Teosinte Pollen Drive通过RNA干扰引导玉米多样化和驯化

Teosinte Pollen Drive guides maize diversification and domestication by RNAi

作者信息Benjamin Berube, Evan Ernst, Jonathan Cahn, Benjamin Roche, Cristiane de Santis Alves, Jason Lynn, Armin Scheben, Daniel Grimanelli, Adam Siepel, Jeffrey Ross-Ibarra, Jerry Kermicle, Robert A Martienssen
PMID39112710
期刊Nature
发布时间2024-09
DOI10.1038/s41586-024-07788-0

摘要

自私遗传元件有助于杂交不相容性,并偏倚或“驱动”其自身的传递。染色体驱动通常在不对称的雌性减数分裂中起作用,而基因驱动通常是减数分裂后发生,且常见于雄性。本研究利用单分子和单花粉基因组测序,描述了Teosinte Pollen Drive,这是一种在玉米(Zea mays ssp. mays)与墨西哥类蜀黍(Z. mays ssp. mexicana)杂交种中依赖于RNA干扰(RNAi)的基因驱动实例。来自墨西哥类蜀黍一个非编码RNA发夹的22-核苷酸小RNA依赖于Dicer-like 2(Dcl2),并靶向Teosinte Drive Responder 1(Tdr1),该基因编码花粉活力所必需的脂肪酶。Dcl2、Tdr1和该发夹在5号染色体上紧密伪连锁,但仅当通过雄性传递时如此。墨西哥类蜀黍基因渗入早期栽培玉米被认为对其在整个美洲的地理扩散至关重要,而墨西哥类蜀黍中一个紧密连锁的倒位跨越了现代玉米中的一个主要驯化清除区。对玉米传统品种和墨西哥类蜀黍同域种群的调查揭示了至少四条染色体上RNAi所需的不连锁基因之间的相关混合模式,这些基因在合成杂交种的花粉中也受到基因驱动。Teosinte Pollen Drive可能在玉米驯化和多样化中起到了重要作用,并为植物和动物生殖系中广泛存在的“自身”小RNA的丰度提供了解释。

实验方法

产品清单

名称品牌货号
胰岛素注射器----
叶片打孔器----
GoTaq G2 Green Master MixPromegaM7822
Quick-DNA Plant/Seed Miniprep kitZymo ResearchD6020
牛津纳米孔技术连接测序gDNA试剂盒Oxford Nanopore TechnologiesSQK-LSK109
MinION测序仪Oxford Nanopore Technologies--
R9.4.1流通池Oxford Nanopore TechnologiesR9.4.1
Dovetail Omni-C Kit----
NextSeq500测序仪IlluminaNextSeq500
Zymo RNA Clean and Concentrator-5 kitZymo ResearchR1013
ezDNaseThermo Fisher11766051
SuperScript IV VILO Master MixThermo Fisher11756050
Applied Biosystems QuantStudio 6系统Applied Biosystems--
PowerUp SYBR Green Master MixThermo FisherA25741
Illumina TruSeq DNA PCR-Free kitIllumina20015962
REPLI-g single-cell kitQiagen150345
p20移液器----
Genomic DNA Clean & Concentrator kitZymo ResearchD4067
QuantiFluor dsDNA系统PromegaE2670
TruSeq Nano DNA High Throughput kitIllumina20015965
RiboMinus Plant KitThermo FisherA1083808
NEXTFLEX Rapid Directional RNA-seq kitPerkinElmerNOVA-5138-08
安捷伦生物分析仪Agilent--
KAPA Library Quantification kitRocheKK4824
NEXTFLEX Small RNA-Seq V3 kitPerkinElmerNOVA-5132-06
Dynabeads mRNA Purification KitThermo Fisher61006
镁离子RNA片段化试剂盒New England BiolabsE6150S
RNA Clean XP磁珠Beckman CoulterA63987
Dynabeads MyOne Streptavidin T1磁珠Thermo Fisher65601
AMPure XP SPRI磁珠Beckman CoulterA63880
NEB Ultra DNA文库构建试剂盒New England BiolabsE7370S
Pierce Detergent Compatible Bradford Assay KitThermo Fisher23246
Promega Glomax-Multi+酶标仪Promega--
4–20% Mini-PROTEAN TGX预制胶Bio-Rad4561094
Precision Plus Protein Dual Xtra Prestained标准品Bio-Rad1610377
Bio-Rad Trans-Blot Turbo转印系统Bio-Rad--
Bio-Rad ChemiDoc Touch成像系统Bio-Rad--
Thermo Scientific Genesys 20分光光度计Thermo Scientific--