YAP1表达及亚细胞定位分析
检测YAP1在乳腺癌组织和细胞中的表达水平及定位,以明确其表达规律。
通过IHC、WB、qRT-PCR检测临床样本和细胞系中YAP1的表达,并通过IF和细胞分级分离观察其亚细胞定位。
Cytoplasmic YAP1-mediated ESCRT-III assembly promotes autophagic cell death and is ubiquitinated by NEDD4L in breast cancer
包含体外细胞实验(CCK-8、EdU、WB、IF、co-IP)、体内移植瘤实验、临床样本组织芯片分析及生物信息学分析,并进行了功能验证(自噬抑制、YAP1突变体)和机制验证(分子对接、免疫共沉淀)。
乳腺癌细胞系(MCF7、SKBR3、MDA-MB-231) 乳腺上皮细胞系(MCF-10A) BALB/c裸鼠异种移植瘤模型 乳腺癌患者组织样本及组织芯片
YAP1的亚细胞定位(胞质vs核) YAP1突变体(YAP1S127D、NLS-YAP15SA等)的功能 EGCG处理浓度和时间(50 µg/mL,6h或48h) 自噬抑制(CQ 20 µmol/L)对细胞增殖和凋亡的影响 NEDD4L敲低或过表达对YAP1蛋白稳定性的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测YAP1在乳腺癌组织和细胞中的表达水平及定位,以明确其表达规律。
通过IHC、WB、qRT-PCR检测临床样本和细胞系中YAP1的表达,并通过IF和细胞分级分离观察其亚细胞定位。
评估YAP1及其突变体对乳腺癌细胞增殖和凋亡的影响,以探究其功能。
使用CCK-8、EdU掺入、WB检测凋亡标志物及Hoechst/PI染色分析细胞增殖和凋亡。
探究YAP1对自噬的影响,并区分自噬流是否通畅。
通过WB检测LC3和p62水平,使用EBSS饥饿和CQ处理,并用mRFP-GFP-LC3腺病毒感染检测自噬流,TEM观察自噬体结构。
确定YAP1与ESCRT-III亚基CHMP2B和VPS4B的相互作用及其对复合体组装的影响。
通过co-IP检测YAP1与CHMP2B/VPS4B的相互作用,通过分子对接预测结合位点,通过IF观察共定位,通过co-IP检测YAP1对CHMP2B-VPS4B相互作用的影响。
验证通过EGCG将YAP1滞留于胞质是否影响乳腺癌细胞自噬性死亡及肿瘤生长。
体外用EGCG处理细胞检测自噬和增殖;体内用EGCG和XMU-MP-1处理荷瘤裸鼠,检测肿瘤体积、重量、自噬标志物等。
确定NEDD4L是否为YAP1的E3泛素连接酶及调控YAP1稳定性。
通过质谱鉴定YAP1相互作用蛋白,co-IP验证结合,通过CHX和MG132实验检测蛋白稳定性,通过泛素化实验检测泛素化水平。
分析胞质YAP1表达与乳腺癌患者预后的关系。
使用组织芯片(362例乳腺癌、28例正常乳腺)进行IHC染色,并结合生存数据做Kaplan-Meier分析和Cox回归分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | -- | |
| Leibovitz's L15培养基 | Procell | PM151010 | |
| 胎牛血清 | ExCell Bio | FSP500 | |
| 青霉素-链霉素 | Boster | PYG0016 | |
| jetPRIME®转染试剂 | Polyplus-transfection SA | 101000046 | |
| 自噬检测 | Earle平衡盐溶液 | Procell | PB180337 |
| 氯喹 | MedChemExpress | HY-17589A | |
| 药物处理 | 表没食子儿茶素没食子酸酯 | Sigma-Aldrich | E4143 |
| XMU-MP-1 | MedChemExpress | HY-100526 | |
| WB | RIPA裂解液 | Boster | AR0102 |
| Pierce™ BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 | |
| SDS-PAGE上样缓冲液 | Boster | AR1112 | |
| 凝胶试剂盒 | EpiZyme | PG112, | |
| PVDF膜 | Roche | 3010040001 | |
| ECL显色液 | New Cell & Molecular Biotech | P2300 | |
| IF | DAPI | Boster | AR1176 |
| 抗荧光淬灭封片剂 | Boster | AR0036 | |
| Zeiss LSM 800共聚焦激光扫描显微镜 | Carl Zeiss AG | -- | |
| 共聚焦 | Dylight 488/594羊抗鼠/兔IgG | Abbkine | A23210/A23320 |
| 山羊血清 | Boster | AR0009 | |
| TEM | 透射电子显微镜 | Carl Zeiss AG | -- |
| Co-IP | Protein A/G磁珠 | MedChemExpress | HY-K0202 |
| 银染 | 快速银染试剂盒 | Beyotime | P0017S |
| 索尼DSC-HX99相机 | SONY | -- | |
| 核质分离 | 亚细胞结构核蛋白和胞浆蛋白提取试剂盒 | Boster | AR0106 |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Vital River | -- |
| 基质胶 | -- | -- | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8溶液 | GlpBio | GK10001 |
| EdU检测 | YF®594 Click-iT EdU成像试剂盒 | US Everbright | C6015 |
| Hoechst 33342 | -- | -- | |
| 凋亡检测 | 凋亡和坏死检测试剂盒 | Beyotime | C1056 |
| 碘化丙啶 | Beyotime | -- | |
| qRT-PCR | TRNzol | TIANGEN Biotech | DP424 |
| FastKing gDNA去除RT SuperMix | TIANGEN Biotech | KR118 | |
