单细胞RNA-seq分析TNFR2表达
评估人和小鼠肿瘤浸润CD8+ T细胞中TNFR2的表达及其与耗竭状态的关系
分析公开的人类GBM和鼠CT2A胶质瘤单细胞RNA-seq数据,聚类免疫细胞,评估TNF、TNFR1、TNFR2表达。
Upregulation of TNFR2 Precedes TOX Expression by Exhausted T cells and Restricts Antitumor and Antiviral Immunity
包含单细胞RNA-seq、流式、批量RNA-seq、体外杀伤、过继转移、TNFR2-KO小鼠和拮抗剂治疗等多个独立证据层级,并进行功能与机制验证。
小鼠皮下及颅内肿瘤模型(CT2A、E0771、Yummer1.7) 慢性LCMV感染小鼠模型 人类胶质母细胞瘤样本(单细胞RNA-seq数据) 过继转移的TRP2 TCR转基因T细胞
TNFR2表达与耗竭标志物(PD-1、TIM3、TOX)的相关性 TNFR2-KO对TOX表达和T细胞功能的影响 TNFR2拮抗剂与抗PD-1联合治疗对肿瘤生长和生存的影响 CD8+ T细胞在TNFR2-KO介导的肿瘤控制中的作用 慢性LCMV感染中TNFR2-KO的病毒控制和脾脏重量变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估人和小鼠肿瘤浸润CD8+ T细胞中TNFR2的表达及其与耗竭状态的关系
分析公开的人类GBM和鼠CT2A胶质瘤单细胞RNA-seq数据,聚类免疫细胞,评估TNF、TNFR1、TNFR2表达。
验证TNFR2蛋白表达与耗竭标志物的相关性
对多种肿瘤模型和慢性LCMV感染小鼠的CD8+ T细胞进行流式染色,分析TNFR2与PD-1、TIM3、TOX等。
确定TNFR2缺失对TOX表达和T细胞功能的影响
使用TNFR2-KO小鼠,分析CD8+ T细胞中TOX表达、细胞因子产生、转录组。
比较WT和TNFR2-KO终末耗竭T细胞的转录差异
分选TIM3+ CD8+ T细胞进行RNA-seq,分析差异表达基因和通路。
评估TNFR2缺失或拮抗剂对肿瘤生长和生存的影响
在WT和TNFR2-KO小鼠中植入肿瘤,或使用抗TNFR2和抗PD-1处理,监测肿瘤生长和生存;进行CD8清除和再挑战实验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物模型 | C57BL/6J | The Jackson Laboratory | 000664 |
| TNFR2敲除小鼠 | The Jackson Laboratory | 002620 | |
| CD45.1小鼠 | The Jackson Laboratory | 002014 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Sigma-Aldrich | D6429 |
| 胎牛血清 | Sigma-Aldrich | F4135 | |
| HEPES | Gibco | 15630-080 | |
| F12培养基 | Gibco | 11330-032 | |
| 非必需氨基酸 | Gibco | 11140-050 | |
| 肿瘤接种 | 磷酸盐缓冲液 | Sigma-Aldrich | D8537 |
| 甲基纤维素 | Gibco | 25030-081 | |
| 气密注射器 | Hamilton | 81120 | |
| 针头 | BD Biosciences | 305125 | |
| 镇痛 | 异氟烷 | Covetrus | 11695-6777-2 |
| 美洛昔康 | Covetrus | 11695-6936-1 | |
| 布比卡因 | Henry Schein | 1411640 | |
| 组织处理 | 肝素 | Fresenius Kabi | C504730 |
| Dounce组织匀浆器 | VWR | 62400-620 | |
| Hank's平衡盐溶液 | Thermo Fisher Scientific | 14025092 | |
| 组织消化 | Liberase DL | Sigma-Aldrich | 5401160001 |
| Liberase TL | Sigma-Aldrich | 5401020001 | |
| DNase I | Sigma-Aldrich | 10104159001 | |
| 红细胞裂解 | 红细胞裂解液 | Invitrogen | 00-4300-54 |
| 细胞分离 | Percoll | Sigma-Aldrich | P1644 |
| 细胞培养 | RPMI培养基 | Sigma-Aldrich | R8758 |
| 细胞过滤 | 细胞滤网 | Corning | 431751 |
| 细胞计数 | Countess细胞计数仪 | Thermo Fisher Scientific | AMQAX2000 |
| 体外刺激 | 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | Sigma-Aldrich | P8139 |
| 离子霉素 | Sigma-Aldrich | I0634 | |
| GolgiStop | BD Biosciences | 554724 | |
| GolgiPlug | BD Biosciences | 555029 | |
| gp33肽 | GenScript | RP20257 | |
| 流式细胞术 | Zombie Aqua可固定活力染料试剂盒 | BioLegend | 423102 |
| Fc受体阻断剂 | BioLegend | 101320 | |
| Foxp3/转录因子染色试剂盒 | eBioscience | 00-5523-00 | |
| 胞内固定和透化缓冲液 | eBioscience | 88-8824-00 | |
| 体外细胞毒性 | 伴刀豆球蛋白A | Sigma-Aldrich | C5275 |
| 白细胞介素2 | Iovance | -- | |
| CellTrace Violet细胞增殖染料 | Thermo Fisher Scientific | C34571 | |
| 抗体处理 | 抗TNFR2抗体 | Bio X Cell | BE0247 |
| 抗PD-1抗体 | Bio X Cell | BE0146 | |
| CD8清除 | 抗CD8a抗体 | Bio X Cell | BE0061 |
| 细胞分选 | CD45肿瘤浸润淋巴细胞磁珠 | Miltenyi Biotec | 130-110-618 |
| CD8 T细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-104-075 | |
| Astrios细胞分选仪 | Beckman Coulter | -- | |
| BD FACSymphony S6 | BD Biosciences | -- | |
| BD FACSAria II | BD Biosciences | -- | |
| 细胞培养 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 11668019 |
| Retronectin重组人纤连蛋白片段 | Takara Bio | T100B | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Zymo Research | R2050-1-50 |
| Direct-zol RNA提取试剂盒 | Zymo Research | R2050 | |
| RNA-seq文库制备 | NEBNext mRNA磁珠分离模块 | New England Biolabs | E7490 |
| NEBNext Ultra II RNA文库制备试剂盒 | New England Biolabs | E7775S | |
| NEBNext多重寡核苷酸 | New England Biolabs | E6440S | |
| 病毒载量检测 | iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | 1708891 |
| SYBR Green荧光染料 | Bio-Rad | 1725271 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系、年龄、性别匹配;TNFR2-KO小鼠背景 阅读提示:Materials and Methods: Animals |
| 细胞系和肿瘤接种 | 细胞系(CT2A、E0771、Yummer1.7)来源、培养条件、接种数量、接种途径(皮下/颅内) 阅读提示:Materials and Methods: Cell lines and tumor implantation |
| 流式细胞术 | 抗体克隆、荧光素、稀释度、染色时间、固定破膜方法 阅读提示:Materials and Methods: Flow cytometry, Table 1 |
| 体外刺激 | 刺激物(PMA/ionomycin或gp33)浓度、刺激时间、GolgiStop/Plug使用 阅读提示:Materials and Methods: Ex vivo stimulation for cytokine detection |
| 体内治疗 | 抗体类型、剂量、给药途径、给药时间点 阅读提示:Materials and Methods: In vivo antibodies |
| RNA-seq | 细胞分选门控、RNA提取方法、文库制备试剂盒、测序平台、分析参数 阅读提示:Materials and Methods: Bulk RNA sequencing preparation, Single-cell sequencing analysis |