建立口腔灌胃模型并诱导MIRI
评估口腔具核梭杆菌对心肌缺血再灌注损伤的影响
对C57BL/6J小鼠经口灌胃F. nucleatum或E. coli作为对照,持续6周,随后进行LAD结扎/再灌注或假手术。
An oral-gut microbial metabolite links Fusobacterium nucleatum to aggravated myocardial ischemia-reperfusion injury
包含动物模型(F. nucleatum灌胃、ABX耗竭、AAV-shp62)、体外细胞实验(H9c2 H/R、siRNA)、临床队列(CHD血浆代谢物)及多组学分析(宏基因组、代谢组),机制验证(p62敲低)层次完整。
C57BL/6J小鼠心肌缺血再灌注模型 H9c2大鼠心肌细胞缺氧/复氧模型 冠心病患者队列
F. nucleatum灌胃剂量:1×10^9 CFU,前2周隔日,后4周每周一次 ABX抗生素混合物成分及剂量:氨苄青霉素、新霉素、甲硝唑各1 g/L,万古霉素0.5 g/L,每日200 μL灌胃6周 ImP处理浓度:500 nM(标准) H/R条件:缺氧6小时,复氧2小时 p62 siRNA序列及AAV-shp62给药方案:AAV 3×10^11 GC/mL,100 μL尾静脉注射,术前4周
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估口腔具核梭杆菌对心肌缺血再灌注损伤的影响
对C57BL/6J小鼠经口灌胃F. nucleatum或E. coli作为对照,持续6周,随后进行LAD结扎/再灌注或假手术。
检测F. nucleatum对心脏功能、心肌损伤标志物及肠道菌群组成的影响
超声心动图评估EF和FS;TUNEL、H&E染色检测凋亡和坏死;ELISA检测cTnI、LDH、炎症因子;qPCR检测肠道和口腔Lactobacillus及F. nucleatum丰度;组织染色评估肠屏障完整性。
鉴定F. nucleatum相关肠道代谢物,并在CHD患者中验证
对小鼠结肠内容物进行非靶向代谢组学,靶向代谢组学检测血浆ImP和尿刊酸;对CHD队列进行宏基因组分析,比较HAL和UAR丰度及血浆代谢物。
验证肠道菌群去除对循环ImP和MIRI的影响
给予小鼠广谱抗生素6周,然后进行MIRI手术,检测血浆ImP、心肌损伤及p62/mTOR信号。
检测ImP是否加重H/R损伤并影响自噬和胰岛素信号
用不同浓度ImP处理H9c2细胞并实施H/R,检测细胞活力(CCK-8)、超微结构(TEM)、自噬蛋白(Beclin1、LC3B-II、ATG5)、p62/mTOR/S6K1和IRS1表达。
验证ImP通过p62/mTOR/S6K1通路发挥作用及体内可靶向性
在H9c2细胞中siRNA敲低p62,在体内使用AAV-shp62心肌靶向敲低,结合ImP和MIRI,评估信号通路和损伤变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验(F. nucleatum灌胃) | 具核梭杆菌ATCC 25586 | ATCC | -- |
| 动物实验(对照菌株) | 大肠杆菌DH5α BNCC 353719 | BNCC | -- |
| 细胞培养 | H9c2大鼠心肌细胞 | Wuhan YUANSHENG Original Primary Biomedicine Technology Co., Ltd. | r037 |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Solarbio | CA1211 |
| qPCR(微生物DNA提取) | 天根DNA提取试剂盒 | TIANGEN | DP438 |
| Omega BioTek DNA提取试剂盒 | Omega BioTek | D5625 | |
| qPCR(微生物DNA定量) | 微量分光光度计SMA4000 | Merinton | -- |
| qPCR | ABI 7500实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- |
| 超声心动图 | Vevo 2100高分辨率小动物超声系统 | VisualSonics | -- |
| ELISA(小鼠) | HAL ELISA试剂盒 | Jiangsu Enzyme Immunoassay Industry Co., Ltd. | MM-4777M2 |
| UAR ELISA试剂盒 | Jiangsu Enzyme Immunoassay Industry Co., Ltd. | MM-48469M2 | |
| 胰岛素ELISA试剂盒 | Jiangsu Enzyme Immunoassay Industry Co., Ltd. | MM-0579M2 | |
| cTnI ELISA试剂盒 | Jiangsu Enzyme Immunoassay Industry Co., Ltd. | MM-46632M2 | |
| LDH ELISA试剂盒 | Jiangsu Enzyme Immunoassay Industry Co., Ltd. | MM-43732M2 | |
| IL-1β ELISA试剂盒 | Jiangsu Enzyme Immunoassay Industry Co., Ltd. | MM-00404M2 | |
