蔗糖 | Sigma | S7903 |
| 琼脂 | Caisson | A037 | |
| L-丙氨酸 | Sigma | A7469 | |
| L-天冬酰胺 | Amresco | 94341 | |
| L-天冬氨酸 | Alfa Aesar | A13520 | |
| L-谷氨酰胺 | Amresco | 0374 | |
| L-组氨酸 | Amresco | 1B1164 | |
| L-异亮氨酸 | Amresco | E803 | |
| L-甲硫氨酸 | Amresco | E801 | |
| L-苯丙氨酸 | Sigma | P5482 | |
| L-苏氨酸 | Sigma | T8441 | |
| L-色氨酸 | Amresco | E800 | |
| L-缬氨酸 | Amresco | 1B1102 | |
| L-精氨酸盐酸盐 | Amresco | 0877 | |
| L-半胱氨酸 | Sigma | 30089 | |
| L-谷氨酸 | Alfa Aesar | A12919 | |
| L-甘氨酸 | Alfa Aesar | A13816 | |
| L-赖氨酸盐酸盐 | Amresco | 0437 | |
| L-脯氨酸 | Sigma | P5607 | |
| L-丝氨酸 | Sigma | S4311 | |
| L-酪氨酸 | Sigma | T8566 | |
| 生物素 | Sigma | B4501 | |
| 泛酸钙 | Sigma | 21210 | |
| 烟酸 | Sigma | N4126 | |
| 盐酸吡哆醇 | Sigma | P9755 | |
| 核黄素 | Sigma | R4500 | |
| 硫胺素(维生素B1) | Sigma | T4625 | |
| 叶酸 | Sigma | F8758 | |
| 氯化胆碱 | MP Biomedicals | 194639 | |
| 肌苷 | Sigma | I4125 | |
| 肌醇 | Sigma | I7508 | |
| 尿苷 | Sigma | U3003 | |
| 磷酸二氢钾 | JT Baker | 3246 | |
| 碳酸氢钠 | Sigma | S8875 | |
| 六水氯化钙 | Sigma | 21108 | |
| 五水硫酸铜 | Sigma | C7631 | |
| 七水硫酸亚铁 | Sigma | F7002 | |
| 无水硫酸镁 | Sigma | M7506 | |
| 四水氯化锰 | Sigma | M3634 | |
| 七水硫酸锌 | Sigma | Z0251 | |
| 胆固醇 | Sigma | C8253 | |
| 细胞培养转染 | 聚乙烯亚胺 | 文中未明确说明 | -- |
| 闪烁计数 | TriCarb闪烁计数器 | Perkin Elmer | -- |
| 显微镜 | 蔡司Axio Zoom V16 | Zeiss | -- |
| 蔡司AxioVert200M显微镜 | Zeiss | -- | |
| 横河CSU-22转盘共聚焦头 | Yokogawa | -- | |
| 滨松ORCA-ER CCD相机 | Hamamatsu | -- | |
| MetaMorph软件包 | Molecular Devices | -- | |
| 图像采集 | iPhone XR相机 | Apple | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| Sestrin亮氨酸结合实验 | 果蝇Sestrin蛋白的亮氨酸结合亲和力(Kd约100 μM);Sestrin L431E突变体的结合活性 阅读提示:Methods中的'Leucine-binding assay and Kd calculation',以及Fig. 1a, b |
| 体内mTORC1活性检测 | 幼虫脂肪体中S6K磷酸化水平;饮食中亮氨酸的有无;处理时间(4.5小时) 阅读提示:Methods中的'Lysis of cells, tissues, and flies and Immunoprecipitations'和Fig. 1e |
| 低亮氨酸饮食适应实验 | 幼虫存活率(10%亮氨酸饮食,16天);成体寿命(无亮氨酸饮食);基因型(Sesn−/−, SesnL431E) 阅读提示:Fig. 2a, b, d-i和Methods中的'Lifespan experiments' |
| 食物偏好实验 | 苹果片制备;氨基酸溶液浓度;取食时间(24小时);DNA条形码定量方法 阅读提示:Methods中的'Food preference assay'和Fig. 3a |
| 胶质细胞Sestrin功能验证 | 组织特异性Gal4驱动子(repo-Gal4)和Sesn shRNA的基因型;食物偏好测试结果;mTORC1活性(通过MITF报告基因) 阅读提示:Fig. 4和Methods中的相关部分 |