验证患者样本中IL-7诱导的DEX抵抗
评估原发性T-ALL样本在IL-7存在下对DEX的敏感性,并验证JAK抑制的作用。
将73例COG AALL1231诊断样本用DEX和/或RUX处理,测量细胞活力。
Glucocorticoids paradoxically facilitate steroid resistance in T cell acute lymphoblastic leukemias and thymocytes
包含患者样本、细胞系、小鼠模型和PDX的体外及体内实验,并使用CRISPR敲除、shRNA敲低、RNA-seq和BH3 profiling等功能及机制验证。
CCRF-CEM细胞系 原发性T-ALL患者样本及PDX 小鼠胸腺细胞 NSG小鼠移植瘤模型
在IL-7存在下,DEX处理后IL-7Rα表达上调 STAT5B敲除后BCL-2上调被消除 RUX或ABT-199可恢复DEX敏感性 IL-7诱导的DEX抵抗与早期胸腺细胞发育阶段相关
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估原发性T-ALL样本在IL-7存在下对DEX的敏感性,并验证JAK抑制的作用。
将73例COG AALL1231诊断样本用DEX和/或RUX处理,测量细胞活力。
确定CCRF-CEM细胞系能否模拟患者样本中的IL-7诱导的DEX抵抗,并验证JAK抑制和靶点特异性。
用IL-7和DEX处理CCRF-CEM细胞,检测活力;使用JAK1/2抑制剂RUX、JAK3抑制剂tofacitinib和JAK2抑制剂CHZ868处理。
确定DEX是否通过GR直接上调IL-7Rα,以及是否影响GR功能。
检测DEX处理后的IL7RA转录和蛋白表达,使用CHX抑制翻译;进行RNA-seq分析GR靶基因;检测GR表达和磷酸化。
评估DEX诱导的IL-7R上调是否增强JAK/STAT5信号和转录活性。
检测p-STAT5水平,用STAT5报告基因,进行GSEA分析。
鉴定STAT5B介导的DEX耐药候选基因,并验证BCL-2的功能。
用CRISPR敲除STAT5A/B,进行RNA-seq差异表达分析;通过BH3 profiling和ABT-199处理评估BCL-2功能;用shRNA敲低BCL-2和ARHGEF3验证功能。
确定IL-7是否在正常胸腺细胞亚群中介导DEX抵抗,并验证机制是否保守。
分离小鼠胸腺细胞,体外DEX和IL-7处理,检测活力、IL-7Rα和BCL-2表达;体内DEX处理小鼠后分析胸腺细胞亚群。
评估早期胸腺细胞基因特征是否与IL-7诱导的DEX抵抗相关。
对76例原发性T-ALL样本进行RNA-seq聚类,分选早期和晚期样本,用PDX进行体外药敏实验和信号通路分析;进行体内移植瘤实验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 细胞活力检测 | 地塞米松 | MilliporeSigma | D4902 |
| 鲁索替尼 | Selleckchem | S1378 | |
| 托法替布 | Selleckchem | S5001 | |
| CHZ868 | MedKoo | 407137 | |
| ABT-199(维奈克拉) | ApexBio | A8194 | |
| 重组人IL-7 | Peprotech | 200-07 | |
| 重组鼠IL-7 | Peprotech | 217-17 | |
| 流式检测 | Hoechst 33258 | Molecular Probes | H3569 |
| Western blot | NE-PER试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 78833 |
| 抗STAT5A抗体 | Abcam | ab32043 | |
| 抗STAT5B抗体 | Abcam | ab178941 | |
| 抗GR抗体 | Cell Signaling Technology | 12041 | |
| 抗p-GR (Ser211)抗体 | Cell Signaling Technology | 4161 | |
| 抗β-actin抗体 | Cell Signaling Technology | 3700 | |
| 抗p84抗体 | Genetex | GTX70220 | |
| Odyssey成像系统 | LI-COR Biosciences | -- | |
| qPCR | RNeasy Mini试剂盒 | QIAGEN | -- |
| SuperScript III试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| TaqMan探针 | Applied Biosystems | -- | |
| QuantStudio 5实时PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| 流式检测 | 抗人IL-7Rα抗体 | BioLegend | 351315 |
| 抗鼠IL-7Rα抗体 | Tonbo Biosciences | 20-1271 | |
| 抗p-STAT5 (Tyr694)抗体 | BD Biosciences | BDB612599 | |
| 抗BIM抗体 | Cell Signaling Technology | 2933 | |
| 抗人BCL-2抗体 | Life Technologies, Thermo Fisher Scientific | A15796 | |
| 抗鼠BCL-2抗体 | BioLegend | 633509 | |
| 抗细胞色素C抗体 | BioLegend | 612310 | |
| 细胞转染 | pGL4.52[luc2P/STAT5 RE/hygro]载体 | Promega | E4651 |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Life Technologies, Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 报告基因检测 | ONE-Glo荧光素酶检测系统 | Promega | -- |
| RNA-seq | HiSeq 2500 | Illumina | -- |
| NextSeq 500 | Illumina | -- | |
| TRIzol | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| TruSeq RNA Exome RNA试剂盒 | Illumina | -- | |
| 基因编辑 | Amaxa Cell Line Nucleofector试剂盒C | Lonza | VACA-1004 |
| Amaxa Nucleofector II设备 | Lonza | -- | |
| 动物实验 | NSG小鼠 | The Jackson Laboratory | -- |
| 地塞米松磷酸钠 | -- | NDC | |
| 鲁索替尼饲料 | Incyte | -- | |
| 分析 | GraphPad Prism 8 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本处理 | 原代T-ALL样本的体外培养条件,包括IL-7浓度(25 ng/ml)、DEX浓度(2.5 μM)和处理时间(48小时) 阅读提示:Methods: In vitro viability assays; Figure 1 |
| 细胞系实验 | CCRF-CEM细胞系的培养条件,IL-7和DEX浓度,RUX浓度,处理时间 阅读提示:Methods: Cell culture; Figure 1 |
| 基因编辑 | CRISPR-Cas9敲除IL-7Rα、STAT5A/B的方法,包括sgRNA序列,电转条件 阅读提示:Methods: CRISPR/Cas9 genome editing |
| 分子检测 | qPCR和Western blot的抗体货号、引物序列、试剂盒(如RNeasy) 阅读提示:Methods: Western blot analysis; qPCR |
| 动物模型 | DEX和RUX的给药剂量、途径(DEX腹腔注射7.5mg/kg/天,RUX饲料),治疗开始时的外周血原始细胞比例(1%),动物品系 阅读提示:Methods: Preclinical trial; Figure 6F |