sEVs制备与表征
获得高纯度、载有BDNF的sEVs并验证其基本特性。
在MSCs中过表达BDNF(LV-CMV-BDNF-mCherry-WPRE-pA),通过阴离子交换色谱纯化sEVs,并通过TEM、NTA、Western blot、ELISA等方法验证其形态、粒径、标志物及BDNF含量。
Intranasal delivery of BDNF-loaded small extracellular vesicles for cerebral ischemia therapy
包含体外细胞实验(MSC培养与sEV制备)、体内动物模型(tMCAO小鼠)、行为学、影像学、组织学、分子生物学及组学分析等多个证据层级,并有功能验证。
人iPSC诱导的间充质干细胞(MSC) tMCAO小鼠模型
小鼠品系:C57BL/6J,雄性,9-10周龄,23-27g tMCAO手术:左侧大脑中动脉阻塞45分钟 给药方式:鼻内给药,3次(术后2、24、48小时),每次1.0×10^10个sEV或BDNF-sEV 鼻内给药前30分钟给予透明质酸酶10 μL(100 U/只) 行为学测试时间点:术后3、7、14、21、28天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得高纯度、载有BDNF的sEVs并验证其基本特性。
在MSCs中过表达BDNF(LV-CMV-BDNF-mCherry-WPRE-pA),通过阴离子交换色谱纯化sEVs,并通过TEM、NTA、Western blot、ELISA等方法验证其形态、粒径、标志物及BDNF含量。
评估sEVs经鼻给药后在体内的分布及对鼻黏膜的安全性。
tMCAO小鼠经鼻给予mCherry标记的sEVs,使用IVIS成像观察器官分布,并通过免疫荧光染色检测sEVs与神经元、小胶质细胞、星形胶质细胞的共定位;同时通过H.E.染色评估鼻黏膜毒性。
评估sEVs和BDNF-sEVs对tMCAO小鼠神经功能恢复的影响。
在术后3、7、14、21、28天进行mNSS、转棒、足错步和握力测试,由不知情的观察者执行。
评估sEVs和BDNF-sEVs对脑梗死体积的影响。
术后3天通过MRI和TTC染色测量梗死体积;术后28天通过MRI测量脑萎缩体积。
评估sEVs和BDNF-sEVs对缺血脑炎症反应的影响。
术后3天收集脑组织,通过Bio-Plex检测23种细胞因子,免疫荧光染色检测Iba1/CD68阳性细胞(M1型小胶质细胞)密度,Western blot检测cleaved caspase-3表达。
评估sEVs和BDNF-sEVs对缺血后神经发生和血管生成的影响。
术后14天脑切片进行Ki67、DCX、CD31免疫荧光染色,统计阳性细胞密度。
评估sEVs和BDNF-sEVs对突触及神经纤维的保护作用。
术后28天通过TEM观察突触密度,Western blot检测PSD95、synapsin-1,DTI成像分析各向异性分数,免疫荧光染色检测MBP和NF200。
验证BDNF-sEVs是否通过激活BDNF/TrkB信号通路发挥作用。
术后3天收集缺血脑组织,Western blot检测BDNF、TrkB、Akt、Erk、PLCγ1、CREB的总蛋白及磷酸化水平。
探究sEVs和BDNF-sEVs治疗后的转录组变化。
术后3天对缺血脑组织进行RNA测序,分析差异表达基因,并进行KEGG通路富集。
分析sEVs和BDNF-sEVs的蛋白质及miRNA组成。
对sEVs和BDNF-sEVs进行标记定量蛋白质组学和小RNA测序,鉴定差异表达的蛋白质和miRNA。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物模型建立 | 单丝缝合线 | Doccol | 602256PK10 |
| 经鼻给药 | 透明质酸酶 | Sigma-Aldrich | 9001-54-1 |
| 细胞培养与病毒转染 | 慢病毒 LV-CMV-BDNF-mCherry-WPRE-pA | Brain VTA | -- |
| sEV纯化 | Econo-Pac层析柱 | Bio-Rad Laboratories | -- |
| 阴离子交换树脂 | GE Health Care Life Science | -- | |
| sEV浓缩 | 超滤装置 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| BDNF定量 | ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H0010c |
| 免疫荧光染色 | 兔抗NeuN抗体 | Abcam | ab177487 |
| 兔抗Iba1抗体 | Wako | 019-19741 | |
| 大鼠抗GFAP抗体 | Thermo Fisher | 13-0300 | |
| 行为学测试 | 握力计 | Ugo Basile | NO47200 |
| 转棒仪 | Ugo Basile | 600 | |
| MRI扫描 | 9.4T小动物MRI扫描仪 | Bruker BioSpin | -- |
| TTC染色 | 2,3,5-三苯基氯化四氮唑 | Sigma Aldrich | T8877 |
| 细胞因子分析 | Bio-Plex系统 | BioRad | -- |
| 23因子细胞因子试剂盒 | BioRad | 12005641 | |
| 免疫荧光染色 | 大鼠抗CD68抗体 | Abcam | ab53444 |
| 大鼠抗Ki67抗体 | Invitrogen | 14-5698-82 | |
| 兔抗双皮质素抗体 | Abcam | ab18723 | |
| 小鼠抗CD31抗体 | Santa cruz | sc-376764 | |
| 大鼠抗髓鞘碱性蛋白抗体 | Sigma | MAB386 | |
| 兔抗NF200抗体 | Sigma | N4142 | |
| Alexa Fluor 488或594二抗 | Thermo Fisher | A21206/A11012/A11007/A11006/A32744 | |
| Western blot | 兔抗BDNF抗体 | Abcam | ab108319 |
| 山羊抗TrkB抗体 | R&D Systems | AF1494 | |
| 兔抗磷酸化TrkB抗体 | ABclonal | AP0423 | |
