ALPPS术后肝再生中VIRMA表达与m6A水平动态检测
探究VIRMA和全局m6A水平在肝再生过程中的变化规律
构建小鼠ALPPS模型,在不同时间点收集肝组织,通过Western blot检测VIRMA蛋白表达,通过分光光度法检测总RNA中的m6A水平。
VIRMA-mediated SHQ1 m6A modification enhances liver regeneration through an HNRNPA2B1-dependent mechanism
包含体内动物模型(ALPPS、CCl4、PH、AAV8补救)、体外细胞实验(增殖、凋亡)、MeRIP-seq、RIP、放线菌素D实验、双荧光素酶报告基因、免疫共沉淀及质谱分析等功能与机制验证。
C57BL/6J小鼠(野生型与肝脏特异性Virma敲除) AML12小鼠肝细胞系 NIH/3T3细胞系 ALPPS、CCl4及部分肝切除的小鼠肝再生模型
肝再生模型中VIRMA表达的时间动态(ALPPS后48小时达峰) Virma敲除对肝再生能力、细胞周期蛋白和增殖标志物的影响 SHQ1作为VIRMA下游靶标的m6A修饰及其mRNA稳定性变化 HNRNPA2B1对SHQ1 mRNA稳定性的调控作用 PI3K/AKT通路(p-AKT Ser473)在SHQ1促进增殖中的作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究VIRMA和全局m6A水平在肝再生过程中的变化规律
构建小鼠ALPPS模型,在不同时间点收集肝组织,通过Western blot检测VIRMA蛋白表达,通过分光光度法检测总RNA中的m6A水平。
确定VIRMA缺失对肝再生能力的影响
利用Alb-Cre/loxP系统生成肝脏特异性Virma敲除小鼠,并进行ALPPS、CCl4及部分肝切除手术,评估FLR/BW比值、肝再生率、血清肝功能指标(ALT、AST、TBIL)、增殖标志物(Ki67、BrdU、p-H3S10)及细胞周期蛋白表达。
验证VIRMA对肝细胞增殖和凋亡的影响
在AML12细胞中通过siRNA敲低或慢病毒过表达Virma,采用CCK-8、克隆形成、EdU标记实验评估增殖能力,并通过流式细胞术检测凋亡。
鉴定VIRMA介导m6A修饰的下游靶基因
对WT和Virma-KO小鼠及ALPPS术后48小时的小鼠肝组织进行MeRIP-seq,结合qRT-PCR、MeRIP-qPCR和RIP-qPCR验证候选靶标,并通过SRAMP数据库预测m6A位点,构建野生型(WT)和突变型(MUT)荧光素酶报告基因验证。
确认SHQ1在VIRMA调控肝细胞增殖中的作用及机制
在AML12细胞中通过siRNA敲低或质粒过表达Shq1(WT与MUT),评估增殖能力;使用AKT抑制剂ipatasertib处理验证AKT依赖性;通过免疫共沉淀-质谱鉴定相互作用蛋白(RICTOR),并通过Western blot验证AKT磷酸化变化。
探究HNRNPA2B1作为m6A阅读蛋白对Shq1 mRNA的调控
检测不同m6A阅读蛋白在肝再生模型中的表达,在AML12细胞中敲低Hnrnpa2b1,检测SHQ1表达、mRNA稳定性(放线菌素D处理),并通过RIP-qPCR和双荧光素酶报告基因验证相互作用和m6A依赖性。
验证SHQ1是VIRMA促进肝再生的关键下游效应分子
通过尾静脉注射AAV8-Shq1在Virma-KO小鼠肝脏中过表达SHQ1,于ALPPS术后检测肝再生相关指标,评估SHQ1能否逆转Virma缺失引起的再生障碍。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 溴脱氧尿苷 | Sigma | B5002 |
| 转染 | Genmute™转染试剂 | SignaGen Laboratories | -- |
| GenJet™ plus转染试剂 | SignaGen Laboratories | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA质量检测 | NanoDrop ND-1000分光光度计 | NanoDrop | -- |
| RNA完整性检测 | Bioanalyzer 2100生物分析仪 | Agilent | -- |
| MeRIP-seq | 镁RNA片段化模块 | NEB | -- |
| 抗m6A抗体 | Synaptic Systems | -- | |
| RNA-seq文库构建 | KAPA链特异性mRNA测序试剂盒 | Illumina | -- |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0011 |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | ISEQ00010 |
| 抗VIRMA抗体 | Proteintech | 68235-1-Ig | |
