差异表达circRNA筛选与验证
鉴定与GEM耐药相关的circRNA
对3对GEM耐药和敏感PDAC组织进行RNA-seq,筛选差异表达circRNA,并通过qRT-PCR在临床样本和细胞系中验证hsa_circ_0007919的表达,通过Sanger测序和RNase R处理验证其环状结构。
hsa_circ_0007919 induces LIG1 transcription by binding to FOXA1/TET1 to enhance the DNA damage response and promote gemcitabine resistance in pancreatic ductal adenocarcinoma
包含体外细胞功能实验(CCK-8、流式、彗星、IF)、体内异种移植模型、临床样本分析、机制验证(ChIRP、RIP、ChIP、MS-PCR、双荧光素酶)等多个独立证据层级,并进行了功能验证和机制验证。
GEM耐药的PDAC细胞系(PANC-1/GEM和CFPAC-1/GEM) PDAC细胞系(PANC-1、CFPAC-1、BxPC-3、MIA-PaCa2) 正常胰腺导管细胞系(hTERT-HPNE) 裸鼠异种移植瘤模型
hsa_circ_0007919在GEM耐药组织和细胞中的高表达(通过qRT-PCR验证) hsa_circ_0007919对GEM敏感性的影响(通过CCK-8和凋亡检测) hsa_circ_0007919与FOXA1/TET1的相互作用(通过ChIRP和RIP) hsa_circ_0007919对LIG1启动子甲基化和转录活性的影响(通过MS-PCR和荧光素酶报告) QKI与ABR前体mRNA内含子结合增强(通过RIP)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与GEM耐药相关的circRNA
对3对GEM耐药和敏感PDAC组织进行RNA-seq,筛选差异表达circRNA,并通过qRT-PCR在临床样本和细胞系中验证hsa_circ_0007919的表达,通过Sanger测序和RNase R处理验证其环状结构。
验证hsa_circ_0007919对PDAC细胞增殖、凋亡和GEM敏感性的影响
在GEM耐药细胞中敲低hsa_circ_0007919,在亲本细胞中过表达,通过CCK-8、流式细胞术、DNA ladder、Western blot等检测细胞增殖、凋亡和GEM敏感性变化。
评估hsa_circ_0007919对GEM诱导的DNA损伤的影响
通过单细胞凝胶电泳(彗星实验)和γ-H2AX免疫荧光检测DNA损伤水平。
验证hsa_circ_0007919对肿瘤生长和GEM耐药的影响
将稳定敲低hsa_circ_0007919的GEM耐药细胞接种裸鼠,定期测量肿瘤体积和重量,并通过IHC、TUNEL和qPCR检测肿瘤组织中相关蛋白表达和凋亡。
鉴定hsa_circ_0007919的下游靶基因和信号通路
对敲低hsa_circ_0007919的GEM耐药细胞进行RNA-seq,通过KEGG和GSEA分析富集通路,确定LIG1为下游关键基因,并通过qPCR和Western blot验证。
验证hsa_circ_0007919与FOXA1、TET1及LIG1启动子的相互作用
通过FISH和核质分离确定hsa_circ_0007919的核定位;通过数据库预测结合蛋白,并通过ChIRP、RIP、Co-IP验证hsa_circ_0007919与FOXA1/TET1的结合;通过ChIP、MS-PCR和双荧光素酶报告实验验证对LIG1启动子甲基化和转录活性的影响。
阐明GEM诱导hsa_circ_0007919表达的上游机制
通过相关性分析筛选调控hsa_circ_0007919形成的蛋白,并通过RIP验证QKI与ABR前体mRNA内含子的结合。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Hyclone | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Beyotime | -- | |
| 药物处理 | 吉西他滨 | MCE | -- |
| 5-氮杂胞苷 | MCE | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 2000 | Invitrogen | -- |
| RNA提取与qPCR | RNA isolater总RNA提取试剂盒 | Vazyme | -- |
| qPCR | HiScript II Q RT SuperMix for qPCR | Vazyme | -- |
| ChamQ SYBR qPCR Master Mix | Vazyme | -- | |
| DNA提取 | FastPure细胞/组织DNA提取迷你试剂盒 | Vazyme | -- |
| RNA处理 | RNase R | Epicentre | -- |
| CCK-8实验 | CCK-8溶液 | Glpbio | -- |
| 凋亡检测 | 细胞凋亡检测试剂盒 | Biosharp | -- |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| Super ECL检测试剂 | Yeasen | -- | |
| 发光成像系统 | Tanon | -- | |
| 抗caspase3抗体 | Proteintech | 19677-1-AP | |
| 抗caspase9抗体 | Proteintech | 10380-1-AP | |
