多组学比较分析
识别光敏性(CLE、DM)与光反应性(银屑病、白癜风)皮肤病之间的差异特征
对吸泡活检样本进行scRNA-seq和蛋白质组学分析,比较病变和非病变皮肤及健康对照
A spatially coordinated keratinocyte-fibroblast circuit recruits MMP9+ myeloid cells to drive type I interferon-driven inflammation in photosensitive autoimmunity
包含scRNA-seq、空间转录组学、蛋白质组学、UVB激发、体外共培养、功能杀伤试验及抗IFNAR治疗干预等多层级验证
人体皮肤样本(CLE、DM、银屑病、白癜风患者及健康对照) N/TERT2G角质形成细胞系 单核细胞来源的树突状细胞(moDCs) 原代人皮肤成纤维细胞 BT-20上皮癌细胞系(用于杀伤试验)
患者队列和样本类型(病变、非病变、健康) UVB剂量(1.5×最小红斑量)和照射时间 细胞因子处理浓度(IFNβ 50 ng/ml,IFNγ 100 ng/ml) anifrolumab给药方案(每月300mg静脉注射) 实验重复次数和统计方法(ANOVA、t检验等)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别光敏性(CLE、DM)与光反应性(银屑病、白癜风)皮肤病之间的差异特征
对吸泡活检样本进行scRNA-seq和蛋白质组学分析,比较病变和非病变皮肤及健康对照
解析CD14+髓系细胞在组织中的空间分布和转录状态
使用seqFISH对皮肤切片进行空间转录组分析,鉴定CD14+细胞的转录连续谱和空间位置
验证角质形成细胞和成纤维细胞在髓系细胞招募和激活中的作用
用UVB和IFNβ处理N/TERT2G角质形成细胞,收集条件培养基刺激成纤维细胞和moDCs
验证I型干扰素对CD4+ T细胞细胞毒性和杀伤能力的影响
从健康供体PBMC分离CD4+ T细胞,经IFNβ或IFNγ处理后检测GZMB表达和细胞杀伤能力
验证I型干扰素在UVB诱导的髓系细胞招募中的作用
对健康个体和DM患者进行UVB激发,并在CLE患者中进行anifrolumab干预前后比较
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 分散酶I | Roche | 04942086001 |
| 胰蛋白酶-EDTA | Gibco | 25200056 | |
| 胶原酶 | Sigma-Aldrich | 9001-12-1 | |
| 角质形成细胞无血清培养基 | Gibco | 17005042 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| Ficoll-Paque PLUS | GE Healthcare | 17-1440-02 | |
| EasySep人CD14阳性选择试剂盒II | StemCell Technologies | 17858 | |
| 粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 | BioLegend | 572904 | |
| 白细胞介素-4 | BioLegend | 574006 | |
| 超纯脂多糖 | Invitrogen | -- | |
| 重组人IFNβ | R&D Systems | 8499-IF-010/CF | |
| 重组人IFNγ | R&D Systems | -- | |
| 重组人TNF | BioLegend | 570102 | |
| 重组人IL-1α | PeproTech | 200-01A-10UG | |
| 索利托单抗 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 阿达木单抗 | MedChemExpress | HY-P9908 | |
| 阿尼鲁单抗 | MedChemExpress | HY-P99168 | |
| Hoechst 33342 | Invitrogen | P3566 | |
| 碘化丙啶 | Invitrogen | H3570 | |
| CellTiter-Glo 2.0检测 | Promega | G9242 | |
| 流式细胞术 | Fc受体阻断液 | BioLegend | 422302 |
| Zombie NIR可固定活力试剂盒 | BioLegend | 423106 | |
| PerCP抗人CD45 | BioLegend | 368506 | |
| Brilliant Violet 510抗人CD3 | BioLegend | 344828 | |
| Spark NIR 685抗人CD19 | BioLegend | 302270 | |
| BUV737抗人CD56 | BD Biosciences | 612766 | |
| Brilliant Violet 570抗人CD16 | BioLegend | 302036 | |
| Spark Blue 550抗人CD14 | BioLegend | 367148 | |
| PE/Fire 810抗人HLA-DR | BioLegend | 307683 | |
| eFluor 450抗人CD11c | Invitrogen eBioscience | 48011642 | |
| Zombie Violet可固定活力试剂盒 | BioLegend | 423113 | |
| CD4抗体 | BioLegend | 344622 | |
| CD8抗体 | BioLegend | 344742 | |
| CD3抗体 | BioLegend | 317332 | |
| CD19抗体 | BioLegend | 302206 | |
| CD14抗体 | BioLegend | 367148 | |
| CD2抗体 | BioLegend | 300206 | |
| BD Cytofix/Cytoperm固定/透化试剂盒 | BD Biosciences | 554714 | |
| 颗粒酶B重组抗体 | BioLegend | 372216 | |
| 活死细胞染料zombie green | BioLegend | 423111 | |
| CD11b抗体 | BioLegend | 101226 | |
| CD11c抗体 | BioLegend | 301608 | |
| HLA-DR抗体 | BD Biosciences | 562804 | |
| CD83抗体 | BD Biosciences | 612823 | |
| CD86抗体 | BioLegend | 305442 | |
| CD80抗体 | BD Biosciences | 563315 | |
| Aurora流式细胞仪 | Cytek Biosciences | -- | |
| UVB照射 | SolRx 100系列手持设备 | SolRx | -- |
| 飞利浦PL-S 9W/12/2P | Philips | -- | |
| 细胞功能分析 | Lionheart FX自动化显微镜 | BioTek | -- |
| Gen5软件 | BioTek | -- | |
| 细胞毒性分析 | xCELLigence实时细胞分析 | Agilent | -- |
| 空间转录组学 | 基因定位系统 | Spatial Genomics | -- |
| 初级探针试剂盒,v500 | Spatial Genomics | 30021131 | |
| Spatial Genomics Navigator软件 | Spatial Genomics | -- | |
| 测序 | NovaSeq | Illumina | -- |
| NextSeq | Illumina | -- | |
| Chromium Q芯片 | 10x Genomics | PN-1000422 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本采集 | 吸泡活检和打孔活检的具体部位、负压和时间 阅读提示:Methods中的Suction blister biopsies and processing部分 |
| UVB激发 | 最小红斑量(MED)测定方法、UVB剂量(1.5×MED)、采样时间点(24h和72h) 阅读提示:Methods中的In vivo UVB photoprovocation部分 |
| 细胞培养和刺激 | 角质形成细胞、成纤维细胞、moDCs的培养条件和刺激浓度(UVB剂量、IFNβ浓度等) 阅读提示:Methods中的Keratinocyte and fibroblast isolation and culture、Dendritic cell differentiation and stimulation等部分 |
| T细胞功能 | CD4+ T细胞分离方法、激活条件(anti-CD3/CD28浓度)、细胞因子处理浓度和时间 阅读提示:Methods中的T cell isolation, activation and cytokine treatment部分 |
| 空间转录组学 | seqFISH panel组成、样本处理步骤(固定、切片厚度)、成像参数 阅读提示:Methods中的Spatial genomics gene positioning system (GenePS)部分 |