检测TRIM28在HBV复制中的表达
验证TRIM28在HBV复制细胞和小鼠模型中的表达变化。
通过RT-qPCR、western blot、免疫荧光和免疫组化检测HBV复制小鼠和细胞中TRIM28的表达;利用GEO数据库分析HBV感染患者TRIM28 mRNA水平。
TRIM28 functions as SUMO ligase to SUMOylate TRAF6 and regulate NF-κB activation in HBV-replicating cells
包括细胞实验、免疫沉淀、质谱、位点突变、荧光素酶报告基因、小鼠模型及临床样本分析等多个独立层次,并进行功能验证和机制验证。
293T细胞 肝癌细胞系HepG2、HepG2.2.15、Huh-7 C57BL/6小鼠流体动力学注射HBV模型 HBV感染患者肝组织样本
TRAF6 SUMO化位点K453对NF-κB激活的影响 TRIM28与TRAF6的相互作用及其结构域 SUMO化对TRAF6泛素化的拮抗作用 TRIM28过表达对体内HBV复制的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证TRIM28在HBV复制细胞和小鼠模型中的表达变化。
通过RT-qPCR、western blot、免疫荧光和免疫组化检测HBV复制小鼠和细胞中TRIM28的表达;利用GEO数据库分析HBV感染患者TRIM28 mRNA水平。
确定TRIM28是否与TRAF6结合,并定位结合区域。
通过免疫共沉淀和LC-MS/MS验证内源性和外源性相互作用;构建TRIM28和TRAF6截短突变体,通过Co-IP确定结合结构域。
证明TRAF6可被SUMO1修饰,并确定关键修饰位点。
通过免疫沉淀检测内源和外源TRAF6SUMO化;用ML-792抑制SUMO化验证;通过点突变筛选SUMO化位点。
探究SUMO化对TRAF6核质定位及NF-κB激活的影响。
通过核质分离和免疫荧光检测TRAF6定位;通过western blot和荧光素酶报告基因检测NF-κB激活。
确定TRIM28作为SUMO连接酶调控TRAF6SUMO化并影响NF-κB激活和HBV复制。
在TRIM28敲低和过表达细胞中检测TRAF6SUMO化水平;通过体内小鼠模型验证TRIM28对TRAF6介导的NF-κB激活和HBV复制的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | MEM培养基 | Gibco | -- |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| RPMI 1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | BI | -- | |
| G418 | Solarbio | -- | |
| 聚乙烯亚胺 | Polyscience | -- | |
| 药物处理 | MG-132 | MedChemExpress | HY-13259 |
| ML-792 | MedChemExpress | HY-108702 | |
| N-乙基马来酰亚胺 | Sigma | 04259 | |
| DNA扩增 | Phanta Flash Master Mix | Vazyme | P510-01 |
| 质粒构建 | Mut Express II快速突变试剂盒V2 | Vazyme | C214-01 |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Ambion | -- |
| HiScript Q Select RT SuperMixII(+gDNA wiper) | Vazyme | R233-01 | |
| ChamQ SYBR Color qPCR Master Mix | Vazyme | Q411-02 | |
| 免疫沉淀 | IP缓冲液 | Beyotime | P0013 |
| 抗Flag磁珠 | MedChemExpress | HY-K0207 | |
| 蛋白A/G磁珠 | MedChemExpress | HY-K0202 | |
| 正常兔IgG | Beyotime | A7016 | |
| 正常小鼠IgG | Beyotime | A7028 | |
| Western blotting | GFP抗体 | Proteintech | 1E10H7 |
| Flag抗体 | HuaBio | M1403-2 | |
| SUMO1抗体 | Abcam | ab32058 | |
| SUMO2/3抗体 | Abcam | ab81371 | |
| TRIM28抗体 | HuaBio | ET1612-55 | |
| TRAF6抗体 | HuaBio | R1311-2 | |
| TRAF6抗体 | Santa cruz | sc-8409 | |
| TRAF6抗体 | Zenbio | R380803 | |
| p65抗体 | CST | 8242 | |
| p-p65抗体 | CST | 3033 | |
| β-actin抗体 | ZSGB | TA-09 | |
| LC-MS/MS | EASY-nLC 1000系统 | -- | -- |
| Thermo Orbitrap Fusion质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Q Exactive™混合四极杆-Orbitrap质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488 | Abcam | ab150081 |
| Alexa Fluor 647 | Abcam | ab150115 | |
| Cy3荧光染料 | Beyotime | A0521 | |
| DAPI | -- | -- | |
| Zeiss LSM980共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| 组织病理 | p65抗体 | CST | 8242 |
| p-p65抗体 | Zenbio | 310013 | |
| HBcAg抗体 | ZSGB-Bio | ZM-0421 | |
| ELISA | HBsAg ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H6080 |
| HBsAg ELISA试剂盒 | mlbio | ml002196 | |
| 细胞培养 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 聚凝胺 | Beyotime | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | HepG2和HepG2.2.15使用MEM培养基加10%FBS,HepG2.2.15另加400μg/mL G418;293T和Huh-7使用DMEM加10%FBS;H22使用RPMI1640加10%FBS;37°C、5%CO2培养。 阅读提示:Materials and methods: Cell culture |
| 质粒转染 | 使用PEI转染,具体用量按制造商说明;TRIM28和TRAF6质粒构建信息。 阅读提示:Materials and methods: Plasmids and transfection |
| 蛋白互作验证 | Co-IP使用anti-Flag磁珠,4°C孵育4小时;内源蛋白使用protein-A/G磁珠孵育过夜;对照使用正常IgG。 阅读提示:Materials and methods: Co-immunoprecipitation and immunoblot analysis |
| TRAF6 SUMO化检测 | 细胞在变性条件下裂解,用抗SUMO1抗体进行IP,然后用抗TRAF6抗体进行WB;ML-792处理浓度0.5μM,处理48小时。 阅读提示:Materials and methods: Co-immunoprecipitation and immunoblot analysis; Results: TRAF6 can be SUMOylated by SUMO1 |
| 体内动物实验 | C57BL/6小鼠,流体动力学注射HBV-1.3mer质粒15μg,总质粒量25μg(含载体或共转质粒),体积为体重的10%,5-8秒内注射;在第3天取材。 阅读提示:Materials and methods: Hydrodynamic injection HBV mouse model |