circRNA表达谱分析及circPTGR1鉴定
筛选CRC原发灶与肝转移灶中差异表达的circRNA,并鉴定circPTGR1。
对3对配对的CRC原发组织和肝转移组织进行RNA测序,分析差异表达circRNA,通过circBase和UCSC注释、Sanger测序和凝胶电泳验证circPTGR1环状结构。
EIF4A3/circPTGR1/miR-4725-5p positive- feedback loop promotes colorectal cancer progression via FAK/AKT signaling pathway
包含RNA测序、体外细胞功能实验、PDO模型、三种体内转移模型、RIP和双荧光素酶等机制验证,证据层级丰富。
结直肠癌细胞系(Caco2、HCT15等) 患者来源类器官(PDO) BALB/c裸鼠皮下异种移植、尾静脉肺转移和脾内肝转移模型 临床CRC组织样本
circPTGR1在CRC组织中的表达及其与预后的关系(高/低表达分组) 细胞系:Caco2(低表达,过表达)和HCT15(高表达,敲低) 体内模型:皮下3×10^6细胞,尾静脉和脾内注射3×10^6/0.1ml PDO模型中circPTGR1过表达或敲低对细胞活力和侵袭的影响 miR-4725-5p mimic和inhibitor的浓度和转染条件(未明确说明)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选CRC原发灶与肝转移灶中差异表达的circRNA,并鉴定circPTGR1。
对3对配对的CRC原发组织和肝转移组织进行RNA测序,分析差异表达circRNA,通过circBase和UCSC注释、Sanger测序和凝胶电泳验证circPTGR1环状结构。
检测circPTGR1在CRC组织、细胞中的表达,并分析其与临床病理特征和预后的关系。
通过qRT-PCR检测临床组织中circPTGR1表达,分析其与临床病理特征的关系,用Kaplan-Meier生存分析评估预后关联;通过qRT-PCR检测多个CRC细胞系和NCM460细胞的表达。
评估circPTGR1在体外对CRC细胞恶性表型的影响。
在Caco2细胞中过表达circPTGR1,在HCT15细胞中敲低circPTGR1,通过CCK-8、集落形成、Transwell实验检测增殖、迁移、侵袭能力,通过Western blot检测EMT标志物。
在患者来源类器官中验证circPTGR1对细胞活力和侵袭的影响。
建立PDO模型,用慢病毒感染过表达或敲低circPTGR1,通过ATP活力测定和Transwell侵袭实验评估功能,并通过HE、IHC、STR验证类器官与原始组织的一致性。
验证circPTGR1与miR-4725-5p的直接结合及其调控关系。
通过生物信息学预测结合位点,荧光原位杂交(FISH)定位circPTGR1和miR-4725-5p,AGO2-RIP验证AGO2富集,双荧光素酶报告基因实验验证直接结合,并做回复实验。
验证FAK是miR-4725-5p的直接靶基因,并激活FAK/AKT通路。
通过TCGA KEGG富集分析预测PI3K/AKT通路,TargetScan和miRwalk预测靶基因,qRT-PCR和Western blot评估miR-4725-5p对FAK表达的影响,AGO2-RIP和双荧光素酶验证直接结合,并检测p-AKT水平。
验证EIF4A3与PTGR1前体mRNA结合并促进circPTGR1形成。
使用Circinteractome预测EIF4A3结合位点,过表达或敲低EIF4A3检测circPTGR1表达变化,RIP验证结合,并检测其他circRNA作为对照。
验证EIF4A3/circPTGR1/miR-4725-5p正反馈环的存在,并在临床样本和PDO中验证。
通过qRT-PCR和Western blot检测miR-4725-5p对EIF4A3表达的影响,双荧光素酶和AGO2-RIP验证结合,检测circPTGR1对EIF4A3的调控,并在临床样本和PDO中进行验证。
在动物模型中验证circPTGR1对肿瘤生长和远处转移的影响。
建立皮下异种移植、尾静脉肺转移和脾内肝转移模型,注射circPTGR1过表达或敲低的CRC细胞,通过观察肿瘤体积、重量、转移灶数量,并通过qRT-PCR、Western blot和IHC检测相关分子表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | CellCook or Gibco | Cat:11875 |
| DMEM培养基 | Gibco | cat:11995 | |
| McCoy's 5a培养基 | CellCook | CM2002 | |
| L-15培养基 | CellCook | CM2001S | |
