单细胞RNA测序鉴定具有增强抗病毒反应的β-胡萝卜素加氧酶2基因敲除小鼠肺部的免疫重塑

Single-Cell RNA-Seq Identifies Immune Remodeling in Lungs of β-Carotene Oxygenase 2 Knockout Mice with Improved Antiviral Response

作者信息Yashu Tang, William Lin, Xiang Chi, Huimin Chen, Dingbo Lin, Winyoo Chowanadisai, Xufang Deng, Peiran Lu
PMID41228402
期刊Nutrients
发布时间2025-10-23
DOI10.3390/nu17213329

实验完整度

包含scRNA-seq、免疫印迹、SARS-CoV-2攻毒等多个独立实验层级,并进行了通路分析和生存分析,功能验证明确。

主要模型

C57BL/6J野生型小鼠 BCO2基因敲除小鼠 小鼠肺组织单细胞悬液 SARS-CoV-2感染小鼠模型

重点核对

BCO2基因敲除小鼠与野生型对照的性别和年龄匹配 scRNA-seq分析中雄性小鼠(n=1/组)的细胞数量和质量控制指标 SARS-CoV-2攻毒实验中感染剂量(10,000 PFU)和途径(鼻内) 免疫印迹中IRF3抗体的稀释比例(1:1000)

摘要

背景/目标:β-胡萝卜素加氧酶-2(BCO2)是一种线粒体类胡萝卜素裂解酶,在包括肺在内的多种组织中表达。虽然BCO2调节类胡萝卜素的代谢,但其在塑造肺免疫结构和抗病毒反应中的作用尚不清楚。我们假设BCO2缺乏会重编程上皮-先天免疫回路并改变抗病毒结果。方法:对BCO2基因敲除(KO)和C57BL/6J野生型(WT)小鼠进行肺单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫印迹和鼻内SARS-CoV-2攻毒,以评估细胞类型异质性、通路程序(通过基因集变异分析,GSVA)和抗病毒反应。结果:scRNA-seq解析了14个主要的肺细胞群体,并显示出细胞类型特异性的通路变化。与WT相比,BCO2 KO肺中常规树突状细胞和自然杀伤(NK)细胞增多,而巨噬细胞、B细胞和内皮细胞减少。在KO肺泡II型细胞中,GSVA表明存在应激适应的代谢程序。纤毛上皮表现出维生素K反应性和轴丝重塑特征,而糖皮质激素和极低密度脂蛋白重塑减弱。2型先天淋巴样细胞倾向于脂肪酸氧化和染色质动态变化,线粒体活性降低。NK细胞偏向于组成性趋化因子/细胞因子分泌和抗炎信号传导。免疫印迹证实BCO2-KO肺中干扰素调节因子-3蛋白水平升高。功能上,BCO2-KO小鼠在鼻内SARS-CoV-2暴露后具有改善的结果。结论:BCO2的缺失重构了肺免疫景观并增强了小鼠的抗病毒反应性。这些发现将BCO2鉴定为一种具有免疫调节作用的营养相关酶,并强调细胞状态变化是改善抗病毒耐受性的候选机制。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
BCO2缺乏如何影响肺部的免疫细胞组成、细胞类型特异性通路活性以及对抗病毒反应?
核心机制
BCO2缺乏通过调节线粒体/氧化还原状态,增强IRF3信号传导,从而预先激活干扰素通路,改善抗病毒反应。
主要证据
scRNA-seq显示细胞组成改变,GSVA显示通路变化,免疫印迹显示IRF3蛋白水平升高,SARS-CoV-2攻毒显示体重减轻减少和生存率提高。
研究意义
将BCO2重新定位为肺先天免疫设定的线粒体调节因子,为精准营养和免疫代谢干预提供了潜在靶点。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

小鼠肺单细胞分离与scRNA-seq

比较BCO2 KO与WT小鼠肺部的细胞类型组成和基因表达差异。

从8周龄雄性小鼠分离肺细胞,进行scRNA-seq,通过UMAP聚类和注释确定14种主要细胞类型。

2

GSVA通路分析

评估BCO2 KO与WT小鼠各细胞类型中通路活性的变化。

使用GSVA R包分析各细胞类型中基因集的富集分数,并进行差异分析。

3

免疫印迹检测IRF3蛋白水平

验证BCO2 KO肺中IRF3蛋白表达是否改变。

制备肺组织裂解物,通过SDS-PAGE和免疫印迹检测IRF3蛋白水平,以β-actin作为内参。

4

SARS-CoV-2攻毒实验

评估BCO2 KO对SARS-CoV-2感染的抗病毒反应和生存率。

对26-28周龄小鼠经鼻内接种10,000 PFU的SARS-CoV-2,监测体重和生存率。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

蛋白表达分析
体内感染模型

产品清单

实验环节名称品牌货号
胶原酶/透明质酸酶Stemcell Technologies07912
脱氧核糖核酸酶ISTEMCELL07900
EvercodeTM细胞固定试剂盒v2Parse BiosciencesECF2101
EvercodeTM Mini v2试剂盒Parse BiosciencesECW02110
PVDF膜Bio-Rad1620177
Pierce ECL Western印迹底物Thermo Fisher Scientific32109
IRF3 (D83B9)抗体Cell Signaling Technology4302
β-肌动蛋白抗体Cell Signaling Technology4967
抗兔IgG,HRP连接抗体Cell Signaling Technology7075
ImageJNIH--
SARS-CoV-2-N501YMA30----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
单细胞RNA测序
小鼠年龄、性别、样本量、细胞数量、测序深度、质量控制参数
阅读提示:Methods 2.2, 2.3, 2.4; Figure 1
GSVA分析
基因集数据库版本、统计方法、FDR校正
阅读提示:Methods 2.5; Figure 3
免疫印迹
抗体稀释比例、样本量、蛋白上样量
阅读提示:Methods 2.7; Figure 4A
SARS-CoV-2攻毒
病毒株、感染剂量、感染途径、小鼠周龄、性别、体重和生存率监测
阅读提示:Methods 2.8; Figure 4B-E