转录组分析
鉴定EGFR抑制后的早期适应性信号通路
对A549细胞进行RNA测序,分析差异表达基因和通路富集
EGFR inhibition triggers an adaptive response by co-opting antiviral signaling pathways in lung cancer
包含体外细胞实验、异种移植模型、PDX模型、免疫活性小鼠模型及患者样本分析,并进行功能验证和机制验证。
非小细胞肺癌细胞系(HCC827、A549等) 细胞系来源的异种移植瘤模型(HCC827、A549、PC9) 患者来源的异种移植瘤模型(HCC4190、HCC4087) KRAS G12D基因工程小鼠肺癌模型
EGFR抑制后I型干扰素上调情况(qPCR、ELISA) IFNAR1/STAT1/TBK1/IRF3敲低或抑制对EGFR-TKI敏感性的影响 TRIM32介导的TBK1 K63泛素化 体内联合用药(erlotinib+抗IFNAR抗体)对肿瘤生长的影响 患者肿瘤组织中IFN水平与TKI治疗反应的相关性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定EGFR抑制后的早期适应性信号通路
对A549细胞进行RNA测序,分析差异表达基因和通路富集
验证EGFR抑制后I型干扰素的表达变化
通过qPCR和ELISA检测多株NSCLC细胞系及动物肿瘤中IFNα1和IFNβ1的表达
验证抑制I型干扰素信号对EGFR-TKI敏感性的影响
使用siRNA敲低IFNAR1、STAT1,或使用anifrolumab阻断IFNAR,进行细胞活力检测
阐明EGFR抑制后IFN上调的分子机制
通过Western blot、免疫共沉淀、质谱等方法检测TBK1/IRF3激活、TRIM32结合及K63泛素化
评估联合抑制EGFR和IFN信号在动物模型中的抗肿瘤效果
在异种移植、PDX和免疫活性小鼠模型中,比较单药和联合治疗的肿瘤生长
验证患者肿瘤中I型干扰素水平与EGFR TKI治疗反应的关系
检测NSCLC患者FFPE组织中IFNA1和IFNB1 mRNA,分析其与总生存期的关系
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 药物处理 | 厄洛替尼 | Cayman Chemical(体外);LC Laboratories(动物) | -- |
| 阿法替尼 | Cayman Chemical | -- | |
| 阿尼鲁单抗 | Creative-Biolabs | TAB-722 | |
| BX795 | Cayman Chemical | -- | |
| BMS-345541 | MilliporeSigma | -- | |
| 依那西普 | Mckesson Medical Supply | -- | |
| 细胞处理 | 重组人IFNα1 | Genscript | z02866 |
| 重组人IFNβ1 | PeproTech | 300-02BC | |
| 重组人TNFα | PeproTech | 300-01A | |
| 小鼠抗小鼠IFNAR1抗体 | Bioxcell | BE0241 | |
| Western blot | EGFR抗体 | EMD Millipore | 06-847 |
| p-EGFR抗体 | Cell Signaling Technology | 2236 | |
| p-TBK1抗体 | Cell Signaling Technology | 5483 | |
| TBK1抗体 | Cell Signaling Technology | 3504 | |
| IKKε抗体 | Cell Signaling Technology | 2905 | |
| IRF3抗体 | Cell Signaling Technology | 11904 | |
| K63泛素抗体 | Cell Signaling Technology | 12930 | |
| RIG-I抗体 | Cell Signaling Technology | 3743 | |
| STAT1抗体 | Cell Signaling Technology | 9172 | |
| p-STAT1抗体 | Cell Signaling Technology | 9167 | |
| AhR抗体 | Cell Signaling Technology | 83200 | |
| LAMIN A/C抗体 | Cell Signaling Technology | 4777 | |
| STING抗体 | Cell Signaling Technology | 3337 | |
| p-STING抗体 | Cell Signaling Technology | 19781 | |
| PD1抗体 | Cell Signaling Technology | 86163 | |
| PD-L1抗体 | Cell Signaling Technology | 13684 | |
| PD-L2抗体 | Cell Signaling Technology | 82723 | |
| IκBα抗体 | Cell Signaling Technology | 4814 | |
| IFNAR1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-7391 | |
| IFNGR1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-12755 | |
| TNFR1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-8346 | |
| β-Actin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-47778 | |
| TRIM32抗体 | R&D | Mab6515 | |
| p-IRF3抗体 | Abcam | ab76493 | |
| 免疫荧光 | 抗AhR抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-101104 |
| Alexa555偶联二抗 | Cell Signaling | 4413 | |
| 细胞活力检测 | AlamarBlue细胞活力检测试剂 | ThermoFisher | -- |
