小鼠肺单细胞分离与scRNA-seq
比较BCO2 KO与WT小鼠肺部的细胞类型组成和基因表达差异。
从8周龄雄性小鼠分离肺细胞,进行scRNA-seq,通过UMAP聚类和注释确定14种主要细胞类型。
Single-Cell RNA-Seq Identifies Immune Remodeling in Lungs of β-Carotene Oxygenase 2 Knockout Mice with Improved Antiviral Response
包含scRNA-seq、免疫印迹、SARS-CoV-2攻毒等多个独立实验层级,并进行了通路分析和生存分析,功能验证明确。
C57BL/6J野生型小鼠 BCO2基因敲除小鼠 小鼠肺组织单细胞悬液 SARS-CoV-2感染小鼠模型
BCO2基因敲除小鼠与野生型对照的性别和年龄匹配 scRNA-seq分析中雄性小鼠(n=1/组)的细胞数量和质量控制指标 SARS-CoV-2攻毒实验中感染剂量(10,000 PFU)和途径(鼻内) 免疫印迹中IRF3抗体的稀释比例(1:1000)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较BCO2 KO与WT小鼠肺部的细胞类型组成和基因表达差异。
从8周龄雄性小鼠分离肺细胞,进行scRNA-seq,通过UMAP聚类和注释确定14种主要细胞类型。
评估BCO2 KO与WT小鼠各细胞类型中通路活性的变化。
使用GSVA R包分析各细胞类型中基因集的富集分数,并进行差异分析。
验证BCO2 KO肺中IRF3蛋白表达是否改变。
制备肺组织裂解物,通过SDS-PAGE和免疫印迹检测IRF3蛋白水平,以β-actin作为内参。
评估BCO2 KO对SARS-CoV-2感染的抗病毒反应和生存率。
对26-28周龄小鼠经鼻内接种10,000 PFU的SARS-CoV-2,监测体重和生存率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞分离 | 胶原酶/透明质酸酶 | Stemcell Technologies | 07912 |
| 脱氧核糖核酸酶I | STEMCELL | 07900 | |
| 细胞固定 | EvercodeTM细胞固定试剂盒v2 | Parse Biosciences | ECF2101 |
| 文库构建 | EvercodeTM Mini v2试剂盒 | Parse Biosciences | ECW02110 |
| 免疫印迹 | PVDF膜 | Bio-Rad | 1620177 |
| Pierce ECL Western印迹底物 | Thermo Fisher Scientific | 32109 | |
| IRF3 (D83B9)抗体 | Cell Signaling Technology | 4302 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 4967 | |
| 抗兔IgG,HRP连接抗体 | Cell Signaling Technology | 7075 | |
| ImageJ | NIH | -- | |
| SARS-CoV-2攻毒 | SARS-CoV-2-N501YMA30 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞RNA测序 | 小鼠年龄、性别、样本量、细胞数量、测序深度、质量控制参数 阅读提示:Methods 2.2, 2.3, 2.4; Figure 1 |
| GSVA分析 | 基因集数据库版本、统计方法、FDR校正 阅读提示:Methods 2.5; Figure 3 |
| 免疫印迹 | 抗体稀释比例、样本量、蛋白上样量 阅读提示:Methods 2.7; Figure 4A |
| SARS-CoV-2攻毒 | 病毒株、感染剂量、感染途径、小鼠周龄、性别、体重和生存率监测 阅读提示:Methods 2.8; Figure 4B-E |