临床关联和遗传因果分析
评估AS与脑白质损伤的相关性,并利用孟德尔随机化推断因果效应。
使用UK Biobank数据(1630名参与者),线性回归分析cIMT与WMH体积的关系;使用GWAS数据进行两样本孟德尔随机化分析。
The foam cell-derived exosomes exacerbate ischemic white matter injury via transmitting metabolic defects to microglia
包含人群关联分析、单细胞测序、细胞实验(原代小胶质细胞、BMDM、HMC3)、动物模型(ApoE-/-、BCAS、Cx3cr1CreER)以及功能验证(行为学、LFB、TEM等),并进行了机制验证(双荧光素酶报告、代谢分析)。
ApoE-/-小鼠动脉粥样硬化模型 双侧颈总动脉狭窄(BCAS)小鼠模型 原代小胶质细胞 HMC3细胞系
AS循环外泌体(WD-Exos)注射剂量和时间:100 μg/次,尾静脉注射,每3天一次,共10次,持续28天 PLX5622给药方案:BCAS前1周开始给药以耗竭小胶质细胞;ApoE-/-小鼠高脂饮食10周后给药3周以耗竭巨噬细胞 DMF给药剂量:体内100 mg/kg灌胃,每3天一次,共10次;体外25 μM处理 AAV注射剂量:每只小鼠2.4E+9 vg,立体定位注射至胼胝体 antagomir注射剂量:每侧2 μL 100 μM,立体定位注射
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估AS与脑白质损伤的相关性,并利用孟德尔随机化推断因果效应。
使用UK Biobank数据(1630名参与者),线性回归分析cIMT与WMH体积的关系;使用GWAS数据进行两样本孟德尔随机化分析。
建立AS小鼠模型,并分离循环外泌体,验证其加重缺血性脑白质损伤的作用。
ApoE-/-小鼠高脂饮食14周建立AS模型,分离血浆外泌体;BCAS小鼠建立慢性脑低灌注模型,通过尾静脉注射外泌体。
确定AS循环外泌体在脑内主要被哪些细胞摄取。
PKH26标记的WD-Exos注入BCAS小鼠,通过免疫荧光共染检测不同细胞类型中的外泌体。
验证AS外泌体是否导致小胶质细胞功能障碍。
通过免疫荧光、TEM、转录组测序(Smart-seq2)等技术检测小胶质细胞形态、氧化应激、线粒体功能和炎症反应。
确定AS循环外泌体中起主要作用的细胞来源是否为我们推测的泡沫细胞。
利用人颈动脉斑块snRNA-seq分析外泌体分泌活性,并在体外用ox-LDL诱导BMDM形成泡沫细胞,收集外泌体处理原代小胶质细胞。
鉴定AS外泌体中调控小胶质细胞功能的关键miRNA。
对AS患者和对照血浆外泌体进行miRNA测序,结合mRNA转录组和IPA分析,筛选出miR-101-3p,并通过多种实验验证其作用。
确定miR-101-3p的下游靶基因和信号通路。
通过靶基因预测、双荧光素酶报告实验、Western blot等验证miR-101-3p直接靶向Nrf2。
探索Nrf2调控小胶质细胞葡萄糖代谢的分子机制。
转录组分析、ChIP-seq数据、双荧光素酶报告实验验证Nrf2直接结合Slc2a1启动子并激活其转录。
验证激活Nrf2能否对抗AS外泌体引起的脑白质损伤。
使用Cx3cr1CreER小鼠注射AAV-Nrf2过表达小胶质细胞Nrf2,或用DMF药物激活Nrf2,评估对脑白质损伤和认知功能的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 外泌体分离 | PKH26红色荧光细胞连接迷你试剂盒 | Sigma-Aldrich | MINI26 |
| 细胞培养 | 小鼠M-CSF重组蛋白 | Gibco | PMC2044 |
| 动物饲养 | 高脂啮齿动物饲料 | Medicience | D12108c |
| 药物处理 | PLX5622 | Moldiets | M18090601 |
| 富马酸二甲酯 | Sigma-Aldrich | 242926 | |
| 细胞处理 | 氧化低密度脂蛋白 | Yiyuan Biotech | YB-002 |
| 动物处理 | 他莫昔芬 | MCE | HY-13757A |
| 细胞培养 | Lipofectamine 3000试剂 | Invitrogen | L3000015 |
| 组织染色 | 油红O染色试剂盒 | Beyotime | C0157S |
| 生化检测 | ATP检测试剂盒 | Beyotime | S0026 |
| NADP+/NADPH检测试剂盒(WST-8) | Beyotime | S0179 | |
| 线粒体功能检测 | 微量线粒体复合物I活性检测试剂盒 | CheKine | KTB1850 |
| 微量线粒体复合物II活性检测试剂盒 | CheKine | KTB1860 | |
| 微量线粒体复合物III活性检测试剂盒 | CheKine | KTB1870 | |
| 微量线粒体复合物IV活性检测试剂盒 | CheKine | KTB1880 | |
| 微量线粒体复合物V活性检测试剂盒 | CheKine | KTB1890 | |
| 细胞活性检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Life-iLab | AC11L054 |
| 组织消化 | 成体脑组织解离试剂盒(小鼠和大鼠) | Miltenyi Biotec | 130-107-677 |
| 分子生物学 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1910 |
| RNA提取 | miRNeasy微量试剂盒 | QIAGEN | 217084 |
| 组织染色 | 固蓝染色试剂盒 | Servicebio | G1030 |
| 马松三色染色试剂盒 | Solarbio | G1346 | |
| 细胞染色 | Mito-Tracker深红FM | Beyotime | C1032 |
| 葡萄糖摄取探针 | Dojindo | UP02 | |
| PK Mito深红 | Genvivo | PKMDR | |
| MitoSOX红 | Invitrogen | M36008 | |
| Bodipy 493/503 | Invitrogen | D3922 | |
