CPA重组表达、纯化及结构表征
获得具有正确结构和功能活性的重组CPA蛋白,以用于后续体内外实验。
采用自构建的pTig-Trx载体在E. coli TransB (DE3)中可溶性表达CPA(GenBank L43548.1),经Ni-NTA亲和层析纯化,并通过SDS-PAGE、Western blot、HPLC-SEC、DSF/DLS、AQS及AlphaFold3进行纯度、热稳定性、二级结构表征。
Clostridium perfringens alpha toxin drives pathological NETosis via immature neutrophil mobilization and functional reprogramming
包含体内小鼠模型、体外细胞实验、单细胞转录组学等多层级验证,并明确功能验证(NETs抑制)和机制验证(ROS/PAD4)。
小鼠CPA攻击模型(BALB/c小鼠) 小鼠原代中性粒细胞 人外周血中性粒细胞 scRNA-seq数据队列
CPA给药剂量:12.5 μg/kg用于单细胞和血液学实验,25 μg/kg用于病理和干预实验 NETs抑制策略:CI-amidine(50 mg/kg,i.v.)、DNase I(65 U/day,i.v.)、anti-Ly6G(5 μg/g,i.v.;后续2.5 μg/g) NETs标志物检测:MPO-DNA、CitH3、cfDNA的血清水平
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得具有正确结构和功能活性的重组CPA蛋白,以用于后续体内外实验。
采用自构建的pTig-Trx载体在E. coli TransB (DE3)中可溶性表达CPA(GenBank L43548.1),经Ni-NTA亲和层析纯化,并通过SDS-PAGE、Western blot、HPLC-SEC、DSF/DLS、AQS及AlphaFold3进行纯度、热稳定性、二级结构表征。
确定CPA在小鼠体内的毒性剂量、靶器官损伤及全身炎症反应。
对BALB/c小鼠腹腔注射CPA,监测48 h内存活率和一般状态;在不同时间点收集血液和组织,进行血细胞计数、组织病理学(H&E)评分和细胞因子谱分析。
评估CPA攻击后外周血、脾脏和骨髓中中性粒细胞的数量变化及组织浸润情况。
通过流式细胞术分析外周血、脾脏和骨髓中中性粒细胞(CD45+CD11b+Ly6G+)和单核细胞(CD45+CD11b+Ly6C+)的比例;通过免疫荧光染色检测肺和脾脏中Ly6G阳性细胞浸润。
确证CPA诱导的NETs形成及其与组织损伤的关系。
通过ELISA检测血清MPO-DNA和CitH3水平,PicoGreen法检测cfDNA;通过Western blot检测外周血、脾、肺中PAD4和CitH3蛋白水平;通过免疫荧光共染检测组织中MPO和CitH3共定位。
验证NETs在CPA诱导病理中的因果作用,评估三种NETs抑制策略的治疗潜力。
在CPA攻击前给予PAD4抑制剂CI-amidine、DNase I或anti-Ly6G,观察小鼠生存率、血清NETs标志物、组织病理学和免疫荧光变化。
在转录组水平揭示CPA诱导的中性粒细胞亚群变化、功能重编程及NETosis相关基因表达。
对CPA或PBS处理小鼠的外周血PBMCs进行scRNA-seq,鉴定细胞亚群,比较中性粒细胞亚群的基因表达模块和NETs相关基因;对脾、肾和PBMCs进行qPCR验证关键基因。
验证CPA是否直接诱导人和小鼠中性粒细胞发生NETosis,并确证其ROS依赖、非凋亡的机制。
分离小鼠和人外周血中性粒细胞,进行CPA刺激,通过免疫荧光(MPO/CitH3)、流式(ROS、凋亡)、qPCR和Western blot分析NETosis相关指标。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 蛋白纯化 | 异丙基-β-D-硫代半乳糖苷 | BioLab | YT430 |
| 蛋白表达分析 | 考马斯亮蓝 | Yeasen | 20203ES10 |
| HRP抗6×His标签抗体 | Abcam | ab237339 | |
| 蛋白纯度分析 | 高效液相尺寸排阻色谱柱 | Thermo Fisher | 075592 |
| 蛋白热稳定性分析 | UNcle系统 | Unchained Labs | UNcle |
| 蛋白二级结构分析 | AQS-pro平台 | Redshift Bio | AQS3pro |
| 溶血实验 | 阿氏液 | Solarbio | MBS2567627 |
| 96孔V底板 | Solarbio | YA0590-10*1pk | |
| 血细胞计数 | 血细胞分析仪 | Mindray | BC-5385CRP |
| 细胞因子检测 | MSD平台 | MSD | K15048D-X |
| SECTOR成像仪2400 | MSD | SECTOR | |
| NETs标志物检测 | MPO-DNA ELISA试剂盒 | Zeyou Biotechnology | YX-131615M |
| CitH3 ELISA试剂盒 | BioWok | WOK-12564M1 | |
| Quant-iT™ PicoGreen® dsDNA试剂盒 | Thermo Fisher | P7589 | |
| 中性粒细胞分离 | Polymorphprep™ | Serumwerk | 1895 |
| 小鼠外周血中性粒细胞分离试剂盒 | Solarbio | P9201 | |
| 红细胞裂解液 | Solarbio | R1010 | |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | 11875093 |
| NETs诱导 | 佛波醇-12-肉豆蔻酸酯-13-醋酸酯 | Invivogen | 16561-29-8 |