| 荧光素酶检测 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Fisher Scientific | -- |
| 高容量cDNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | -- | |
| SYBR Green预混液 | Applied Biosystems | -- | |
| ELISA | 人IFNα ELISA试剂盒 | PBL Assay Science | 41100 |
| 人IFNβ ELISA试剂盒 | PBL Assay Science | 41440 | |
| Pierce蛋白浓缩管 | Thermo-Fisher | -- | |
| Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Fisher Scientific | -- | |
| RNAi | RIG-I siRNA | Santa Cruz Biotechnology | sc-61480 |
| TRIM32 siRNA | Santa Cruz Biotechnology | sc-61714 | |
| TBK1 siRNA | Santa Cruz Biotechnology | sc-39058 | |
| IRF3 siRNA | Santa Cruz Biotechnology | sc-35710 | |
| IFNAR1 siRNA | Santa Cruz Biotechnology | sc-35637 | |
| STAT1 siRNA | Santa Cruz Biotechnology | sc-44123 | |
| IFNGR1 siRNA | Santa Cruz Biotechnology | sc-29357 | |
| TNFR1 siRNA | Santa Cruz Biotechnology | sc-29507 | |
| STING siRNA | Santa Cruz Biotechnology | sc-92042 | |
| 对照siRNA | Santa Cruz Biotechnology | sc-37007 | |
| 慢病毒感染 | shTBK1慢病毒颗粒 | Santa Cruz Biotechnology | sc-39058-V |
| shIRF3慢病毒颗粒 | Santa Cruz Biotechnology | sc-35710-V | |
| shIFNAR1慢病毒颗粒 | Santa Cruz Biotechnology | sc-35637-V | |
| 对照shRNA慢病毒颗粒 | Santa Cruz Biotechnology | sc-108080 | |
| 腺病毒感染 | GFP腺病毒 | Vector Biolabs | 1060 |
| IκBα显性负突变腺病毒 | Vector Biolabs | 1028 | |
| 质粒转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | -- | -- |
| RNA测序 | TruSeq链特异性总RNA LT样品制备试剂盒 | Illumina | -- |
| Agilent 2100生物分析仪 | Agilent | -- | |
| Qubit荧光计 | -- | -- | |
| Ampure XP磁珠 | -- | -- | |
| Illumina NextSeq 500/550测序系统 | Illumina | -- | |
| 质谱分析 | Orbitrap Fusion Lumos质谱仪 | Thermo Electron | -- |
| Ultimate 3000 RSLC-Nano液相色谱系统 | Dionex | -- | |
| EasySpray色谱柱 | Thermo | -- | |
| Oasis HLB微洗脱板 | Waters | -- | |
| 动物实验 | 裸鼠 | Charles River Laboratories | 088 |
| NOD SCID小鼠 | Charles River Laboratories | 394 | |
| LSL-Kras G12D小鼠 | Jackson Laboratories | 008179 | |
| 腺病毒-CMV-Cre | University of Iowa | -- | |
| 7T小动物MRI扫描仪 | Bruker | -- | |
| 40mm正交射频线圈 | ExtendMR LLC | -- | |
| 数据分析 | ImageJ软件 | -- | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism 8软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞系来源及培养条件(培养基、血清浓度)、erlotinib处理浓度和时长、siRNA转染条件、药物组合方案 阅读提示:Methods: Cell lines, Cell viability assay, Figure legends 1-7 |
| IFN检测 | qPCR引物序列、ELISA试剂盒、检测样本类型(上清或裂解液) 阅读提示:Methods: Real-time PCR, ELISA |
| 蛋白检测 | 抗体货号、稀释比例、蛋白提取方法、免疫沉淀条件 阅读提示:Methods: Western blot, antibodies, plasmids and reagents; Figure legends 2-5 |
| RNA干扰与稳定敲低 | siRNA和shRNA靶点序列、转染/感染方法、筛选药物浓度(如嘌呤霉素) 阅读提示:Methods: RNAi, Lentiviruses |
| 体内实验 | 小鼠品系、周龄、性别、细胞接种数量、给药途径、剂量、频率、肿瘤测量方法 阅读提示:Methods: Animal Experiments; Figure legends 3, 7 |
| 临床样本分析 | 患者纳入标准(EGFR突变类型、分期)、FFPE组织来源、RNA提取方法、qPCR参考基因 阅读提示:Methods: Patient Data; Figure legend 8 |