| H2DCFDA | MCE | HY-D0940 | |
| MitoTracker绿色FM | Yeasen | 40742ES50 | |
| MitoTracker红色CMXRos | Yeasen | 40741ES50 | |
| JC-1探针 | Yeasen | 40705ES03 | |
| CFDA,SE | Invitrogen | C1157 | |
| 流式校准 | Megamix-Plus FSC微球 | BioCytex | 7802 |
| qPCR | Hieff qPCR SYBR Green预混液 | Yeasen | 11201ES03 |
| 外泌体检测 | CD63抗体 | Abcam | ab134045 |
| CD9抗体 | Abcam | ab263019 | |
| CD81抗体 | Abcam | ab109201 | |
| HSP70抗体 | Abcam | ab181606 | |
| TSG101抗体 | Abcam | ab125011 | |
| Calnexin抗体 | Abcam | ab133615 | |
| 蛋白检测 | 抗葡萄糖转运蛋白GLUT1抗体 | Abcam | ab115730 |
| 抗MAG抗体 | Abcam | ab277524 | |
| 抗髓鞘碱性蛋白抗体 | Abcam | ab7349 | |
| 免疫染色 | 抗Iba1抗体 | Abcam | ab5076 |
| 抗MAP2抗体 | Abcam | ab5392 | |
| 抗GFAP抗体 | Abcam | ab7260 | |
| 抗Dectin-1抗体 | Abcam | ab140039 | |
| 抗半乳糖凝集素3抗体 | Abcam | ab2785 | |
| 抗CD20抗体 | Abcam | ab78237 | |
| 抗8-OHdG抗体 | Bioss | bs-1278R | |
| 抗CD3抗体 | Dako | A0452 | |
| NRF2, NFE2L2多克隆抗体 | Proteintech | 16396-1-AP | |
| 髓鞘碱性蛋白多克隆抗体 | Proteintech | 10458-1-AP | |
| OLIG2多克隆抗体 | Proteintech | 13999-1-AP | |
| CD68单克隆抗体 | Proteintech | 66231-2-Ig | |
| 流式细胞术 | CD11b抗体 | Biolegend | 101205 |
| CD45抗体 | Biolegend | 103112 | |
| F4/80抗体 | Biolegend | 123115 | |
| CD62E抗体 | Biolegend | 322606 | |
| CD235a抗体 | Biolegend | 349110 | |
| CD63抗体(FITC) | Biolegend | 353006 | |
| CD63抗体(PE/Cyanine7) | Biolegend | 353010 | |
| CD63抗体(APC) | Biolegend | 143906 | |
| 7-AAD | BD Biosciences | 559925 | |
| 实验动物 | C57BL/6野生型小鼠 | Vital River | -- |
| C57BL/6 ApoE基因敲除小鼠 | Vital River | -- | |
| Cx3cr1CreER小鼠 | Model Organisms Center | -- | |
| 细胞系 | HMC3细胞系 | Pricella Biotechnology | CL-0620 |
| miRNA处理 | miR-101-3p模拟物/阴性对照 | RiboBio | -- |
| miR-101-3p抑制剂/阴性对照 | RiboBio | -- | |
| mmu-miR-101a-3p antagomir/阴性对照 | RiboBio | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床队列分析 | UK Biobank参与者的纳入标准、cIMT和WMH测量方法、调整因素 阅读提示:STAR Methods: UK Biobank data |
| 小鼠模型 | 小鼠品系、性别、年龄、高脂饮食时间;BCAS微线圈规格 阅读提示:STAR Methods: Mouse model |
| 外泌体给药 | 外泌体剂量(100 μg/次)、给药途径(尾静脉)、频率(每3天一次)和时长(28天) 阅读提示:STAR Methods: Exosomes administration |
| 小胶质细胞/巨噬细胞耗竭 | PLX5622给药剂量、时间和方式 阅读提示:STAR Methods: PLX5622 administration |
| DMF处理 | 体外浓度(25 μM)、体内剂量(100 mg/kg)、给药方式(灌胃)和时间 阅读提示:STAR Methods: Dimethyl fumarate (DMF) administration |
| AAV注射 | AAV血清型、注射体积、滴度(2.4E+9 vg/只)、注射坐标 阅读提示:STAR Methods: Adeno-Associated Virus (AAV) stereotactic injection |
| antagomir注射 | antagomir浓度(100 μM)、体积(2 μL)、注射坐标 阅读提示:STAR Methods: Antagomir stereotactic injection |
| 细胞培养 | 原代小胶质细胞分离方法、培养时间、体外处理浓度(ox-LDL 50 μg/mL、外泌体20 μg/mL) 阅读提示:STAR Methods: Cell culture, Methods details |
| OGD模型 | 低糖培养基、1% O2、处理时间(4小时)、髓鞘碎片浓度(5 μg/mL) 阅读提示:STAR Methods: Cell culture (OGD model) |
| 代谢分析 | Seahorse实验的细胞密度、药物浓度(oligomycin、FCCP、Rot/AA、2-DG) 阅读提示:STAR Methods: Seahorse Metabolic Analysis |