| 抗BCL2抗体 | Proteintech | 68103-1-Ig | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG(H+L) | Biodragon | BF03008 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG(H+L) | Biodragon | BF03001 | |
| 抗γ-H2AX抗体 | Abclonal | AP0687 | |
| 免疫荧光 | CoraLite594标记的山羊抗兔IgG(H+L) | Proteintech | SA00013-4 |
| Western blot | 抗LIG1抗体 | Proteintech | 18051-1-AP |
| IHC | 抗Ki67抗体 | Servicebio | GB111499 |
| 免疫共沉淀 | 抗FOXA1抗体 | GeneTex | GTX100308 |
| 抗TET1抗体 | Active Motif | AB_2793752 | |
| Western blot | 抗QKI抗体 | Proteintech | 13169-1-AP |
| 彗星实验 | 正常熔点琼脂糖 | Vicmed | -- |
| 低熔点琼脂糖 | Biosharp | -- | |
| 碘化丙啶溶液 | Biosharp | -- | |
| 倒置荧光显微镜 | Olympus | -- | |
| 免疫荧光 | 牛血清白蛋白 | Solarbio | -- |
| DAPI | Bioss | -- | |
| 共聚焦激光显微镜 | ZEISS | -- | |
| 慢病毒感染 | 嘌呤霉素 | Solarbio | -- |
| 免疫组化 | SP试剂盒 | ZSGB-BIO | -- |
| DAB染色试剂盒 | ZSGB-BIO | -- | |
| 苏木素溶液 | Sinoreagent | -- | |
| TUNEL实验 | TUNEL凋亡检测试剂盒(显色法) | Beyotime | -- |
| FISH | FISH试剂盒 | RIBOBIO | -- |
| 核质分离 | 细胞质和细胞核RNA纯化试剂盒 | Norgen Biotek | -- |
| ChIRP | ChIRP试剂盒 | Bersinbio | -- |
| Co-IP | IP细胞裂解液 | Beyotime | -- |
| 2×SDS-PAGE上样缓冲液 | Beyotime | -- | |
| RIP | RNA免疫沉淀试剂盒 | GENESEED | -- |
| ChIP | Simple ChIP酶解染色质IP试剂盒 | CST | -- |
| MS-PCR | EZ DNA甲基化-Gold试剂盒 | ZYMO RESEARCH | -- |
| 甲基化特异性PCR试剂盒 | TIANGEN | -- | |
| 荧光素酶报告 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| 多功能酶标仪 | SPARK | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和处理 | 细胞系来源(PDAC细胞系和正常胰腺导管细胞系),培养条件(培养基、血清、抗生素),GEM耐药细胞构建方法(浓度梯度),药物处理浓度和时间 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and transfection; IC50 detection assay |
| RNA提取和qRT-PCR | RNA提取试剂盒和cDNA合成试剂盒,qPCR反应条件(引物序列、内参基因GAPDH/U6),数据定量方法(2−ΔCt或2−ΔΔCt) 阅读提示:Materials and methods: RNA extraction and quantitative real-time PCR (qRT-PCR) |
| DNA损伤检测 | 彗星实验的具体条件(细胞数、琼脂糖浓度、电泳条件),γ-H2AX IF实验的抗体和浓度 阅读提示:Materials and methods: Single cell gel electrophoresis; Immunofluorescence (IF); Figure legends for Fig. 3A-B |
| 增殖和凋亡检测 | CCK-8实验的细胞数、处理时间、检测波长;流式凋亡检测的染色步骤和抗体 阅读提示:Materials and methods: CCK-8 assay; Apoptosis detection assay |
| 蛋白表达检测 | Western blot实验所用一抗和二抗的稀释比例、蛋白上样量、封闭条件 阅读提示:Materials and methods: Western blot assay |
| 基因沉默和过表达 | siRNA和质粒序列(如si-hsa_circ_0007919#1、#2)、转染试剂和转染条件 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and transfection |
| 体内异种移植模型 | 细胞注射数量、小鼠品系、GEM给药剂量和频率、肿瘤测量时间点 阅读提示:Materials and methods: Stable inhibition cell lines construction and xenograft model |
| 染色质和RNA相互作用 | ChIRP、RIP、ChIP实验的具体步骤和试剂盒 阅读提示:Materials and methods: ChIRP, RIP, ChIP, MS-PCR |