| 抗CyclinD1抗体 | Cell Signaling Technology | 55506T | |
| 抗CyclinA2抗体 | Abcam | ab181591 | |
| 抗CDK2抗体 | Cell Signaling Technology | 2546 | |
| 抗CyclinB1抗体 | Cell Signaling Technology | 4138 | |
| 抗CDK1抗体 | Abcam | ab32094 | |
| 抗SHQ1抗体 | Bioss | bs-17473R-Bio | |
| 抗p-AKT(Ser473)抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| 抗t-AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4691s | |
| 抗HNRNPA2B1抗体 | Proteintech | 14813-1-AP | |
| 抗β-Tubulin抗体 | Affinity | AF7011 | |
| 抗RICTOR抗体 | Abcam | ab70374 | |
| 抗GAPDH抗体 | Zen BioScience | 200306 | |
| qRT-PCR | HiScript® III一步法逆转录预混液 | Vazyme Biotech | -- |
| ChamQ™ SYBR qPCR预混液 | Vazyme Biotech | -- | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | Beyotime Biotechnology | -- |
| EonTM酶标仪 | BioTek | -- | |
| EdU标记 | Cell-Light™ Apollo 567染色试剂盒 | RiboBio Biotechnology | -- |
| OBSERVER D1/AX10 cam HRC显微镜 | Zeiss | -- | |
| 凋亡检测 | Annexin V-Alexa Fluor 647/PI试剂盒 | -- | -- |
| 流式分析 | CytoFLEX研究型流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| 免疫组化 | 抗Ki67抗体 | Abcam | ab16667 |
| 抗BrdU抗体 | Cell Signaling Technology | 5292 | |
| 抗p-H3S10抗体 | Merck Millipore | 06-570 | |
| 免疫荧光 | 抗白蛋白抗体 | Abcam | ab207327 |
| Alexa Fluor 488二抗 | Invitrogen | -- | |
| 药物处理 | Ipatasertib | -- | -- |
| 体内基因过表达 | AAV8-Shq1 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系、性别、年龄(8-10周)、Virma敲除策略(Alb-Cre/loxP)、ALPPS手术具体步骤、CCl4给药剂量(10 mL/kg,10% CCl4玉米油)、AAV8-Shq1剂量(5×10^11基因组拷贝/只)及给药途径(尾静脉注射) 阅读提示:Methods 2.1 Animals |
| 细胞培养与处理 | 细胞系(AML12)、siRNA与质粒转染试剂(Genmute、GenJet)、转染效率验证方法、稳转株建立方法、放线菌素D浓度与处理时间 阅读提示:Methods 2.2 Small interfering RNA transfection, plasmid transfection, and lentiviral infection; Figure 5 legend |
| 分子检测 | MeRIP-seq完整流程(抗体、片段化条件、建库试剂盒)、Western blot抗体稀释比例、qRT-PCR引物序列、RIP-qPCR条件、双荧光素酶报告基因载体(pmirGLO-Shq1-WT/MUT) 阅读提示:Methods 2.3 MeRIP-seq, 2.4 Western blot, 2.5 qRT-PCR; Supporting Information Table S1 |
| 体内挽救实验 | AAV8-Shq1注射时间点(术前4周)、ALPPS术后检测时间点(FLR/BW、肝再生率、血清肝功能、免疫组化标志物) 阅读提示:Methods 2.1 Animals; Figure 9 legend |
| 统计学 | 样本量(n=5)、统计方法(t检验、单因素方差分析)、显著性阈值(P < 0.05)、数据展示格式(均值±SEM) 阅读提示:Methods 2.9 Statistical analysis |