验证ClpP对αSyn四聚体、聚集和传播的影响
明确ClpP是否调控αSyn的聚集相关过程
在HEK293T和SH-SY5Y细胞中过表达或敲低ClpP,使用DSG交联和Western blot检测αSyn四聚体/单体比例;使用BiFC系统检测αSyn寡聚;使用ThT实验检测PFF播种聚集;使用FITC-αSyn追踪细胞摄取和聚集。
Disrupting α-Synuclein-ClpP interaction restores mitochondrial function and attenuates neuropathology in Parkinson's disease models
包含体外生化实验、细胞实验、原代神经元、患者iPSC衍生神经元和转基因小鼠模型多个独立证据层级,并进行功能验证和机制验证。
HEK293T细胞 SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞 αSyn-PFF接种的原代皮层神经元 PD患者iPSC衍生的多巴胺能神经元 mThy1-hSNCA转基因小鼠
质粒转染使用TransIT-2020试剂 CS2处理浓度及时间 αSyn-PFF接种浓度和处理时间 动物实验CS2给药剂量和方式 行为学测试时间点
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确ClpP是否调控αSyn的聚集相关过程
在HEK293T和SH-SY5Y细胞中过表达或敲低ClpP,使用DSG交联和Western blot检测αSyn四聚体/单体比例;使用BiFC系统检测αSyn寡聚;使用ThT实验检测PFF播种聚集;使用FITC-αSyn追踪细胞摄取和聚集。
确定αSyn中与ClpP结合的结构域
生成Myc标签的αSyn截短体(ΔN、ΔC、ΔNAC),与Flag-ClpP共表达,进行Co-IP检测结合;体外重组蛋白验证;检测αSyn变体对ClpP蛋白水平和活性的影响。
测试CS2肽是否能阻断αSyn-ClpP相互作用并恢复ClpP功能
序列比对设计CS1和CS2,体外Co-IP检测阻断效果;链霉亲和素下拉实验验证结合特异性;MST测定结合亲和力;体外ClpP肽酶活性实验。
测试CS2是否能减轻αSyn诱导的细胞损伤
在HEK293T和SH-SY5Y细胞中过表达αSyn,测量ClpP水平、BiFC信号、αSyn寡聚体水平、线粒体ROS(Mito-SOX)、膜电位(TMRM)、ATP含量和LDH释放。
在疾病相关ex vivo模型中测试CS2效果
原代皮层神经元接种αSyn-PFF,CS2处理,检测ClpP共定位、pS129-αSyn水平、突触蛋白PSD95/Synapsin1共定位、线粒体ROS和膜电位。
在人类PD模型中测试CS2效果
将PD患者iPSC(A53T突变)分化为多巴胺能神经元,CS2处理,检测ClpP-αSyn相互作用(PLA、Co-IP)、ClpP水平、pS129-αSyn、突触密度、线粒体功能。
在体内验证CS2的疾病修饰作用
mThy1-hSNCA小鼠皮下给予CS2(3mg/kg/day)或TAT对照,进行行为学测试(Y迷宫、旋转杆、旷场),免疫组化和Western blot检测αSyn病理、ClpP水平、神经炎症标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | 文中未明确说明 | -- |
| 胎牛血清 | 文中未明确说明 | -- | |
| 青霉素/链霉素 | 文中未明确说明 | -- | |
| DMEM培养基 | 文中未明确说明 | -- | |
| 线粒体标记 | MitoTracker Orange CMTMRos | MedChemExpress | HY-D1696 |
| MitoTracker Red CMXRos | ThermoFisher Scientific | M7512 | |
| ClpP抑制 | A2-32-01 | MedChemExpress | HY-111532 |
| Western blot | 抗ClpX抗体 | Abcam | ab168338 |
| 抗ClpP抗体 | Abcam | ab124822 | |
| 抗αSyn抗体 | Abcam | ab138501 | |
| 抗pS129-αSyn抗体 | Abcam | ab168381 | |
| 抗GFP抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-9996 | |
| 抗c-Myc抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-40 | |
| 抗αSyn抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-12767 | |
| 抗Flag抗体 | MilliporeSigma | F1804 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | MilliporeSigma | A1978 | |
| 抗LONP1抗体 | Proteintech | 15440-1-AP | |
| 免疫染色 | 抗TH抗体 | MilliporeSigma | MAB318 |
| 抗NeuN抗体 | MilliporeSigma | ABN90 | |
| 抗αSyn聚集体抗体(克隆5G4) | MilliporeSigma | MABN389 | |
| 抗TOM20抗体 | Proteintech | 11802-1-AP | |
| 抗Calnexin抗体 | Abcam | ab22595 | |
| 抗pS129-αSyn抗体(EP1536Y) | Abcam | -- | |
| 抗αSyn抗体(Syn204) | Cell Signaling Technology | 2647 | |
| 抗MAP2抗体 | Cell Signaling Technology | 4542 | |
| 抗Tuj1抗体 | Biologend | 801201 | |
| 抗Synapsin1抗体 | SYSY Synaptic System | 106104 | |
| 抗PSD95抗体 | ThermoFisher Scientific | MA1-045 | |
| 抗ClpP抗体 | Novus Biologicals | NBP1-89557 | |
