临床相关性分析
评估MYO1F表达水平与ICB治疗反应及患者生存率的关系。
利用TIGER、ICBatlas和TCGA数据库分析肿瘤组织中MYO1F的表达,并分析其与ICB反应及生存率的相关性。
MYO1F in neutrophils is required for the response to immune checkpoint blockade therapy
研究包含体外细胞实验、小鼠肿瘤模型(B16F10和MC38)、中性粒细胞过继转移、RNA-seq、免疫荧光、Co-IP等,并进行了机制验证和功能验证。
B16F10黑色素瘤小鼠模型 MC38结肠癌小鼠模型 小鼠骨髓来源中性粒细胞 人类黑色素瘤组织样本
MYO1F在肿瘤相关中性粒细胞中的表达水平 Myo1f敲除对肿瘤生长和免疫细胞浸润的影响 TGF-β1对MYO1F表达的调控及其机制 STAT3信号通路在MYO1F介导的免疫抑制中的作用 PD-L1和ROS在MYO1F缺失中性粒细胞中的表达水平
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估MYO1F表达水平与ICB治疗反应及患者生存率的关系。
利用TIGER、ICBatlas和TCGA数据库分析肿瘤组织中MYO1F的表达,并分析其与ICB反应及生存率的相关性。
评估MYO1F缺失对肿瘤生长和免疫细胞浸润的影响。
将B16F10或MC38细胞接种于WT和Myo1f-/-小鼠,监测肿瘤生长和生存期,并通过流式细胞术分析肿瘤浸润免疫细胞。
验证MYO1F缺失的中性粒细胞在肿瘤进展中的直接作用。
从WT或Myo1f-/-肿瘤小鼠中分选肿瘤浸润中性粒细胞或骨髓中性粒细胞,过继转移至受体小鼠,观察肿瘤生长和CD8+T细胞功能。
鉴定MYO1F调控的中性粒细胞免疫抑制相关通路和关键分子。
对WT和Myo1f-/-肿瘤浸润中性粒细胞进行RNA-seq分析,结合RT-qPCR验证,发现STAT3激活和ROS/PD-L1通路相关基因表达变化。
验证MYO1F通过STAT3-ROS/PD-L1通路调控中性粒细胞功能。
使用STAT3抑制剂(stattic)和NOX2抑制剂(GSK2795039)处理中性粒细胞,检测ROS水平和PD-L1表达,并评估其对CD8+T细胞功能的影响。
阐明MYO1F调控STAT3活性的分子机制。
通过Co-IP、免疫荧光、泛素化实验,验证MYO1F与TRIM21的直接结合,并证明MYO1F竞争性抑制TRIM21介导的PHB1泛素化降解。
探究肿瘤来源的TGF-β1如何下调中性粒细胞中Myo1f表达。
用肿瘤细胞条件培养基或TGF-β1处理中性粒细胞,检测MYO1F表达;通过BSP测序和ChIP-RT-qPCR证明TGF-β1诱导Myo1f内含子8的CpG甲基化,抑制SPI1结合。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| 粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 | PeproTech | -- | |
| 白细胞介素-6 | PeproTech | -- | |
| β-巯基乙醇 | -- | -- | |
| MEM非必需氨基酸 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| HEPES缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 中性粒细胞分选 | 中性粒细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | -- |
| 细胞培养 | 细胞培养皿 | Corning FALCON | -- |
| 体内实验(过继转移) | Percoll | -- | -- |
| 流式细胞术 | BD流式细胞仪 | BD | -- |
| ROS检测 | 2',7'-二氯荧光素二乙酸酯 | -- | -- |
| 蛋白质印迹 | MYO1F抗体 | Santa Cruz | sc-376534 |
| TRIM21抗体 | ABclonal | A13547 | |
| PHB1抗体 | CST | 2426S | |
| STAT3抗体 | CST | 9132 | |
| pSTAT3抗体 | CST | 9145 | |
| His标签抗体 | CST | 12698 | |
| Flag标签抗体 | CST | 14793 | |
| GAPDH抗体 | CST | 9145 | |
| 抗FLAG M2亲和凝胶 | Sigma-Aldrich | A2220-1ML | |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | -- | -- |
| 牛血清白蛋白 | -- | -- | |
| 山羊抗小鼠Alexa 488 | Abcam | -- | |
| 山羊抗兔Alexa 647 | Abcam | -- | |
| DAPI | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Leica SP8激光共聚焦显微镜 | Leica | -- | |
| ImageJ软件 | -- | -- | |
| EDTA | -- | -- | |
| 蔗糖 | -- | -- | |
| OCT包埋剂 | Tissue-Tek | -- | |
| CD11b抗体 | Abcam | ab8878 | |
| Ly6G抗体 | ABclonal | A22270 | |
| 山羊抗大鼠IgG | Abcam | -- | |
| 山羊抗兔IgG | Abcam | -- | |
| 人类黑色素瘤组织芯片 | YEPCOMEBio | YP-MME1002c | |
| 多重免疫荧光染色试剂盒 | Absin | abs50013 | |
| CD8抗体 | Absin | abs120101 | |
| CD33抗体 | Abcam | ab269456 | |
