患者队列分析
评估CK2α表达与免疫浸润、临床预后及免疫治疗反应的关系。
收集104例NSCLC患者手术样本和20例接受ICB治疗的患者样本,进行IHC和mIF检测CK2α及免疫标志物,并结合临床数据进行分析。
Inhibition of protein kinase CK2 remodels the tumor immune microenvironment and sensitizes lung cancer to PD-L1 blockade
包含临床患者队列分析、细胞系体外功能实验、动物模型体内实验及转录组和生化机制验证,证据层级丰富。
肺癌患者组织样本队列 肺癌细胞系(A549、H460等) LLC移植瘤小鼠模型 CD8+ T细胞与pCasper靶细胞三维共培养模型
CK2α表达与免疫浸润和预后的临床相关性(患者队列) CK2抑制剂在LLC模型中的肿瘤生长抑制和免疫重塑效果 CK2抑制对PD-L1蛋白稳定性及泛素化的影响 TRAF6 E3连接酶活性和PD-L1 K281位点在降解中的作用 联合治疗诱导的CD8+ T细胞依赖的抗肿瘤免疫记忆
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估CK2α表达与免疫浸润、临床预后及免疫治疗反应的关系。
收集104例NSCLC患者手术样本和20例接受ICB治疗的患者样本,进行IHC和mIF检测CK2α及免疫标志物,并结合临床数据进行分析。
验证CK2抑制对肿瘤生长和免疫微环境的影响。
在C57BL/6小鼠皮下接种LLC细胞,分别用TBB、CX4945、SGC-CK2-1单药或与PD-L1单抗联合治疗,监测肿瘤生长、生存率和免疫细胞浸润。
探索CK2对PD-L1表达和蛋白稳定性的调控机制。
在肺癌细胞系中通过siRNA敲低或药物抑制CK2,检测PD-L1 mRNA和蛋白水平,并利用CHX追踪和泛素化实验分析蛋白降解过程。
证实TRAF6介导的PD-L1泛素化降解机制。
通过过表达TRAF6或突变体(C70A、K281A)以及siRNA敲降,分析PD-L1蛋白和泛素化水平,并利用UbiBrowser预测和结构建模识别泛素化位点。
评估CK2抑制对CD8+ T细胞杀伤能力的影响。
从健康供体PBMC中分离CD8+ T细胞,在3D胶原基质中与pCasper靶细胞共培养,实时监测杀伤动力学。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化 | 抗CK2α抗体 | Proteintech | 10992-1-AP |
| 抗CD3抗体 | Cell Signaling Technology | 85061 | |
| 抗CD4抗体 | Cell Signaling Technology | 48274 | |
| 抗CD8抗体 | Cell Signaling Technology | 90257SF | |
| 抗CD68抗体 | Cell Signaling Technology | 80119 | |
| 抗PD-1抗体 | Cell Signaling Technology | 86163 | |
| 抗PD-L1抗体 | Cell Signaling Technology | 13684 | |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | -- | -- |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| CD8+ T细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-096-495 | |
| 药物处理 | SGC-CK2-1 | MedChemExpress | HY-139004 |
| CX4945 | Selleck Chemicals | S0707 | |
| TBB | Selleck Chemicals | S5265 | |
| MG132 | Selleck Chemicals | S2619 | |
| 重组人干扰素-γ | PeproTech | 300-02-100UG | |
| 免疫印迹 | 抗AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 9272 |
| 抗CK2α抗体 | Cell Signaling Technology | 2656 | |
| 抗GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 5174 | |
| 抗组蛋白H3抗体 | Cell Signaling Technology | 4499T | |
| 抗PD-L1抗体 | Cell Signaling Technology | 13684 | |
| 抗磷酸化AKT1Ser129抗体 | Cell Signaling Technology | 13461 | |
| 抗TRAF6抗体 | Cell Signaling Technology | 67591 | |
| 抗泛素(P4D1)抗体 | Cell Signaling Technology | 3936 | |
| 抗纽蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 13901 | |
| siRNA转染 | 对照siRNA | GeneChem | -- |
| TRAF6 siRNA#1 | GeneChem | -- | |
| TRAF6 siRNA#2 | GeneChem | -- | |
| CK2α siRNA#1 | GeneChem | -- | |