| 免疫荧光 | 多聚赖氨酸 | Beyotime | C0313-25 |
| 抗髓过氧化物酶抗体 | Abcam | ab134132 | |
| 抗组蛋白H3抗体 | Abcam | ab5103 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Cell Signaling Technology | 7074S | |
| DAPI | Beyotime | C1002 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 抗PAD4抗体 | Abcam | ab96758 | |
| ROS检测 | 活性氧检测试剂盒 | Beyotime | S0035S |
| 凋亡检测 | Annexin V-PE/7AAD凋亡试剂盒 | MULTISCIENCES | AT104-100 |
| Cleaved Caspase-3 (Asp175)抗体(Alexa Fluor® 488偶联) | Cell Signaling Technology | 9669S | |
| qPCR | RNAprep Pure Micro试剂盒 | Tiangen | DP420 |
| PrimeScript™ RT预混液 | TAKARA | RR036Q | |
| SYBR Green预混液 | TAKARA | RR820A | |
| 动物实验 | CI-amidine | MedChemExpress | HY-100574 |
| 抗Ly6G抗体 | Abcam | ab238132 | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Sigma | D5025 | |
| 红细胞裂解液 | Thermo Fisher | 00-4300-54 | |
| 流式细胞术 | 抗CD45-PE抗体 | BioLegend | 103106 |
| 抗CD3-APC抗体 | BioLegend | 100236 | |
| 抗B220-PE-Cy7抗体 | BioLegend | 103222 | |
| 抗CD11b-eFluor 450抗体 | Thermo Fisher | 48-0112-82 | |
| 抗CD4-BV421抗体 | BioLegend | 100437 | |
| 抗CD8-PE-Cy7抗体 | BioLegend | 100722 | |
| 抗Ly6G-APC抗体 | BioLegend | 127614 | |
| 抗Ly6C-PE-Cy7抗体 | BD Biosciences | 560593 | |
| 抗CD11c-PE-Cy7抗体 | BioLegend | 117318 | |
| 抗B220-PE抗体 | BioLegend | 103208 | |
| LSRFortessa流式细胞仪 | BD Biosciences | X-20 | |
| FlowJo软件 | BD Biosciences | v10.8 | |
| scRNA-seq | Rhapsody™ HT 8通道系统 | BD Biosciences | BD |
| Rhapsody™全转录组扩增试剂盒 | BD Biosciences | 633801 | |
| Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | NovaSeq | |
| Cell Ranger分析流程 | 10× Genomics | Cell | |
| Seurat软件包 | Satija Lab | v4.0 | |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | -- | -- |
| 蛋白表达 | 2 YT培养基 | -- | -- |
| 蛋白纯化 | Ni-NTA亲和树脂 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| CPA重组表达与纯化 | 表达菌株E. coli TransB (DE3)、诱导条件(IPTG浓度、温度、时间)、纯化方法(Ni-NTA)、内毒素水平(LAL法结果) 阅读提示:Methods 2.3 Optimized recombinant expression and purification of CPA in E. coli |
| 小鼠CPA攻击模型 | 小鼠品系(BALB/c)、性别(雌性)、年龄(6-8周)、体重(17-20 g)、给药途径(腹腔注射)、剂量、取材时间点 阅读提示:Methods 2.2 Animal model of CPA challenge |
| NETs抑制实验 | CI-amidine剂量和给药方案、DNase I剂量和方案、anti-Ly6G剂量和方案、CPA攻击时间与干预时间的关系 阅读提示:Methods 2.2.4 NETs inhibition in CPA challenge |
| 中性粒细胞分离及体外NETs诱导 | 中性粒细胞分离方法(Polymorphprep™、Solarbio试剂盒)、细胞密度、刺激物浓度(CPA、PMA)、处理时间 阅读提示:Methods 2.12 Human and mouse peripheral blood neutrophil isolation, NETs induction, and molecular analysis |
| scRNA-seq实验 | 样本来源(外周血)、处理剂量(12.5 μg/kg)、取样时间(12 h)、每组小鼠数量(3只)、文库构建试剂盒和测序平台 阅读提示:Methods 2.2.5 Single-cell analysis in CPA-challenged mice |