| Vectra 3.0自动多光谱显微镜系统 | PerkinElmer | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| cDNA合成试剂盒 | Applied Biosystems | -- | |
| 趋化实验 | 胰蛋白酶-EDTA(0.05%) | Gibco | 25300054 |
| Transwell小室(5 µm孔径) | Corning | -- | |
| Matrigel基质胶 | Corning | 356231 | |
| CXCL2趋化因子 | PeproTech | 25015 | |
| 结晶紫 | -- | -- | |
| CD8+ T细胞分离试剂盒 | STEMCELL | 19853 | |
| 蛋白酶抑制剂 | Sigma-Aldrich | P8340 | |
| 免疫共沉淀 | NP-40裂解液 | -- | -- |
| Dynabeads Protein G磁珠 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| PMSF | -- | -- | |
| 二硫苏糖醇 | -- | -- | |
| PhosStop磷酸酶抑制剂 | -- | -- | |
| Complete Mini EDTA-free蛋白酶抑制剂 | -- | -- | |
| 细胞培养(共培养) | CFSE | -- | -- |
| 抗CD3抗体 | eBioscience | -- | |
| 抗CD28抗体 | eBioscience | -- | |
| siRNA转染 | siRNA转染培养基(jetPRIME) | polyplus | -- |
| siRNA-Myo1f | -- | -- | |
| siRNA-Cd274 | Santa Cruz | SC-39700 | |
| siRNA-Cxcl9 | Santa Cruz | SC-60027 | |
| siRNA-Phb1 | -- | -- | |
| 慢病毒包装 | PLKO.1-puro载体 | -- | -- |
| Lipo3000转染试剂 | Invitrogen | L3000015 | |
| 病毒浓缩试剂盒 | Beyotime | C2901S | |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| CRISPR-Cas9 | lentiCRISPR v2载体 | Addgene | 52961 |
| Esp3i限制酶 | -- | -- | |
| DH5α感受态细胞 | Sangon | -- | |
| psPAX2包装质粒 | Addgene | 12260 | |
| pMD2.G包膜质粒 | Addgene | 12259 | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| BSP甲基化测序 | QIAamp DNA提取试剂盒 | Qiagen | 51306 |
| EpiTect Fast DNA亚硫酸盐转化试剂盒 | Qiagen | 59824 | |
| pMD19-T载体 | -- | -- | |
| Methyl Primer Express v1.0软件 | -- | -- | |
| CpGPlot软件 | -- | -- | |
| BiQ Analyzer软件 | -- | -- | |
| 小鼠实验 | SX-682(CXCR1/2抑制剂) | -- | -- |
| 抗PD-1抗体 | -- | -- | |
| 抗CTLA-4抗体 | -- | -- | |
| 药物处理 | 顺铂 | -- | -- |
| Stattic(STAT3抑制剂) | -- | -- | |
| GSK2795039(NOX2抑制剂) | -- | -- | |
| EUK-134(超氧化物歧化酶模拟物) | -- | -- | |
| 细胞处理 | 转化生长因子-β1 | -- | -- |
| 脂多糖 | -- | -- | |
| 抗TGF-β1中和抗体 | -- | -- | |
| 白细胞介素-1β | -- | -- | |
| CXCL9趋化因子 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型 | 小鼠品系:C57BL/6J WT和Myo1f-/-;细胞系:B16F10(2×10^5)或MC38(1×10^6)皮下注射;肿瘤生长监测时间;抗PD-1/抗CTLA-4给药剂量(10 mg/kg)和给药时间(第10、14、18天) 阅读提示:Methods: Mice; Results: Fig. 1 and Fig. 2 legends |
| 中性粒细胞体外诱导 | 骨髓中性粒细胞分选方法;培养基组成(含GM-CSF和IL-6,浓度40 ng/ml);培养时间(通常4-6天) 阅读提示:Methods: Generation of neutrophils from murine BM in vitro |
| 过继转移实验 | 供体小鼠(CD45.1标记);受体小鼠辐照剂量(950 rad);转移细胞数量(2×10^6)和频率(每4天一次) 阅读提示:Methods: Neutrophil transplant |
| 细胞处理 | TGF-β1浓度(1, 2, 5 ng/ml)和处理时间(48-72小时);stattic浓度(5 μM)和处理时间(24小时);NOX2抑制剂(GSK2795039)浓度和条件未明确;抗TGF-β1中和抗体浓度(0, 1, 2, 5 μg/ml) 阅读提示:Results: Fig. 6 and Fig. 4 legends; Methods: Cell culture |
| 分子实验 | 抗体信息(MYO1F, TRIM21等);Co-IP实验条件;BSP测序引物序列;ChIP-RT-qPCR条件 阅读提示:Methods: Co-IP, BSP methylation sequencing, ChIP-RT-qPCR |