患者样本和数据库分析
评估OLIG2表达与GBM免疫抑制微环境的相关性
利用TCGA数据库进行ESTIMATE和CIBERSORT分析,对GBM患者样本进行IHC染色,结合空间转录组数据(cell2location)分析细胞空间分布。
Oligodendrocyte transcription factor 2 orchestrates glioblastoma immune evasion by suppressing CXCL10 and CD8+ T cell activation
包含患者样本分析(TCGA、IHC)、自发小鼠模型(Olig2cKO)、scRNA-seq、体内功能验证(CD8耗竭、抗PD-L1)及机制验证(ChIP、Co-IP、报告基因)。
自发免疫活性小鼠GBM模型(Ptenfl/flTrp53fl/flOlig2fl/fl) GL261小鼠胶质瘤细胞系 U251人胶质瘤细胞系 TS543人胶质瘤细胞系
自发GBM模型中Olig2的敲除条件(Ptenfl/flTrp53fl/flOlig2fl/fl) 抗PD-L1抗体给药剂量(10 mg/kg)和频率(每3天一次,共5次,第6天开始) CT-179给药剂量(20 mg/kg)和频率(隔天一次,共7次,第10天开始) 体外实验使用的CXCR3拮抗剂AMG487浓度(1 μM) 细胞活力实验中CT-179处理时间(48小时)和浓度范围(0-16 μM)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估OLIG2表达与GBM免疫抑制微环境的相关性
利用TCGA数据库进行ESTIMATE和CIBERSORT分析,对GBM患者样本进行IHC染色,结合空间转录组数据(cell2location)分析细胞空间分布。
研究Olig2缺失对肿瘤微环境和免疫细胞的影响
利用Ptenfl/flTrp53fl/flOlig2fl/fl小鼠自发形成GBM,通过流式细胞术、免疫荧光和单细胞RNA测序分析免疫细胞组成和功能。
验证CXCL10在OLIG2缺失介导的抗肿瘤免疫中的作用
过表达Cxcl10的GL261细胞,进行体外迁移、增殖、杀伤实验,并建立原位移植瘤模型评估生存期和免疫细胞浸润。
探索CXCL10抑制M2样巨噬细胞极化的分子机制
用CXCL10过表达CM或重组CXCL10处理BMDMs和Raw264.7细胞,检测STAT3信号通路及下游SOCS3和PIAS3表达。
揭示OLIG2介导CXCL10转录抑制的分子机制
通过ChIP-seq、ChIP-qPCR、双荧光素酶报告基因、免疫共沉淀、质谱和分子对接实验,验证OLIG2与HDAC7相互作用并调控CXCL10。
评估OLIG2缺失或药物抑制联合抗PD-L1疗法的抗肿瘤效果
Olig2cKO小鼠或CT-179治疗的小鼠接受抗PD-L1抗体,分析生存期、肿瘤大小和免疫细胞浸润。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11965092 |
| 胎牛血清 | Vazyme | F101-01 | |
| 青霉素-链霉素 | BasalMedia | S110JV | |
| DMEM/F-12培养基 | Gibco | C11440500BT | |
| B-27(-A)补充剂 | Gibco | 12587010 | |
| 人碱性成纤维细胞生长因子 | Novoprotein | C779 | |
| 人表皮生长因子 | Thermo Fisher Scientific | 13256-029 | |
| 肝素 | Sigma-Aldrich | A8036 | |
| RPMI 1640培养基 | Sigma-Aldrich | R8758 | |
| 动物实验 | PDGFB-IRES-Cre逆转录病毒 | -- | -- |
| 同型对照IgG | Selleck | A2116 | |
| 抗PD-L1抗体 | Selleck | A2115 | |
| 抗CD8α抗体 | Selleck | A2102 | |
| CT-179 | TargetMoI | 1996636-69-1 | |
| 细胞分离 | Accutase细胞分离液 | BioLegend | 423201 |
| 细胞活力 | CellTiter-Lumi发光细胞活力检测试剂盒 | Beyotime | C0065M |
| 多功能酶标仪 | ALLSHENG | -- | |
| 流式细胞术 | 抗CD32/CD16抗体 | BioLegend | 156604 |
| Cyto-Fast固定/破膜缓冲液套装 | BioLegend | 426803 | |
| CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| T细胞分离 | CD8磁珠 | BioLegend | 480007 |
| T细胞实验 | CFSE染料 | MedChemExpress | HY-D0938 |
| CellTrace Violet染料 | Thermo Fisher Scientific | C34557 | |
| 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | MedChemExpress | HY-18739 | |
| 离子霉素 | MedChemExpress | HY-N0150 | |
| 莫能菌素 | MedChemExpress | -- | |
| T细胞杀伤实验 | 碘化丙啶 | Vazyme | A211-01 |
| 巨噬细胞培养 | 巨噬细胞集落刺激因子 | -- | -- |
| 免疫组化 | 山羊血清 | Solarbio | SL038 |
| 免疫荧光 | TYR-520/570/690荧光染料 | AiFang Biological | AFIHC035 |
| ChIP | Protein A/G Plus琼脂糖珠 | Beyotime | P2055 |
| RT-qPCR | ChamQ SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q711 |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Biosharp | BL521A |
| 膜再生液 | Beyotime | P0025 | |
| Co-IP | 免疫沉淀裂解液 | Beyotime | P0013-100ML |
| 药物处理 | AMG487 | -- | -- |
| TMP195 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、添加剂浓度、培养条件 阅读提示:Methods - Cell cultures |
| 动物模型 | 小鼠品系、基因型、病毒注射、肿瘤细胞移植数量、给药方案 阅读提示:Methods - Mice intracranial tumorigenesis and treatment |
| CD8+ T细胞功能实验 | CD8+ T细胞分离方法、刺激条件、迁移实验时间、增殖实验CFSE浓度 阅读提示:Methods - Mouse CD8+ T cell isolation; T cell assay |
| 巨噬细胞极化实验 | BMDM分化条件、处理时间、AMG487浓度 阅读提示:Methods - Mouse BMDM isolation; Results - CXCL10 regulates immunogenic TAMs |
| OLIG2/HDAC7调控实验 | ChIP-qPCR抗体、TMP195浓度、siRNA转染条件 阅读提示:Methods - ChIP; Results - OLIG2 recruits HDAC7 |
| 免疫治疗实验 | 抗PD-L1和CT-179给药剂量、频率、时间点 阅读提示:Methods - Mice intracranial tumorigenesis and treatment; Figure 7A |