临床样本和数据库分析
探究RT抵抗的PCa中免疫相关通路的变化和临床意义
对TCGA-PRAD队列进行GO富集分析,分析RT抵抗和敏感组差异表达基因。利用天津医科大学第二医院队列IHC和RT-qPCR评估CD8+ T细胞浸润和ATR表达,并进行生存分析。
Radiotherapy-resistant prostate cancer cells escape immune checkpoint blockade through the senescence-related ataxia telangiectasia and Rad3-related protein
研究包含多层级证据:临床样本IHC和生存分析、scRNA-seq、细胞功能实验、蛋白质相互作用机制验证、小鼠模型及体内免疫治疗评估。
LNCaP细胞体外衰老模型 TRAMP-C1细胞系 NSG小鼠异种移植模型 C57BL/6小鼠同系移植模型
scRNA-seq分析LNCaP细胞衰老簇(GSE234387) ATR抑制剂(VE-821, VE-822, ceralasertib)处理 CD86磷酸化位点突变(S279A, T286A, T295A) MARCH1 RRLK基序突变/缺失 体内抗CTLA-4抗体(9D9)治疗 CD8+ T细胞浸润评估(FACS)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究RT抵抗的PCa中免疫相关通路的变化和临床意义
对TCGA-PRAD队列进行GO富集分析,分析RT抵抗和敏感组差异表达基因。利用天津医科大学第二医院队列IHC和RT-qPCR评估CD8+ T细胞浸润和ATR表达,并进行生存分析。
表征RT后PCa细胞的异质性和衰老状态
对RT处理或未处理的LNCaP细胞进行单细胞RNA测序,鉴定衰老细胞簇,通过UMAP聚类、GSVA、拟时序分析等研究细胞状态转变和ATR表达。
确认ATR在蛋白水平对CD86表达的负调控作用
在RT抵抗细胞中,通过Western blot检测敲低ATR或使用ATR抑制剂后CD86蛋白水平的变化。通过FACS检测细胞表面CD86的表达。临床样本IHC分析ATR和CD86表达的相关性。
确定衰老诱导的ATR胞浆转位和激活
通过细胞分级分离和Western blot检测RT抵抗细胞中胞浆和核内ATR及p-ATR(T1989)的表达和定位。使用IF染色验证p-ATR定位。通过IHC在人PCa组织样本中验证。
揭示ATR磷酸化CD86促进其与MARCH1结合的分子机制
通过Co-IP验证ATR与CD86的相互作用,利用点突变和片段缺失鉴定ATR的磷酸化位点(S279, T286, T295)和MARCH1的RRLK基序。进行体外GST pull-down和泛素化实验。
评估Atr抑制联合抗CTLA-4对RT抵抗肿瘤的治疗效果
在C57BL/6小鼠移植瘤模型中,通过小发夹RNA敲低Atr或使用ATR抑制剂(ceralasertib,50 mg/kg),并联合抗CTLA-4抗体(9D9, 200 µg)治疗,监测肿瘤生长、生存期和免疫细胞浸润。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | VivaCell | C3010-0500 |
| DMEM培养基 | VivaCell | C3113-0500 | |
| 胎牛血清 (FBS) | Gibco | 16000044 | |
| 动物实验 | 基质胶 | BD Bioscience | HY-356234 |
| 免疫治疗 | 抗小鼠CTLA-4抗体 (9D9) | MedChemExpress | HY-P99132 |
| IgG2a同型对照抗体 | MedChemExpress | HY-P99978 | |
| 细胞处理 | ATR抑制剂VE-821 | MedChemExpress | HY-14731 |
| ATR抑制剂VE-822 | Selleck | S7102 | |
| ATR抑制剂ceralasertib | MedChemExpress | HY-19323 | |
| Western blotting | RIPA裂解液 | Solarbio | R0010 |
| 细胞分级分离 | 细胞分级分离试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 78840 |
| Western blotting | BCA蛋白定量分析 | Thermo Fisher Scientific | A55864 |
| 细胞培养 | 胰蛋白酶 | Gibco | 25200072 |
| RT-qPCR | Hieff UNICON® Universal Blue qPCR SYBR Green预混液 | Yeasen | 11184ES08 |
| Celemetor 96荧光定量PCR仪 | Yeasen | 80520ES03 | |
| Western blotting | 硝酸纤维素膜 | Millipore | 24937-79-9 |
| SuperSignal West Pico PLUS化学发光底物 | Thermo Fisher Scientific | PI34577 | |
| 衰老检测 | 衰老β-半乳糖苷酶染色试剂盒 | Beyotime Biotechnology | C0602 |
| scRNA-seq | Chromium Next GEM Chip G单细胞试剂盒 | 10x Genomics | PN1000120 |