| IL-10 ELISA试剂盒 | Jiangsu Enzyme Immunoassay Industry Co., Ltd. | MM-0176M2 | |
| TNF-α ELISA试剂盒 | Jiangsu Enzyme Immunoassay Industry Co., Ltd. | MM-01332M2 | |
| ELISA(细胞上清) | IL-1β ELISA试剂盒 | Proteintech | KE20021 |
| IL-10 ELISA试剂盒 | Proteintech | KE20022 | |
| TNF-α ELISA试剂盒 | Proteintech | KE20018 | |
| TUNEL染色 | TUNEL染色试剂盒 | Servicebio | G1501 |
| 组织免疫荧光 | 抗p62抗体 | Abcam | -- |
| 抗mTOR抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 细胞免疫荧光 | 抗mTOR抗体 | Abcam | -- |
| 抗p62抗体 | Abcam | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018CN |
| 逆转录 | M-MLV逆转录试剂盒 | Promega | M1701 |
| qRT-PCR | 实时荧光定量PCR预混液 | Qiagen | -- |
| qRT-PCR(引物合成) | 引物 | Sangon Biotech | -- |
| Western blotting | 抗mTOR抗体 | Abcam | ab32028 |
| 抗p-mTOR抗体 | Proteintech | 67778-1-Ig | |
| 抗p62抗体 | Abcam | ab109012 | |
| 抗p-p62抗体 | Abcam | ab211324 | |
| 抗S6K1抗体 | Abcam | ab32529 | |
| 抗p-S6K1抗体 | Abcam | ab59208 | |
| 抗Beclin1抗体 | Proteintech | 11306-1-AP | |
| 抗LC3B-II抗体 | Abcam | ab192890 | |
| 抗ATG5抗体 | Proteintech | 10181-2-AP | |
| 抗IRS1抗体 | CST | 2382S | |
| 抗Bax抗体 | Proteintech | 50599-2-Ig | |
| 抗Caspase-3抗体 | Abcam | ab13847 | |
| 抗ZO-1抗体 | Invitrogen | 61-7300 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab181602 | |
| 代谢组学(非靶向) | UHPLC-QE-MS系统 | -- | -- |
| Waters ACQUITY Premier HSS T3色谱柱 | Waters | -- | |
| 代谢组学(靶向) | PREMIER BEH Z-HILIC色谱柱 | -- | -- |
| MultiQuant软件 | -- | -- | |
| 统计分析 | IBM SPSS统计软件 | IBM | -- |
| 统计绘图 | GraphPad Prism软件 | GraphPad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立与处理 | F. nucleatum灌胃剂量、频率和持续时间;E. coli对照菌株;小鼠品系、性别、周龄 阅读提示:Methods - Animal experiments;Results - 图1A |
| 心肌缺血再灌注手术 | 缺血时间、再灌注时间;麻醉方式;结扎方法 阅读提示:Methods - Animal experiments;Results - 图1A |
| 抗生素耗竭肠道菌群 | 抗生素种类、浓度、给药方式、持续时间 阅读提示:Methods - Animal experiments;Results - 图3A |
| 细胞缺氧/复氧模型 | 缺氧时间、复氧时间;培养基条件(葡萄糖缺乏、气体) 阅读提示:Methods - Cell lines and culture conditions;Results - 图4A |
| ImP处理 | ImP浓度、处理时间 阅读提示:Methods - Cell lines and culture conditions;Results - 图4A |
| p62敲低(体外) | siRNA序列、转染方法、敲低效率验证 阅读提示:Methods - Cell lines and culture conditions |
| p62敲低(体内) | AAV血清型、剂量、给药途径、时间 阅读提示:Methods - Animal experiments;Results - 图6A |
| 代谢物检测 | 血浆样本处理、LC-MS条件、内标、标准曲线 阅读提示:Methods - Targeted metabolomics of plasma |
| 组织学与分子检测 | 组织固定、切片厚度、染色方法、抗体稀释比例 阅读提示:Methods - HE染色、TUNEL、免疫荧光、Western blot等 |
| 统计分析 | 统计检验方法、样本量、数据展示(mean±SEM)、显著性阈值 阅读提示:Methods - Statistical analysis |