生物信息学分析鉴定CHD相关DEGs
鉴定冠心病相关的差异表达基因及其富集通路
对GEO数据集GSE21610和GSE66360进行差异表达分析,GO和KEGG富集分析,以及PPI网络分析。
SGK1 contributes to ferroptosis in coronary heart disease through the NEDD4L/NF-κB pathway
包含生物信息学分析、临床样本验证、体外细胞实验(敲低/过表达/拯救实验)和体内动物模型验证,功能与机制验证完整。
小鼠主动脉内皮细胞(MAECs) APOE−/−小鼠高脂饮食诱导的冠心病模型 人循环内皮细胞(CECs)
SGK1在人CHD CECs中高表达(与GEO数据集一致) SGK1敲低可逆转Erastin诱导的MAECs铁死亡(脂质过氧化、铁积累、线粒体损伤、SLC7A11/GPX4/ACSL4表达及GSH/GSSG水平) NEDD4L过表达或PMA处理可逆转SGK1敲低对铁死亡的抑制作用(功能与机制拯救实验) SGK1敲低减轻CHD动物模型主动脉病变(体重、血脂、油红O染色、H&E染色、普鲁士蓝染色及铁死亡标志物表达) SGK1调控NEDD4L和NF-κB通路(p-P65水平)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定冠心病相关的差异表达基因及其富集通路
对GEO数据集GSE21610和GSE66360进行差异表达分析,GO和KEGG富集分析,以及PPI网络分析。
验证生物信息学分析结果在CHD患者循环内皮细胞中的准确性
从健康者和CHD患者外周血中分离CD146+ CECs,用流式细胞术定量,RT-qPCR检测7个交集DEGs的mRNA表达,Western blot检测SGK1蛋白表达。
探究SGK1在MAECs铁死亡中的作用
用Erastin诱导MAECs铁死亡,通过SGK1敲低慢病毒感染,检测细胞活力、脂质过氧化、铁积累、线粒体形态和铁死亡标志物(SLC7A11、GPX4、ACSL4)及GSH/GSSG水平。
验证SGK1是否通过NEDD4L和NF-κB通路介导铁死亡
Western blot检测NEDD4L和p-P65水平,并通过NEDD4L过表达和PMA处理进行功能拯救实验。
在体内评估SGK1敲低对CHD进展和主动脉铁死亡的影响
APOE−/−小鼠高脂饮食喂养12周建立CHD模型,在8周时尾静脉注射SGK1敲低慢病毒,检测体重、血脂、主动脉病理(油红O、H&E、普鲁士蓝)及铁死亡标志物和NEDD4L/NF-κB通路蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞分选 | CD146单克隆抗体 | Invitrogen | 14-1469-82 |
| Moflo AstriosEQ超高速流式细胞仪 | Beckman | B25982 | |
| 细胞培养 | 小鼠主动脉内皮细胞 | BNCC | BNCC359881 |
| 内皮细胞专用培养基 | BNCC | BNCC364799 | |
| 药物处理 | Erastin | Selleck | S7242 |
| PMA(佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯) | MCE | HY-18739 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8溶液 | MCE | HY-K0301 |
| 酶标仪 | BIO-TEK | EL800 | |
| 流式分析 | DCFH-DA试剂盒 | MCE | HY-D0940 |
| BODIPY 581/591 C11试剂盒 | MCE | HY-D1301 | |
| Phen Green SK二乙酸酯 | MCE | HY-126823 | |
| Cytek Aurora全光谱流式细胞仪 | Cytek Biosciences | -- | |
| 透射电镜 | 超薄切片机 | Leica | -- |
| JEM-2100 Plus透射电子显微镜 | JEOL | -- | |
| RT-qPCR | TRNzol Universal试剂 | TianGen | DP424 |
| 一步法RT-qPCR试剂盒 | QIAGEN | 210212 | |
| QuantStudio 6 Pro实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | A43161 | |
| SolidSpec-3700i/3700i DUV分光光度计 | Shimadzu | -- | |
| Western blot | ProteoPrep蛋白提取试剂盒 | Merck | PROTTOT-1KT |
| SLC7A11抗体 | Abcam | ab307601 | |
| GPX4抗体 | Abcam | ab125066 | |
| ACSL4抗体 | Proteintech | 66617-1-Ig | |
| SGK1抗体 | Abcam | ab32374 | |
| NEDD4L抗体 | Proteintech | 13690-1-AP | |
| p-P65抗体 | Bioss | bs-3485R | |
| p65抗体 | Bioss | bs-23217R | |
| β-actin抗体 | Abcam | ab8227 | |
| 亲和纯化山羊抗兔二抗 | Jackson ImmunoResearch | 111-005-003 | |
| 亲和纯化山羊抗小鼠IgG二抗 | Jackson ImmunoResearch | 115-005-044 | |
| ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| GSH/GSSG检测 | GSH试剂盒 | Solarbio | BC1175 |
| 动物实验 | APOE基因敲除小鼠 | Jiangsu Gempharmatech | -- |
| 高脂饮食(TD.88137) | Harlan Teklad | -- | |
| 病理染色 | 油红O工作液 | Solarbio | G1260 |
| Perls染色工作液 | Solarbio | G1422 | |
| 甘油 | Chronchem | -- | |
| 中性树脂 | Servicebio | WG10004160 | |
| Pannoramic MIDI扫描仪 | 3D HISTECH | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人循环内皮细胞(CECs)分离与验证 | 外周血样本采集与处理、CD146抗体分选条件、流式细胞仪设置 阅读提示:Methods 2.2 |
| MAECs培养与处理 | MAECs来源、培养基成分、饥饿时间、Erastin浓度与处理时间、SGK1敲低慢病毒序列及感染条件 阅读提示:Methods 2.3 |
| 铁死亡表型检测 | DCFH-DA、C11-BODIPY、PGSK探针浓度与孵育时间、流式细胞仪参数、线粒体电镜样本制备与观察条件 阅读提示:Methods 2.5-2.6 |
| Western blot检测 | 抗体信息(货号、稀释比)、蛋白提取方法、上样量、电泳及转膜条件、成像系统设置 阅读提示:Methods 2.8 |
| GSH/GSSG检测 | 样品处理、试剂盒使用步骤、标准曲线 阅读提示:Methods 2.9 |
| CHD动物模型 | 小鼠品系、周龄、体重、高脂饮食配方与喂养周期、慢病毒注射剂量与时间、麻醉与取材方法 阅读提示:Methods 2.10 |
| 主动脉病理染色 | 染色步骤、染色时间、封片剂 阅读提示:Methods 2.11 |