肠道菌群在脓毒症中的保护作用验证
评估清除肠道菌群对小鼠脓毒症结局的影响
使用抗生素混合物预处理小鼠3天,然后进行CLP手术或粪便上清注射,观察生存率和器官损伤。
Gut commensal metabolite rhamnose promotes macrophages phagocytosis by activating SLC12A4 and protects against sepsis in mice
包含动物模型(CLP、粪便注射、大肠杆菌腹膜炎)、细胞实验(小鼠BMDMs、人THP-1来源巨噬细胞)、机制验证(蛋白芯片、SPR、siRNA/过表达)及人体样本(脓毒症患者)等多层级验证。
小鼠CLP脓毒症模型 小鼠粪便上清注射腹膜炎模型 大肠杆菌诱导腹膜炎模型 骨髓来源巨噬细胞(BMDMs)和THP-1来源巨噬细胞
CLP模型:18或21号针头进行穿刺以诱导致死或中度脓毒症 抗生素混合物处理:氨苄西林、甲硝唑、新霉素、万古霉素剂量及给药时长(3天) 鼠李糖干预剂量:74 mg/kg,CLP前2小时口服 体外吞噬实验条件:鼠李糖100 μmol/L预处理18小时,与大肠杆菌共孵育45分钟,MOI=60
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估清除肠道菌群对小鼠脓毒症结局的影响
使用抗生素混合物预处理小鼠3天,然后进行CLP手术或粪便上清注射,观察生存率和器官损伤。
鉴定清除肠道菌群后缺失的代谢物并验证其对脓毒症的影响
通过代谢组学分析ABX处理小鼠粪便,筛选出鼠李糖,并在CLP模型中补充鼠李糖观察其保护作用。
探索鼠李糖对脓毒症小鼠外周血单个核细胞的影响
对三组小鼠PBMCs进行单细胞RNA测序,分析细胞类型和信号通路变化,重点关注FcγR介导的吞噬途径。
验证鼠李糖是否直接增强巨噬细胞的吞噬和杀菌能力
用鼠李糖预处理BMDMs或THP-1来源巨噬细胞,然后与大肠杆菌共培养,检测吞噬和细胞内杀菌情况。
寻找鼠李糖在巨噬细胞表面的直接靶点
使用生物素化鼠李糖探针进行人蛋白质组微阵列分析,结合分子对接、SPR和ELISA验证结合特异性。
确证SLC12A4在鼠李糖促进吞噬中的必要性
通过siRNA敲低SLC12A4或过表达,检测巨噬细胞吞噬和杀菌能力的变化,并观察鼠李糖效应是否被阻断。
探索SLC12A4下游信号通路
检测鼠李糖处理后巨噬细胞内GTP-Rac1和GTP-Cdc42的水平,并评估SLC12A4敲低对其影响。
评估鼠李糖对健康人和脓毒症患者巨噬细胞吞噬能力的影响
分离人外周血单核细胞来源的巨噬细胞(MDMs),用鼠李糖预处理后检测吞噬和杀菌能力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物预处理 | 氨苄西林钠 | Macklin | A800429 |
| 甲硝唑 | Macklin | M813526 | |
| 硫酸新霉素 | Macklin | N814740 | |
| 万古霉素 | Aladdin | V105495 | |
| 药物处理 | 鼠李糖 | Aladdin | R108982 |
| 缓冲液 | 磷酸盐缓冲液 | Gibco | C10010500BT |
| 细菌培养 | LB培养基 | Sigma | L3022 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018 |
| RNA质检 | RNA Nano 600检测试剂盒 | Agilent Technologies | -- |
| 测序平台 | Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- |
| 生化分析 | 丙氨酸氨基转移酶检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | C009-3-1 |
| 天冬氨酸氨基转移酶检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | C010-3-1 | |
| 肌酐检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | C011-2-1 | |
| 细胞因子检测 | TNF-α ELISA试剂盒 | NeoBioscience | EMC102a.96 |
| IL-1β ELISA试剂盒 | NeoBioscience | EMC001b.96 | |
| IL-6 ELISA试剂盒 | NeoBioscience | EMC004.96 | |
| RNA提取 | 总RNA提取试剂盒 | Vazyme Biotech Co., Ltd. | RC112-01 |
| 反转录 | 反转录试剂盒 | Toyobo | FSQ-101 |
| qPCR | SYBR Green实时荧光定量PCR预混液 | Toyobo | QPK-201 |
| ABI 7500实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 转染 | 对照siRNA | RiboBio Co., Ltd. | -- |
| riboFECT CP转染试剂盒 | RiboBio | C10511-05 | |
| SLC12A4过表达质粒 | iGene Biotechnology Co., Ltd. | EX-Y3536-M98 | |
| 对照质粒 | iGene Biotechnology Co., Ltd. | EX-NEG-M98 | |
| 脂质体转染试剂3000 | Invitrogen | L3000015 | |
| 共聚焦成像 | 玻璃底细胞培养皿 | NEST Biotechnology | 801002 |
| 麦胚凝集素 | Thermo Fisher Scientific | W11262 | |
| Hoechst 33342染料 | GlpBio | GC63515 | |
| 尼康C1光谱共聚焦显微镜 | Nikon | -- | |
| 链霉亲和素偶联量子点(QD605s) | Wuhan jiayuan quantum dots Co., Ltd. | QS605 | |
| 吞噬实验 | 庆大霉素 | Sigma | E003632 |
| TritonX-100 | Sigma | X100 | |
| 蛋白质组微阵列 | HuProt 20K人类蛋白质组芯片 | CDI Laboratories | -- |
| 链霉亲和素-Cy5 | Thermo Fisher Scientific | SA1011 | |
| GenePix 4000B扫描仪 | Axon Instruments | -- | |
| SLC12A4结合实验 | 抗SLC12A4抗体预包被96孔板 | ELK Biotechnology Co., Ltd. | ELK9749 |
| 重组人SLC12A4蛋白 | Crystalobio Biopharma | -- | |
| 分子对接 | Schrodinger-Maestro软件 | -- | -- |
| SPR分析 | PlexArray HT系统 | Plexera Bioscience | -- |
| 3D葡聚糖传感器芯片 | Plexera Bioscience | PX201 | |
| 细胞内氯离子检测 | MQAE荧光探针 | MCE | HY-D0090 |
| 统计分析 | Prism 8.3软件 | GraphPad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系、年龄、性别;ABX剂量和给药时长;CLP针号;观察时间 阅读提示:见2.1节,图1图例 |
| 药物处理 | 鼠李糖剂量(74 mg/kg)、给药途径(口服)、给药时间(CLP前2小时) 阅读提示:见2.1节,结果3.2 |
| 细胞实验 | 细胞类型(BMDMs、THP-1)、鼠李糖浓度(100 μmol/L)和处理时间(18小时)、感染时间(45分钟)、MOI(60) 阅读提示:见2.13节,结果3.3 |
| 分子机制 | siRNA序列、转染浓度和时间;SLC12A4过表达质粒浓度和时间;SPR和ELISA条件 阅读提示:见2.11、2.14、2.15、2.16节 |
| 人体样本 | 患者纳入标准;MDMs分离和培养条件;鼠李糖处理浓度和时间(文中未明确) 阅读提示:见2.3节,结果3.7 |