类器官药物筛选
筛选靶向去泛素化酶的抗肝癌化合物
建立6例HCC患者来源类器官,使用22种靶向DUB的抑制剂处理,评估细胞活力。
USP2-mediated PPARγ stabilization promotes hepatocellular carcinoma progression and M2 macrophage polarization via oleic acid
包含患者来源类器官筛选、细胞系功能实验、动物模型(皮下移植瘤、DEN诱导及基因敲除小鼠)、单细胞测序、代谢组学及机制验证(Co-IP、CUT&RUN、质谱)等多个独立证据层级。
HCC患者来源类器官(PDOs) HCC细胞系(LM3、Hep3B、Hepa1-6等) 小鼠皮下移植瘤模型 DEN诱导的原发性肝癌小鼠模型
ML364剂量(5 mg/kg/2天,腹腔注射)及处理时间(12周) 细胞系(LM3、Hep3B)及处理浓度(2 μM和5 μM ML364) 共培养系统中THP-1巨噬细胞或BMDMs与HCC细胞的比例 油酸浓度及处理时间(文中未明确说明具体浓度和时长) PPARγ K142位点突变及USP2 C276A突变体的使用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选靶向去泛素化酶的抗肝癌化合物
建立6例HCC患者来源类器官,使用22种靶向DUB的抑制剂处理,评估细胞活力。
验证ML364或USP2敲低对肝癌细胞恶性表型的影响
MTT/CCK8、集落形成、侵袭实验检测细胞活力、增殖和侵袭;检测游离脂肪酸(FFA)和甘油三酯(TG)水平。
评估ML364或USP2敲低在体内的抗肿瘤效果
构建皮下移植瘤模型和DEN诱导的原发性肝癌模型,给予ML364处理,检测肿瘤生长、肺转移、AFP水平。
阐明USP2调控PPARγ稳定性的分子机制
通过免疫共沉淀、质谱、分子对接、突变体实验、泛素化实验,确定USP2与PPARγ相互作用及去泛素化位点。
验证USP2通过油酸影响巨噬细胞M2极化
将HCC细胞与THP-1巨噬细胞或BMDMs共培养,流式检测M2标记,检测FAO和ATP水平,外源油酸回复实验,抑制FAO验证。
鉴定PPARγ下游靶基因和STAT3对USP2的转录调控
通过荧光素酶报告基因、CUT&RUN-qPCR确定PPARγ结合ACLY、ACACA、ACSS2启动子区域;通过启动子截短和突变确定STAT3结合位点。
评估USP2表达与肿瘤免疫浸润的关系
单细胞RNA测序分析、多重免疫组化、流式检测CD8+ T细胞浸润,联合抗PD-1治疗。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 类器官培养 | 类器官培养试剂盒 | Absin | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Life Technologies | -- |
| 胎牛血清 | Life Technologies | -- | |
| RPMI 1640培养基 | Life Technologies | -- | |
| 细胞分化 | 佛波醇肉豆蔻酸乙酸酯 | Sigma-Aldrich | -- |
| 药物处理 | ML364 | MCE | HY-100900 |
| 动物实验 | 抗小鼠PD-1抗体 | Bio X Cell | BE0146 |
| 蛋白质检测 | PPARγ抗体 | Proteintech | 16643-1-AP |
| USP2抗体 | Proteintech | 10392-1-AP | |
| β-Actin抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| Flag抗体 | Proteintech | 66008-4-Ig | |
| Myc抗体 | Proteintech | 60003-2-Ig | |
| HA抗体 | Proteintech | 510642-AP | |
| 脂质检测 | 游离脂肪酸检测试剂盒 | Beyotime | S0215S |
| 甘油三酯检测试剂盒 | Beyotime | S0219S | |
| GSH检测 | 谷胱甘肽检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| CUT&RUN | High活性pG-MNase CUT&RUN检测试剂盒 | Vazyme | HD101-01 |
| 蛋白质印迹 | PVDF膜 | Millipore | -- |
| ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 流式细胞术 | Fortessa流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 可固定活力染料510 | BD Biosciences | 564406 | |
| Fc受体封闭液 | BD Biosciences | 553142 | |
| anti-CD45-APC-Cy7抗体 | BD Biosciences | 557659 | |
| anti-APC-CD206抗体 | BD Biosciences | 565250 | |
| anti-FITC-CD11b抗体 | eBioscience | 11-0112-82 | |
| anti-PE-CF594-F4/80抗体 | BD Biosciences | 565613 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 类器官药物筛选 | PDOs来源、培养条件、ML364处理浓度和时间(10 μM,48小时) 阅读提示:Methods中“Cell culture and screen of DUB inhibitors”部分 |
| 细胞处理 | ML364浓度(2 μM、5 μM)和时间(48小时) 阅读提示:Results中“Targeting USP2 inhibits HCC progression and suppresses lipid metabolism”部分及图2 |
| 体内动物模型 | ML364剂量(5 mg/kg/2天)和给药方式(腹腔注射),DEN诱导剂量(25 mg/kg)和时间(14天龄) 阅读提示:Methods中“Tumorigenesis models”部分 |
| 共培养系统 | Transwell孔径(0.4 μm)、细胞比例、ML364处理浓度和时间 阅读提示:Methods中“Cell culture and screen of DUB inhibitors”部分及图3图例 |
| 油酸处理 | 油酸浓度和处理时间(文中未明确说明具体浓度和时长) 阅读提示:Results中“Targeting USP2 suppressed macrophage polarization towards the M2 phenotype via oleic acid”部分及图3图例 |