| Talent qPCR预混液 | TIANGEN Biotech | FP209 | |
| 自噬检测 | mRFP-GFP-LC3腺病毒 | Hanbio Biotechnology | -- |
| 质粒构建 | YAP1过表达质粒 | Sino Biological Inc. | HG17690-UT |
| CHMP2B过表达质粒 | Sino Biological Inc. | HG14596-UT | |
| NEDD4L过表达质粒 | Sino Biological Inc. | HG17684-UT | |
| VPS4B过表达质粒 | YouBio | G116254 | |
| EGFP对照质粒 | Genechem | -- | |
| siRNA | siYAP1 | RiboBio | -- |
| siATG7 | RiboBio | -- | |
| siNEDD4L | RiboBio | -- | |
| 抗体 | anti-YAP1抗体 | Proteintech Group | 13584-1-AP, |
| anti-NEDD4L抗体 | Proteintech Group | 13690-1-AP | |
| anti-SQSTM1/p62抗体 | Proteintech Group | 18420-1-AP | |
| anti-CYR61抗体 | Proteintech Group | 26689-1-AP | |
| anti-VPS4B抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-377162 | |
| anti-MOB1A抗体 | Affinity Biosciences | AF0730 | |
| anti-p-MOB1A抗体 | Affinity Biosciences | AF4481 | |
| anti-CHMP2B抗体 | Cell Signaling Technology | 76173 | |
| anti-LC3A/B抗体 | Cell Signaling Technology | 4108, | |
| anti-p-YAP1抗体 | Cell Signaling Technology | 13008 | |
| anti-MST1抗体 | Cell Signaling Technology | 3682 | |
| anti-p-MST1抗体 | Cell Signaling Technology | 49332 | |
| 正常兔IgG | Cell Signaling Technology | 2729 | |
| anti-CHMP2B抗体 (ab157208) | Abcam | ab157208 | |
| anti-CTGF抗体 | Wanleibio | WL02602 | |
| anti-Caspase-3抗体 | Wanleibio | WL02117 | |
| anti-PARP1抗体 | Wanleibio | WL01932 | |
| anti-Ubiquitin抗体 | Wanleibio | WL01368 | |
| anti-ATG7抗体 | Abmart Incorporate | T55658 | |
| anti-CTGF抗体 (IHC) | Boster | PB0570 | |
| anti-β-actin抗体 | ZSGB-Bio | TA-09 | |
| 羊抗兔IgG | ZSGB-Bio | ZB-2301 | |
| 羊抗鼠IgG | ZSGB-Bio | ZB-2305 | |
| 泛素化检测 | MG132 | MedChemExpress | HY-13259 |
| 银染 | Milli-Q纯水 | -- | -- |
| 免疫组化 | DAB | -- | -- |
| 苏木素 | -- | -- | |
| 抗原修复液 | -- | -- | |
| 细胞培养 | 胰蛋白酶 | -- | -- |
| 无EDTA胰蛋白酶 | Boster | PYG0065 | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| Triton X-100 | Biofroxx | 1139ML100 | |
| 转染 | Flag-ub质粒 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系名称及来源;培养基类型(DMEM、RPMI-1640、L15等);血清浓度;CO2条件;细胞传代密度 阅读提示:见2.2 Cell culture |
| 质粒转染 | 质粒类型及浓度;转染试剂(jetPRIME)用量;转染时间(24-72小时);siRNA序列 阅读提示:见2.3 Plasmids, lentivirus and transfection |
| 自噬检测 | EBSS饥饿时间;CQ浓度及处理时间;mRFP-GFP-LC3感染时间 阅读提示:见2.5 Detection of autophagy |
| WB | 抗体稀释比例;裂解液成分;蛋白上样量;电泳条件 阅读提示:见2.6 WB analysis |
| IHC | 抗体稀释比例;抗原修复方法;评分标准;cutoff值 阅读提示:见2.7 IHC staining |
| CCK-8 | 细胞接种密度;检测时间点(0,24,48,96小时);CCK-8稀释比例 阅读提示:见2.8 CCK-8 assay |
| EdU | 细胞接种密度;EdU浓度;孵育时间 阅读提示:见2.9 EdU incorporation assay |
| 细胞凋亡检测 | 试剂盒型号;Hoechst/PI浓度;孵育时间 阅读提示:见2.11 Cell apoptosis and necrosis staining |
| 免疫共沉淀 | 抗体量;磁珠量;洗涤次数 阅读提示:见2.16 Co-IP |
| 蛋白质稳定性 | CHX浓度;处理时间点 阅读提示:见2.18 Protein stability assay and ubiquitin assay |
| 泛素化检测 | MG132浓度;处理时间;Flag-ub质粒用量 阅读提示:见2.18 Protein stability assay and ubiquitin assay |
| 异种移植模型 | 小鼠品系、年龄、性别;注射细胞数;基质胶比例;给药方式及剂量;治疗时间 阅读提示:见2.20 Xenograft model |