| 抗TH抗体 | avesLab | TYH0020 | |
| 重组αSyn | 野生型αSyn | rPeptide | S-1001-2 |
| A53T突变型αSyn | rPeptide | S-1001-2 | |
| ΔNAC αSyn | rPeptide | S-1015-1 | |
| ΔC αSyn | rPeptide | S-1012-1 | |
| FITC标记的αSyn | rPeptide | S-1113-2 | |
| αSyn聚集实验 | αSyn预形成原纤维(PFF)(1型) | StressMarq Biosciences | SPR-322 |
| ATTO-594标记的PFF | StressMarq Biosciences | SPR-322B-A594 | |
| 肽处理 | CS1肽(TAT-C6-GAVVTG) | Ontores | P1 |
| CS2肽(TAT-C6-GGVVTA) | Ontores | P2 | |
| TAT肽 | Ontores | 976080 | |
| FITC标记的CS2 | Ontores | 976081 | |
| 生物素标记的TAT | Ontores | P1601465 | |
| 生物素标记的CS2 | Ontores | P201023 | |
| 质粒转染 | TransIT-2020转染试剂 | Mirus Bio, LLC | -- |
| 原代神经元培养 | 完整培养试剂盒 | TransnetYX Tissue | KTC57ECX |
| 多聚-D-赖氨酸包被的玻璃盖玻片 | TransnetYX Tissue | PDL15mm | |
| NbActiv1培养基 | TransnetYX Tissue | -- | |
| 动物实验 | 渗透泵 | Alzet | Model |
| iPSC分化 | Accutase细胞分离液 | Invitrogen | -- |
| Matrigel基质胶 | BD Biosciences | -- | |
| mTeSR培养基 | Stem Cell Technology | -- | |
| SB431542 | Tocris Bioscience | -- | |
| Noggin | Pepro Tech | -- | |
| FGF2 | Pepro Tech | -- | |
| EGF | Pepro Tech | -- | |
| SHH | Pepro Tech | -- | |
| BDNF | Pepro Tech | -- | |
| 抗坏血酸 | Sigma-Aldrich | -- | |
| FGF8b | Pepro Tech | -- | |
| GDNF | Pepro Tech | -- | |
| TGF-β | Pepro Tech | -- | |
| cAMP | Sigma-Aldrich | -- | |
| 线粒体ROS测量 | Mito-SOX Red线粒体超氧化物指示剂 | Invitrogen | M36008 |
| 线粒体膜电位测量 | 四甲基罗丹明甲酯 | Invitrogen | T668 |
| 细胞毒性检测 | 细胞毒性检测试剂盒(LDH) | Roche | REF |
| 细胞ATP测量 | ATP检测试剂盒 | Cayman Chemical | 700410 |
| αSyn ELISA | LEGEND MAX人αSyn ELISA试剂盒 | Biolegend | 448607 |
| 人α-突触核蛋白寡聚体ELISA试剂盒 | Mybioresource | MBS730762 | |
| 邻位连接检测 | Duolink原位连接试剂盒 | Sigma-Aldrich | DUO92101, |
| 抗ClpP抗体 | Proteintech | 66271-1-Ig | |
| 免疫组织化学 | IHC Select HRP/DAB试剂盒 | Millipore | DAB150 |
| Western blot | Bradford蛋白浓度测定试剂 | 文中未明确说明 | -- |
| 交联实验 | DSG交联剂 | 文中未明确说明 | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和转染 | 细胞系(SH-SY5Y,HEK293T),培养条件,转染试剂TransIT-2020的使用方法 阅读提示:Methods: Cell culture, Constructs and transfections |
| ClpP活性检测 | 重组ClpP浓度(10 µM),底物ac-WLA-AMC浓度(50 µM),反应缓冲液成分,αSyn预孵育条件 阅读提示:Methods: In vitro ClpP peptidase activity |
| αSyn聚集和四聚体检测 | DSG交联浓度(1 mM)和时间(40 min),细胞裂解条件,Western blot检测抗体 阅读提示:Methods: Intact cell crosslinking to detect αSyn tetramer, Western blot |
| 原代神经元培养和处理 | 原代皮层神经元分离方法(E18小鼠),αSyn-PFF浓度和处理时间(1 µM,Day5-14),CS2肽处理浓度和时间(1 µM,每天),固定时间(Day14) 阅读提示:Methods: Peptides treatment in αSyn PFF-inoculated primary cortical neurons |
| iPSC衍生神经元分化 | iPSC系(A53T、ISO),分化方案(具体因子和时间),CS2处理浓度(1 µM)和时间 阅读提示:Methods: Peptides treatment in human iPSC-derived neurons |
| 动物实验 | 小鼠品系(mThy1-hSNCA),给药方式(皮下渗透泵),剂量(3 mg/kg/day),给药时间(4月龄至10月龄),行为学测试时间点(Y迷宫6月龄,Rotarod10月龄,旷场8月龄),样本量(n=3-15/组) 阅读提示:Methods: Peptides administration in mThy1-hSNCA mice, Behavioral analysis |