| CK2α siRNA#2 | GeneChem | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Takara Bio | 9109 |
| ReverTra Ace qPCR RT Master Mix | Toyobo | FSQ-301 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| BCA蛋白检测试剂盒 | Beyotime | P0010S | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| 含Tween-20的Tris缓冲盐溶液 | Beyotime | P0250 | |
| 抗兔IgG HRP标记抗体 | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| 抗小鼠IgG HRP标记抗体 | Cell Signaling Technology | 7076 | |
| SuperSignal West Pico PLUS化学发光底物 | Thermo Fisher Scientific | 34080 | |
| RNA-seq | NucleoSpin RNA Plus试剂盒 | Macherey-Nagel | -- |
| NanoDrop OneC微量紫外可见分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 流式细胞术 | Zombie NIR固定活力染料 | BioLegend | 423105 |
| 抗小鼠CD45抗体 (BV510, clone 30-F11) | BioLegend | 103138 | |
| 抗小鼠CD3抗体 (FITC, clone 17A2) | BioLegend | 100203 | |
| 抗小鼠CD4抗体 (PE/Cyanine7, clone GK1.5) | BioLegend | 100422 | |
| 抗小鼠CD8a抗体 (Alexa Fluor 647, clone 53-6.7) | BioLegend | 100724 | |
| 抗小鼠PD-1抗体 (BV421, clone 29F.1A12) | BioLegend | 135217 | |
| 抗小鼠LAG-3抗体 (PE, clone C9B7W) | BioLegend | 125208 | |
| 抗小鼠CD62L抗体 (PE, clone MEL-14) | BioLegend | 104407 | |
| 抗小鼠CD44抗体 (BV421, clone IM7) | BioLegend | 103039 | |
| Foxp3/转录因子染色缓冲液套装 | Thermo Fisher Scientific | 00-5523-00 | |
| 抗小鼠IFN-γ抗体 (PE, clone XMG1.2) | BioLegend | 505807 | |
| 抗小鼠TNF-α抗体 (BV421, clone MP6-XT22) | BioLegend | 506327 | |
| 抗小鼠Ki-67抗体 (PE/Cyanine7, clone 16A8) | BioLegend | 652417 | |
| CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| 3D杀伤实验 | I型胶原 | Advanced BioMatrix | 5005 |
| Falcon 96孔黑底透明平底TC处理成像微孔板 | Corning | 353219 | |
| ImageXpress Micro共聚焦高内涵成像系统 | Molecular Devices | -- | |
| 动物实验 | 抗PD-L1单克隆抗体 | BioXCell | BE0101 |
| 抗CD8α单克隆抗体 | BioXCell | BE0004-1 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列分析 | 患者纳入标准(手术切除、未接受新辅助治疗)、CK2α表达分组阈值、免疫细胞密度量化方法 阅读提示:Materials and methods: Patients and samples; Figure legends: Fig. 1 |
| 细胞培养和处理 | 细胞系来源、培养条件(培养基、FBS浓度、抗生素)、药物处理浓度和时间 阅读提示:Materials and methods: Cell lines, reagents, and antibodies; Results: Fig. 7 legend |
| 动物实验 | 小鼠品系、年龄、性别、瘤细胞接种数量、给药剂量、途径、频率、持续时间 阅读提示:Materials and methods: Animal studies; Figure legends: Figs. 3-5 |
| 分子机制实验 | siRNA序列和转染条件、TRAF6和PD-L1突变体构建、CHX浓度和时间点、MG132浓度和处理时间 阅读提示:Materials and methods: SiRNA transfection, Generation of TRAF6 overexpression and ligase-dead mutant A549 cell lines, Generation of PD-L1K281A mutant cell lines; Figure legends: Fig. 9 |
| 流式细胞术分析 | 组织消化方法、抗体克隆和荧光标记、染色步骤(表面和胞内)、门控策略 阅读提示:Materials and methods: Flow cytometry–based phenotypic analysis; Figure legends: Figs. 3-5 |