单细胞表达分析
分析NSUN2在子宫内膜不同细胞类型和月经周期的表达模式。
利用已发表的单细胞RNA测序数据,对15个人类子宫内膜样本的细胞类型和月经周期阶段进行分析,可视化NSUN2的表达。
NSUN2-Mediated m5C Methylation Impairs Endometrial Receptivity
包含体外细胞模型(Ishikawa、BeWo)、m5C-BS-seq、Cut&Tag、Co-IP、功能验证(增殖、自噬、附着)和单细胞数据等多层级验证。
Ishikawa人子宫内膜腺癌细胞系 BeWo人胎盘绒毛膜癌细胞球体 共培养附着模型 15个人类子宫内膜样本的单细胞数据
NSUN2过表达和敲低质粒的构建及转染 BeWo球体附着实验的条件(约50个球体/孔,共培养2小时) m5C-BS-seq和Cut&Tag测序的数据处理参数 CLDN4、STAT1、MMP14等关键基因的mRNA和蛋白水平 NSUN2的C271A和C321A突变体的功能影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析NSUN2在子宫内膜不同细胞类型和月经周期的表达模式。
利用已发表的单细胞RNA测序数据,对15个人类子宫内膜样本的细胞类型和月经周期阶段进行分析,可视化NSUN2的表达。
建立NSUN2过表达和敲低的Ishikawa细胞系,以研究其功能。
使用FuGENE HD转染试剂将NSUN2OE和NSUN2KD质粒转染至Ishikawa细胞,筛选稳定细胞系。
评估NSUN2对胚胎附着能力的影响。
将BeWo球体与NSUN2OE或对照Ishikawa单层细胞共培养,计算附着效率。
验证NSUN2对细胞增殖和自噬的影响。
使用BrdU标记检测细胞增殖,通过Western blot检测自噬相关蛋白P62和ATG12的表达。
鉴定NSUN2调控的m5C修饰基因和位点。
提取NSUN2OE和对照Ishikawa细胞的RNA,进行m5C-BS-seq,分析差异m5C修饰基因。
验证m5C-BS-seq筛选出的关键基因的mRNA和m5C水平变化。
通过RT-qPCR和dot blot验证CLDN4、GPX1、MMP14、RPS271和STAT1的表达。
评估NSUN2过表达对外显子剪接事件的影响。
分析RNA-seq数据中的剪接事件,并用RT-PCR验证STAT1和MMP14的外显子跳跃。
验证NSUN2与CLDN4的物理相互作用及功能相关性。
进行coimmunoprecipitation(Co-IP)实验检测NSUN2与CLDN4的结合;敲除CLDN4进行拯救实验。
验证NSUN2的甲基转移酶活性对CLDN4调控的必要性。
构建NSUN2 C271A和C321A突变体,检测m5C水平和CLDN4表达。
探究NSUN2通过H3K9ac修饰调控CLDN4表达的机制。
通过Western blot检测H3K9ac和SIRT4蛋白水平,并使用Cut&Tag测序分析H3K9ac在全基因组上的分布。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018 |
| Turbo DNase | Invitrogen | AM2239 | |
| RNA定量 | Qubit RNA高灵敏度检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | Q32855 |
| RT-qPCR | SYBR预混液 | Biosharp | BL698A |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | GIBCO | -- |
| FuGENE HD转染试剂 | Promega | E2312 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Beyotime | P1006 | |
| 二抗 | Beyotime | A0216, A0208 | |
| ECL化学发光试剂 | Vazyme | E412-01 | |
| Tanon 5200多功能成像系统 | Tanon | -- | |
| dot blot | 超纯水 | Beyotime | ST876 |
| 硝酸纤维素膜 | Beyotime | FFN05 | |
| 10×磷酸盐缓冲液 | Beyotime | ST448-1L | |
| m5C抗体 | Medical and Biological Laboratories | D346-3 | |
| Co-IP | CLDN4抗体 | Proteintech | 16195-1-AP |
| 免疫球蛋白G | Santa Cruz | SC-3879 | |
| Cut&Tag | Cut&Tag试剂盒 | Vazyme | TD903 |
| H3K9ac抗体 | -- | -- | |
| m5C-BS-seq | EZ RNA甲基化试剂盒 | Zymo Research | -- |
| NEBNext Ultra II定向RNA文库制备试剂盒 | New England Biolabs | -- | |
| 安捷伦2100生物分析仪 | Agilent | -- | |
| 细胞增殖 | BrdU标记溶液 | -- | -- |
| 抗BrdU抗体 | -- | -- | |
| 显微镜 | 奥林巴斯荧光倒置显微镜 | Olympus | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | Ishikawa和BeWo细胞系来源、培养基成分(DMEM+10%FBS+4%青霉素/链霉素+1%环丙沙星)、培养条件(37°C, 5% CO2)、传代方法(0.25%胰酶消化2-3分钟) 阅读提示:Materials and Methods: Cell Culture and the Construction of NSUN2 Overexpression and NSUN2 Knockdown Plasmids |
| 质粒转染 | NSUN2OE和NSUN2KD质粒来源、转染试剂(FuGENE HD)及用量 阅读提示:Materials and Methods: Cell Culture and the Construction of NSUN2 Overexpression and NSUN2 Knockdown Plasmids |
| 体外附着实验 | BeWo球体密度(约50个/孔)、共培养时间(2小时)、对照组附着率约30%时终止 阅读提示:Materials and Methods: Formation of BeWo Spheroids and Attachment Assay Using BeWo Spheroids and Ishikawa Cells |
| m5C-BS-seq | 总RNA量(12.5 μg)、亚硫酸盐处理(EZ RNA methylation kit)、建库试剂盒(NEBNext Ultra II)、测序平台(Illumina NovaSeq) 阅读提示:Materials and Methods: BS-m5C-seq Library Construction |
| Cut&Tag | 细胞数量、抗体(H3K9ac)、测序平台(NovaSeq PE150) 阅读提示:Materials and Methods: Cut&Tag Sequencing Assay |
| Co-IP | 抗体(CLDN4 Proteintech 16195-1-AP)、IgG对照(Santa Cruz SC-3879)、Protein G beads 阅读提示:Materials and Methods: Coimmunoprecipitation Assay |