临床样本鉴定
识别ESR1 LBD中除H12外可能与二聚化相关的复发突变。
回顾性调查MSK-IMPACT队列8,302份乳腺癌标本,筛选出649个ESR1 LBD突变,并定位到二聚化界面附近。
Somatic estrogen receptor α mutations that induce dimerization promote receptor activity and breast cancer proliferation
包含临床样本突变分析、体外细胞功能实验(荧光素酶、增殖、共免疫沉淀)、体内异种移植瘤模型以及分子动力学与机器学习机制预测等多层级验证。
MCF7 Tet-On乳腺癌细胞系 T47D Tet-On乳腺癌细胞系 SKBR3乳腺癌细胞系 NSG小鼠异种移植瘤模型
ESR1突变类型(V422del、G442R、F461V、S463P、L469V) 激素缺乏培养基(10%炭处理血清)条件 多西环素(Dox)诱导浓度(0.5 μg/mL或1 μg/mL) E2浓度(10 nM) 细胞系来源(MCF7 Tet-On、T47D、SKBR3)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别ESR1 LBD中除H12外可能与二聚化相关的复发突变。
回顾性调查MSK-IMPACT队列8,302份乳腺癌标本,筛选出649个ESR1 LBD突变,并定位到二聚化界面附近。
评估候选突变在无E2条件下的转录激活能力。
在MCF7 Tet-On细胞中瞬时转染HA标记的突变或WT ESR1,检测ERE荧光素酶报告基因活性。
评估突变在激素缺乏条件下对乳腺癌细胞增殖的促进作用。
构建Dox诱导的MCF7和T47D稳定细胞系,在激素缺乏培养基中检测细胞活力和汇合度。
验证突变在体内是否促进雌激素非依赖性肿瘤生长。
将MCF7稳定细胞系皮下植入NSG雌性小鼠,带E2缓释片,肿瘤达到250 mm³后移除E2片并喂Dox,监测肿瘤生长。
比较二聚化突变与H12突变对ER拮抗剂的敏感性差异。
用不同SERD(氟维司群、elacestrant、camizestrant)和SERM(他莫昔芬、雷洛昔芬)处理表达突变的细胞,测定生长抑制EC50。
区分二聚化突变与H12突变的结构特征,并预测关键残基。
对7种突变进行100ns显式溶剂MD模拟,提取2,631个特征,训练逻辑回归+稀疏组LASSO模型分类I/II类突变,并选择判别特征。
验证突变是否增强ERα二聚化及二聚体稳定性。
通过共免疫沉淀检测HA-ER突变与MYC-ER WT的异源二聚化;使用tr-FRET检测S463P LBD的二聚体解离速率。
验证机器预测的关键残基(如A430)是否对突变活性至关重要。
设计S463P/A430K双突变,检测其对二聚化、转录活性(RT-qPCR)和细胞增殖的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 17β-雌二醇 | Sigma-Aldrich | -- |
| SNX2112 | Pfizer | -- | |
| Western blot | ERα (D8H8) 兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 8644 |
| HA标签 (C29F4) 兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 3724 | |
| HA标签 (6E2) 小鼠单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 2367 | |
| Myc标签 (71D10) 兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 2278 | |
| DYKDDDDK标签抗体 | Cell Signaling Technology | 2368 | |
| β-肌动蛋白 (13E5) 兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 4970 | |
| GAPDH (14C10) 兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 2118 | |
| 免疫染色 | 雌激素受体α单克隆抗体SP1 | Thermo Fisher Scientific | MA5-14501 |
| Western blot | 抗兔IgG(全分子)过氧化物酶抗体 | Sigma-Aldrich | A4914 |
| 抗小鼠IgG | GE Healthcare Bio-Sciences | NXA931 | |
| IRDye标记抗体 | LI-COR Biosciences | 926-68071, 926-32211, 926-32210, 926-68070 | |
| 免疫沉淀 | Anti-HA磁珠 | Thermo Fisher Scientific | 88837 |
| 分子克隆 | PfuUltra II热启动PCR预混液 | Agilent Technologies | 600850 |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | Corning | 35-010-CV |
| 无四环素胎牛血清 | Takara Bio | 631367 | |
| pInducer20载体 | Addgene | 44012 | |
| 转染 | X-tremeGENE HP DNA转染试剂 | Roche | 6366546001 |
| 荧光素酶检测 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Promega | E1980 |
| Veritas微孔板发光检测仪 | Promega | -- | |
| 病毒包装 | 聚凝胺 | Santa Cruz Biotechnology | sc-134220 |
| 稳定细胞系筛选 | 潮霉素B Gold | InvivoGen | ANTHG5 |
| 细胞活力检测 | 刃天青 | R&D Systems | AR002 |
| SpectraMax M5微孔板读板机 | Molecular Devices | -- | |
| 细胞汇合度检测 | IncuCyte活细胞成像系统 | Sartorius | -- |
| 动物实验 | 0.18 mg缓释17β-雌二醇片 | -- | -- |
| 基质胶 | Collaborative Research | -- | |
| 多西环素饲料(TD.01306) | Envigo | -- | |
| β-半乳糖苷酶染色 | β-半乳糖苷酶染色试剂盒 | Cell Signaling Technology | 9860 |