| Chromium Next GEM单细胞3'试剂盒v3.1 | 10x Genomics | PN-1000121 | |
| IHC | UltraSensitive S-P (兔) IHC试剂盒 | Cell Signaling Technology | 13079S |
| ATR抗体 (PA5-85507) | Invitrogen | PA5-85507 | |
| p-ATR-T1989抗体 (ab28936) | Abcam | ab28936 | |
| CD86抗体 (sc-28347) | Santa Cruz Biotechnology | sc-28347 | |
| FACS | APC偶联CD86抗体 (克隆: IT2.2) | Biolegend | 305411 |
| FITC偶联Cd86抗体 (克隆: GL-1) | Biolegend | 105005 | |
| 胶原酶 | Sigma-Aldrich | 9001-12-1 | |
| RNA提取 | RecoverAll总核酸提取试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | AM1975 |
| TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 | |
| RT-PCR | PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara Bio | RR037A |
| 构建质粒 | Phusion聚合酶 | New England Biolabs | M0530S |
| CRISPR | BsmBI酶 | Yeasen | 15203ES80 |
| LentiCRISPRv2质粒 | Addgene | 52961 | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | L3000015 |
| Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 13778030 | |
| 蛋白纯化 | 谷胱甘肽Sepharose 4B微珠 | Cytiva | 17075601 |
| Co-IP | Protein A/G微珠 | Thermo Fisher Scientific | 88802 |
| 磷酸酶λ (PPλ) | New England Biolabs | P0753S | |
| 巴弗洛霉素A1 (Baf-A1) | MedChemExpress | HY-100558 | |
| IF | Vectashield封片剂 | Vector Laboratories | H-1200 |
| T细胞培养 | 重组小鼠IL-2 | MedChemExpress | HY-P7077 |
| 重组小鼠IFN-γ | MedChemExpress | HY-P7071 | |
| T细胞功能 | 抗小鼠Cd28抗体 (克隆: 37.51) | MedChemExpress | HY-P99123 |
| 抗小鼠Pd-1抗体 (克隆: RMP1-14) | Selleck | A2122 | |
| CellTracker Red CMTPX染料 | Yeasen | 40717ES50 | |
| SuperView™ 488 Caspase-3底物 | Yeasen | 40273ES25 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞衰老模型建立 | 细胞类型(LNCaP, PC-3, TRAMP-C1, RM1);辐照剂量(10 Gy);辐照后培养时间(衰老:10天;免疫检查点检测:14天);细胞密度(8 × 10^6 cells/15 cm dish) 阅读提示:Materials and Methods 2.8 |
| scRNA-seq分析 | 细胞密度(1×10^5 cells/cm^2);辐照剂量(2 Gy);RT抵抗细胞培养时间(7天);衰老鉴定(>70% β-Gal阳性);测序平台和数据过滤参数 阅读提示:Materials and Methods 2.11, 2.12, 2.13, 2.14, 2.15 |
| 体外药物处理 | ATR抑制剂种类及浓度:VE-821 (5 µmol/L), VE-822 (300 nmol/L), ceralasertib (1 µmol/L);处理时间(48小时) 阅读提示:Materials and Methods 2.26, Figure 3 legend |
| 体内免疫治疗实验 | 小鼠品系(C57BL/6 WT);细胞系(TRAMP-C1);抗CTLA-4抗体剂量(200 µg)和给药方案(第7、10、13天腹腔注射);ATR抑制剂剂量(50 mg/kg);肿瘤起始体积(100 mm^3);肿瘤终点体积(400 mm^3) 阅读提示:Materials and Methods 2.4, 2.6, Figure 7 legend |
| 蛋白质相互作用验证 | CD86磷酸化位点(S279A, T286A, T295A);MARCH1 RRLK基序突变/缺失;Co-IP实验条件(PPλ处理、Baf-A1处理);体外GST pull-down条件 阅读提示:Materials and Methods 2.32, 2.33, Figures 5, 6 legends |