| 小鼠抗Akt抗体 | Cell Signaling Technology | 2920 | |
| 兔抗磷酸化Akt抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| 兔抗Erk抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| 兔抗磷酸化Erk抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| 兔抗PLCγ1抗体 | Cell Signaling Technology | 5690 | |
| 兔抗磷酸化PLCγ1抗体 | Cell Signaling Technology | 14008 | |
| 兔抗CREB抗体 | Cell Signaling Technology | 9197 | |
| 小鼠抗磷酸化CREB抗体 | Santa Cruz | sc-81486 | |
| 兔抗裂解caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9664 | |
| 兔抗PSD95抗体 | Cell Signaling Technology | D74D3 | |
| 兔抗突触素1抗体 | Sigma | S193 | |
| 小鼠抗GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 | |
| 小鼠抗β-微管蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 86298 | |
| 小鼠抗β-肌动蛋白抗体 | Abcam | ab8226 | |
| TEM | 莱卡超薄切片机 | Leica | UC-7 |
| JEOL透射电子显微镜 | Japan Electron Optics Laboratory Co., Ltd. | JEM-1400 PLUS | |
| RNA-seq | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| NanoDrop 2000分光光度计 | Thermo Scientific | -- | |
| Agilent 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| TruSeq链特异性mRNA文库制备试剂盒 | Illumina | -- | |
| Illumina HiSeq X Ten测序平台 | Illumina(上海欧亿生物技术有限公司提供) | -- | |
| RT-qPCR | 逆转录试剂盒 | Takara Biotechnology | RR047A |
| SYBR Green PCR试剂盒 | Takara Biotechnology | RR430A | |
| Opticon 2实时荧光定量PCR检测系统 | BioRad | -- | |
| 蛋白质组学 | 胰蛋白酶 | Promega | -- |
| Orbitrap Exploris 480质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 小RNA测序 | NEB Next小RNA文库制备试剂盒 | NEB | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | 小鼠品系、年龄、性别、体重;MCAO阻塞时间;麻醉方案;术后神经功能评分标准 阅读提示:见Methods 'Animal models and grouping' |
| sEVs制备 | MSC来源、BDNF过表达载体、sEV纯化方法(阴离子交换色谱)、BDNF装载量 阅读提示:见Methods 'Cell culture and sEVs preparation' |
| 经鼻给药 | 给药时间、剂量、次数;透明质酸酶用量;给药前处理 阅读提示:见Methods 'Animal models and grouping' |
| 行为学评估 | 各测试的具体参数(如转棒速度、足错步评估时间)、测试时间点、盲法 阅读提示:见Methods 'Behavioral tests' |
| 梗死体积测量 | MRI参数(T2加权成像序列)、TTC染色浓度和时间、计算方式 阅读提示:见Methods 'Magnetic resonance imaging' 和 'TTC staining and infarct volume measurement' |
| 炎症评估 | 细胞因子检测方法和时间点、免疫荧光染色的抗体及区域选择 阅读提示:见Methods 'Cytokine analysis' 和 'Immunofluorescent staining and quantification' |
| 神经发生与血管生成 | 标记物(Ki67、DCX、CD31)、观察区域(SVZ和梗死周围)、统计标准 阅读提示:见Results 'BDNF-sEVs and sEVs promote neurogenesis and angiogenesis'及图5图注 |
| 突触和纤维保护 | TEM制备和定量方法、Western blot检测的蛋白和抗体、DTI参数 阅读提示:见Methods 'Transmission electron microscopy (TEM)', 'Western blots', 'Magnetic resonance imaging (MRI)'及图6图注 |
| 机制验证 | Western blot分析的具体蛋白及磷酸化位点、取样时间点 阅读提示:见Methods 'Western blots' 和 Results 'BDNF-sEV treatment activates the BDNF/TrkB signaling' |
| 转录组分析 | RNA提取、文库构建、测序平台、差异表达基因阈值、通路富集方法 阅读提示:见Methods 'RNA sequencing (RNAseq)' |
| 蛋白质组和miRNA分析 | 蛋白质组学方法(LC-MS/MS)、miRNA测序方法、差异表达阈值 阅读提示:见Methods 'Proteomic analysis of BDNF-sEVs and sEVs' 和 'Small RNA sequencing' |