| 免疫共沉淀 | Halt蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 蛋白浓度测定 | Pierce BCA蛋白检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 |
| 免疫印迹 | Restore Plus Western Blot剥离缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | PI46430 |
| NewBlot Nitro剥离缓冲液 | LI-COR Biosciences | 928-40030 | |
| NuPAGE Bis-Tris凝胶 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Odyssey成像系统 | LI-COR Biosciences | -- | |
| RT-qPCR | RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | 74106 |
| qScript cDNA预混液 | VWR | 101414-106 | |
| TaqMan通用PCR预混液 | Thermo Fisher Scientific | 4364340 | |
| GREB1 TaqMan探针 | Thermo Fisher Scientific | Hs00536409_m1 | |
| PGR TaqMan探针 | Thermo Fisher Scientific | Hs01556707_m1 | |
| ACTB TaqMan探针 | Applied Biosystems | 4352935E | |
| tr-FRET | 生物素-dPEG3-马来酰亚胺 | Quanta Biodesign | -- |
| 链霉亲和素-铽螯合物 | Invitrogen | -- | |
| PerkinElmer Victor X5读板机 | PerkinElmer | -- | |
| 核质分离 | NE-PER核浆分离提取试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 78833 |
| 图像分析 | Image Studio Lite 5.2 | LI-COR Biosciences | -- |
| 数据分析 | GraphPad Prism 9.3.1 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源:MCF7 Tet-On(Clontech)、T47D(ATCC)、SKBR3(Neal Rosen)、HEK293T(Ping Chi);培养基:DME/F12/NEAA(T47D用RPMI)含10% FBS、100 U/mL青霉素、100 μg/mL链霉素、2 mM L-谷氨酰胺;激素缺乏培养基为10%炭处理血清,无酚红。 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 转染 | 转染试剂:X-tremeGENE HP;DNA稀释液为无血清无酚红培养基;质粒用量:0.125 μg pcDNA-HA-ERα、0.315 μg ERE-luc、0.06 μg pRL-TK。 阅读提示:Methods: Transfections, Luciferase assay |
| 稳定细胞系构建 | 病毒包装细胞HEK293T;质粒比例:2.25 μg pCL-AMPHO、0.5 μg pCMV-VSVG、2.25 μg pSIN-TREtight-HA-ERα;感染后筛选:500 μg/mL Hygromycin B Gold 2周;诱导用Dox浓度:MCF7 0.5 μg/mL、T47D 1 μg/mL。 阅读提示:Methods: Stable cell line generation |
| 细胞活力检测 | 细胞接种密度:1,500/孔(96孔板);检测试剂:resazurin(25 μL/孔)孵育4小时;荧光测定:激发560 nm,发射590 nm。 阅读提示:Methods: Cell viability assays |
| 细胞汇合度测定 | 细胞接种:1,500/孔(96孔板,Corning 3610);诱导:0.5 μg/mL Dox;E2对照组:10 nM E2;分析时间点:第0、3、5、7天。 阅读提示:Methods: Cell confluence |
| 动物实验 | 小鼠品系:NSG雌性,6-8周龄;E2缓释片:0.18 mg,皮下植入;细胞注射量:10⁷个/鼠(悬浮于1:1 Matrigel);肿瘤体积达250 mm³时移除E2片并喂Dox饲料(TD.01306);肿瘤测量每周两次。 阅读提示:Methods: Animal studies |
| 共免疫沉淀 | 细胞处理:2-3×10⁶细胞/10 cm皿;转染后24小时加药物;裂解缓冲液:1% NP-40、50 mM Tris-Cl pH 7.5、150 mM NaCl、5 mM EDTA、蛋白酶/磷酸酶抑制剂;抗体:anti-HA磁珠;洗脱:1× LDS缓冲液(含10 mM DTT),70°C孵育10分钟。 阅读提示:Methods: Coimmunoprecipitation |
| tr-FRET | 蛋白标记:C417位点标记生物素,C530位点标记荧光素;配体处理:1 μM E2孵育30分钟;浓度:2 nM ER-SaTb + 10 nM ER-fluorescein;测量:340/10 nm激发,发射495/20 nm(铽)和520/25 nm(荧光素),延迟100微秒。 阅读提示:Methods: Time-resolved Förster resonance energy transfer assay |
| RT-qPCR | RNA提取:RNeasy Mini Kit;逆转录:qScript cDNA SuperMix(500 ng RNA);qPCR:TaqMan Universal PCR Mastermix,探针:GREB1(Hs00536409_m1)、PGR(Hs01556707_m1)、ACTB(4352935E);数据归一化至ACTB。 阅读提示:Methods: Quantitative reverse transcription PCR |
| 核质分离 | 细胞:MCF7 Tet-On;转染后24小时加E2(10 nM)或DMSO处理24小时;使用NE-PER试剂盒;检测蛋白:HA-ERα、HDAC2(核)、GAPDH(浆);定量计算核/浆比值。 阅读提示:Methods: Nuclear and cytoplasmic extraction |