| RNA提取 | Triquick试剂 | Solarbio | R1100 |
| 逆转录 | HiScript III逆转录预混液 | Vazyme | R323-01 |
| RT-qPCR | ChamQ通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q711-02 |
| 蛋白提取 | RIPA裂解缓冲液 | Pierce | -- |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Biosharp | BL521A |
| Western blot | PVDF膜 | MerckMillipore | ISEQ00010 |
| GAPDH抗体 | ProteinTech | 60004-1-Ig | |
| FAK抗体 | ProteinTech | 12636-1-AP | |
| AKT抗体 | ProteinTech | 10176-2-AP | |
| 磷酸化AKT抗体 | ProteinTech | 66444-1-Ig | |
| IHC | Ki-67抗体 | ProteinTech | 27309-1-AP |
| EpCAM抗体 | ProteinTech | 21050-1-AP | |
| Western blot | E-钙粘蛋白抗体 | ProteinTech | 20874-1-AP |
| 波形蛋白抗体 | Abcepta | ap2739b | |
| N-钙粘蛋白抗体 | ProteinTech | 22018-1-AP | |
| 化学发光试剂 | Biosharp | BL5210 | |
| RNA-FISH | 荧光原位杂交试剂盒 | Invitrogen | -- |
| RIP | RNA免疫沉淀试剂盒 | IEMed | K303 |
| AGO2抗体 | Proteintech | 67934-1-IG | |
| 双荧光素酶报告基因 | Luc-Pair™双荧光素酶检测试剂盒2.0 | iGeneBio | -- |
| CCK-8实验 | 细胞增殖毒性检测试剂盒 | Servicebio | G4103 |
| 类器官活力检测 | Cell Counting-Lite® 3D发光试剂 | Vazyme | -- |
| 类器官培养 | 基质胶 | Biorgen | OGCP-01–02 |
| 组织切片扫描 | 全景扫描仪II BF | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源和培养基:NCM460等6种CRC细胞系和HEK293T细胞,分别使用RPMI 1640、DMEM、McCoy's 5a、L-15培养基,添加10% FBS。 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 质粒构建与转染 | 慢病毒载体和miRNA mimic/抑制剂来源及使用浓度:Miaoling Bio和Genecefe Bio,具体序列和浓度需查阅补充表S1和S2。 阅读提示:Methods: Plasmid, shRNA and miRNA mimic transfection |
| qRT-PCR | 引物序列、内参基因(GAPDH/U6)、PCR条件(95°C 120s,40个循环)及2^-ΔΔCt方法。 阅读提示:Methods: qRT-PCR; Supplementary Table S4 |
| 蛋白提取与Western blot | 抗体稀释(1:1000)、蛋白上样量、PVDF膜、内参GAPDH。 阅读提示:Methods: Western blot analysis |
| 双荧光素酶报告基因实验 | 细胞系(HEK293T)、共转染的质粒(WT/Mut circPTGR1, FAK 3'UTR, EIF4A3 3'UTR)和miR-4725-5p mimic/NC,检测时间48h。 阅读提示:Methods: Dual luciferase reporter gene assay |
| RIP实验 | 细胞系(Caco2、HCT15)、抗体(AGO2/IgG)、孵育时间6h、后续RNA提取和qRT-PCR。 阅读提示:Methods: RNA Immunoprecipitation (RIP) assay |
| 体内实验 | 小鼠品系(BALB/c nude)、周龄(5-6周)、细胞注射数量(皮下和尾静脉3×10^6,脾内3×10^6/0.1ml)、观察时间(肺转移6周,肝转移8周)、每组动物数(肺5只,肝3只)。 阅读提示:Methods: Establishment of mouse xenograft models |